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- PDB-6kij: Crystal structure of yedK with ssDNA containing an abasic site -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kij
タイトルCrystal structure of yedK with ssDNA containing an abasic site
要素
  • DNA (5'-D(*GP*AP*TP*TP*CP*GP*TP*CP*G)-3')
  • SOS response-associated protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA repair / abasic site
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-DNA covalent cross-linking activity / : / 付加脱離酵素（リアーゼ） / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / SOS response / peptidase activity / single-stranded DNA binding / DNA damage response / proteolysis
類似検索 - 分子機能
SOS response associated peptidase-like / hypothetical protein yedk fold / SOS response associated peptidase (SRAP) / SOS response associated peptidase-like / SOS response associated peptidase (SRAP) / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PENTANE-3,4-DIOL-5-PHOSPHATE / DNA / Abasic site processing protein / Abasic site processing protein YedK
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Wang, N. / Bao, H. / Huang, H.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (China)2018YFC1004500 中国
National Natural Science Foundation of Chinathe Thousand Young Talents Program 中国
National Natural Science Foundation of China31800619 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Molecular basis of abasic site sensing in single-stranded DNA by the SRAP domain of E. coli yedK.
著者: Wang, N. / Bao, H. / Chen, L. / Liu, Y. / Li, Y. / Wu, B. / Huang, H.
履歴
登録2019年7月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: SOS response-associated protein
A: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*TP*CP*GP*TP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6464
ポリマ－28,3542
非ポリマー2922
水5,819323
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1450 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area10680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.444, 44.080, 55.148
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.33, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 SOS response-associated protein / E.coli yedK


分子量: 25606.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: yedK, C4J69_22885, ECTO6_01993, EFV06_12905, EFV16_12155, SAMEA3472108_01185, SAMEA3752559_04370
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A2S5ZH06, UniProt: P76318*PLUS, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*TP*TP*CP*GP*TP*CP*G)-3')


分子量: 2746.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-PED / PENTANE-3,4-DIOL-5-PHOSPHATE / OPEN FORM OF 1'-2'-DIDEOXYRIBOFURANOSE-5'-PHOSPHATE


分子量: 200.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H13O6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 0.2M Ammonium formate 20% w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.579→30 Å / Num. obs: 30514 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 13.76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 4
反射 シェル解像度: 1.58→1.64 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.689 / Num. unique obs: 2980 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6KBS

6kbs


解像度: 1.58→23.17 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.183 1546 5.15 %
Rwork0.152 --
obs0.154 29992 97.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 18.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.58→23.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1800 59 17 323 2199
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061943
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9012651
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8761571
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054274
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005340
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.58-1.630.24871380.21652205X-RAY DIFFRACTION85
1.63-1.68820.25311520.20182478X-RAY DIFFRACTION96
1.6882-1.75580.21571380.182608X-RAY DIFFRACTION99
1.7558-1.83570.21291450.17122609X-RAY DIFFRACTION99
1.8357-1.93240.19361410.15972588X-RAY DIFFRACTION99
1.9324-2.05340.17741370.14322668X-RAY DIFFRACTION100
2.0534-2.21180.19591470.14632619X-RAY DIFFRACTION100
2.2118-2.43420.18171360.14712625X-RAY DIFFRACTION99
2.4342-2.78590.18741260.15412673X-RAY DIFFRACTION100
2.7859-3.5080.17181460.14232647X-RAY DIFFRACTION99
3.508-23.1740.14761400.13912726X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.7151 Å / Origin y: 5.6189 Å / Origin z: 13.3573 Å
111213212223313233
T0.0905 Å2-0.0034 Å2-0.0021 Å2-0.0965 Å20.004 Å2--0.0957 Å2
L0.5491 °2-0.18 °2-0.0953 °2-0.468 °20.0984 °2--0.7753 °2
S0.0023 Å °0.0303 Å °-0.0294 Å °-0.03 Å °0.0004 Å °0.0517 Å °0.014 Å °-0.1142 Å °0.0065 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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