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万見
- PDB-6kfz: SufS from Bacillus subtilis, soaked with L-cysteine for 90 sec at... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kfz
タイトルSufS from Bacillus subtilis, soaked with L-cysteine for 90 sec at 1.96 angstrom resolution
要素Cysteine desulfurase SufS
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / iron / sulfur / cysteine desulfurase / reaction intermediate
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine desulfurase / cysteine desulfurase activity / cysteine metabolic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
Cysteine desulfurase, SufS / Cysteine desulfurase / Aminotransferase class-V, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-V pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain ...Cysteine desulfurase, SufS / Cysteine desulfurase / Aminotransferase class-V, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-V pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C6P / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Cysteine desulfurase SufS
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Nakamura, R. / Takahashi, Y. / Fujishiro, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science17K14510 日本
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2020
タイトル: Snapshots of PLP-substrate and PLP-product external aldimines as intermediates in two types of cysteine desulfurase enzymes.
著者: Nakamura, R. / Hikita, M. / Ogawa, S. / Takahashi, Y. / Fujishiro, T.
履歴
登録2019年7月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年4月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cysteine desulfurase SufS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2895
ポリマ－46,6191
非ポリマー6714
水3,783210
1
A: Cysteine desulfurase SufS
ヘテロ分子

A: Cysteine desulfurase SufS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,57910
ポリマ－93,2372
非ポリマー1,3418
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-2/31
Buried area8510 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area26830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.800, 92.800, 128.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-709-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Cysteine desulfurase SufS


分子量: 46618.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: sufS, csd, yurW, BSU32690 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: O32164, cysteine desulfurase
#2: 化合物 ChemComp-C6P / N-({3-HYDROXY-2-METHYL-5-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]PYRIDIN-4-YL}METHYL)-L-CYSTEINE / 4-((1-CARBOXY-2-THIOL-ETHYLAMINO)-METHYL)-3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDINIUM


分子量: 352.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H17N2O7PS
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M Tris-HCl, 50mM lithium sulfate, 50 % (v/v) PEG 200

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月10日 / 詳細: Si(111) double crystal monochromator
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→34.077 Å / Num. obs: 46569 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.194 % / Biso Wilson estimate: 40.483 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rrim(I) all: 0.051 / Χ2: 1.168 / Net I/σ(I): 18.77 / Num. measured all: 539893 / Scaling rejects: 5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.86-1.965.3610.7272.168060815036150350.7420.806100
1.96-2.25.070.3134.8813241026121261170.9410.35100
2.2-2.65.3650.12812.4513284324771247620.990.142100
2.6-35.030.06223.336665913282132510.9970.0799.8
3-45.0930.03241.617276314314142880.9990.03699.8
4-65.1560.02354.0238051738273800.9990.026100
6-105.4090.02157.81131712436243510.023100
10-34.0775.0640.01959.533886826690.9990.02198.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ZS9

5zs9


解像度: 1.96→34.077 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 16.23
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1766 2328 5 %
Rwork0.1562 --
obs0.1572 46568 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 97.1 Å2 / Biso mean: 41.1235 Å2 / Biso min: 21.81 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.96→34.077 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3163 0 43 210 3416
Biso mean--44.17 44.44 -
残基数----406
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.96-20.25091350.20612571
2-2.04350.21941350.17382560
2.0435-2.0910.19161350.172574
2.091-2.14330.17241370.15552596
2.1433-2.20130.18011350.15262570
2.2013-2.2660.19261360.1552572
2.266-2.33920.18411350.15542565
2.3392-2.42270.17571360.15622580
2.4227-2.51970.20321350.16252581
2.5197-2.63430.17081370.15512596
2.6343-2.77320.18261360.16572586
2.7732-2.94680.19891360.17192584
2.9468-3.17420.20321380.17162623
3.1742-3.49340.1931370.17332601
3.4934-3.99820.16221380.14792626
3.9982-5.03470.14891410.12842682
5.0347-34.0770.161460.15492773
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.67320.57780.51113.11290.67323.22390.0359-0.2799-0.11630.09880.065-0.46540.08210.7002-0.09350.18180.0264-0.03210.3886-0.03460.285747.3966-49.0316-35.4042
23.75641.1589-0.07092.78170.80033.06820.0087-0.2774-0.05690.0907-0.05080.15890.2868-0.29240.03680.2059-0.0103-0.0140.21690.03640.138721.4185-54.5907-34.8574
31.6260.7862-0.01384.0159-1.04782.2567-0.1165-0.30420.51670.06490.1050.6035-0.3215-0.3016-0.00260.21260.0444-0.03880.3381-0.12420.397419.201-30.7506-31.822
42.379-0.2128-0.03292.07330.16581.8331-0.0663-0.49430.62810.2240.04470.0667-0.41610.01060.03230.30230.0102-0.02330.3426-0.15830.360627.6158-26.9077-27.7325
54.9776-1.18231.25952.4548-0.28952.4937-0.1052-0.60250.17920.08150.07790.331-0.0612-0.36760.02250.1998-0.03480.02290.2855-0.05310.227615.6863-43.7936-34.5138
64.97812.24380.74773.7926-0.21070.48670.1726-0.6180.27810.4368-0.2365-0.1156-0.26550.40330.0960.3326-0.0343-0.0670.53-0.12360.31351.3777-34.4729-24.7956
72.0799-0.65610.10112.9462-0.08751.7923-0.04270.17650.41240.0185-0.0175-0.3521-0.30740.42980.06190.2982-0.0924-0.05040.4411-0.05590.385249.0101-30.1952-38.3885
84.08333.1712-1.66542.0267-6.78019.35860.0823-0.4326-0.16190.058-0.9567-1.4726-0.39091.46960.77030.3503-0.04260.020.6907-0.08970.659862.1554-35.3724-37.9104
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 34 )A0 - 34
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 35 through 78 )A35 - 78
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 79 through 112 )A79 - 112
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 113 through 253 )A113 - 253
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 254 through 295 )A254 - 295
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 296 through 330 )A296 - 330
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 331 through 384 )A331 - 384
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 385 through 405 )A385 - 405

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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