[日本語] English
万見
- PDB-6ke1: Crystal structure of TtCas1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ke1
タイトルCrystal structure of TtCas1
要素CRISPR-associated endonuclease Cas1 2
キーワードDNA BINDING PROTEIN / CRISPR / Cas1
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / DNA endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated protein Cas1, ECOLI subtype / CRISPR-associated protein Cas1, type I-E / CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain / CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain / CRISPR-associated protein Cas1 / CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain / CRISPR associated protein Cas1 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CRISPR-associated endonuclease Cas1 2
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.39 Å
データ登録者Wang, Y.L. / Li, J.Z. / Yang, J. / Wang, J.Y.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31630015 中国
National Natural Science Foundation of China31725008 中国
引用ジャーナル: Sci China Life Sci / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of Cas1 in complex with branched DNA.
著者: Yang, J. / Li, J. / Wang, J. / Sheng, G. / Wang, M. / Zhao, H. / Yang, Y. / Wang, Y.
履歴
登録2019年7月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated endonuclease Cas1 2
B: CRISPR-associated endonuclease Cas1 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,5302
ポリマ－71,5302
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3830 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area22250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.432, 150.432, 219.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Space group name HallP642(x,y,z+1/6)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+2/3
#3: y,-x+y,z+1/3
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+1/3
#11: -x+y,y,-z
#12: x,x-y,-z+2/3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11TYRTYRTYRTYR(chain 'A' and (resid 22 through 41 or resid 43...AA22 - 4022 - 40
12GLUGLUGLYGLY(chain 'A' and (resid 22 through 41 or resid 43...AA43 - 9543 - 95
13ARGARGPHEPHE(chain 'A' and (resid 22 through 41 or resid 43...AA98 - 12898 - 128
14PROPROTHRTHR(chain 'A' and (resid 22 through 41 or resid 43...AA131 - 137131 - 137
15GLNGLNGLUGLU(chain 'A' and (resid 22 through 41 or resid 43...AA140 - 145140 - 145
16ARGARGTRPTRP(chain 'A' and (resid 22 through 41 or resid 43...AA148 - 156148 - 156
17GLYGLYPROPRO(chain 'A' and (resid 22 through 41 or resid 43...AA161 - 163161 - 163
18ARGARGTYRTYR(chain 'A' and (resid 22 through 41 or resid 43...AA167 - 169167 - 169
19PROPROGLYGLY(chain 'A' and (resid 22 through 41 or resid 43...AA179 - 203179 - 203
110PROPROARGARG(chain 'A' and (resid 22 through 41 or resid 43...AA206 - 238206 - 238
111ALAALAALAALA(chain 'A' and (resid 22 through 41 or resid 43...AA241241
112GLUGLUARGARG(chain 'A' and (resid 22 through 41 or resid 43...AA245 - 252245 - 252
113ALAALAARGARG(chain 'A' and (resid 22 through 41 or resid 43...AA254 - 256254 - 256
114GLUGLUGLUGLU(chain 'A' and (resid 22 through 41 or resid 43...AA261261
115LEULEULEULEU(chain 'A' and (resid 22 through 41 or resid 43...AA264 - 275264 - 275
116ARGARGGLYGLY(chain 'A' and (resid 22 through 41 or resid 43...AA277 - 278277 - 278
217TYRTYRTYRTYR(chain 'B' and (resid 22 through 41 or resid 43...BB22 - 4022 - 40
218GLUGLUGLYGLY(chain 'B' and (resid 22 through 41 or resid 43...BB43 - 9543 - 95
219ARGARGPHEPHE(chain 'B' and (resid 22 through 41 or resid 43...BB98 - 12898 - 128
220PROPROTHRTHR(chain 'B' and (resid 22 through 41 or resid 43...BB131 - 137131 - 137
221GLNGLNGLUGLU(chain 'B' and (resid 22 through 41 or resid 43...BB140 - 145140 - 145
222ARGARGTRPTRP(chain 'B' and (resid 22 through 41 or resid 43...BB148 - 156148 - 156
223GLYGLYPROPRO(chain 'B' and (resid 22 through 41 or resid 43...BB161 - 163161 - 163
224ARGARGALAALA(chain 'B' and (resid 22 through 41 or resid 43...BB175 - 177175 - 177
225PROPROGLYGLY(chain 'B' and (resid 22 through 41 or resid 43...BB179 - 203179 - 203
226PROPROARGARG(chain 'B' and (resid 22 through 41 or resid 43...BB206 - 238206 - 238
227ALAALAALAALA(chain 'B' and (resid 22 through 41 or resid 43...BB241241
228GLUGLUARGARG(chain 'B' and (resid 22 through 41 or resid 43...BB245 - 252245 - 252
229ALAALAARGARG(chain 'B' and (resid 22 through 41 or resid 43...BB254 - 256254 - 256
230GLUGLUGLUGLU(chain 'B' and (resid 22 through 41 or resid 43...BB261261
231LEULEULEULEU(chain 'B' and (resid 22 through 41 or resid 43...BB264 - 275264 - 275
232LEULEUGLYGLY(chain 'B' and (resid 22 through 41 or resid 43...BB279 - 280279 - 280

-
要素

#1: タンパク質 CRISPR-associated endonuclease Cas1 2


分子量: 35765.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
遺伝子: cas1-2, TTHB193 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q53WG8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.45 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 1.8-2.3M NaCl, 0.1M Bis-Tris pH 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97907 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97907 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.39→50 Å / Num. obs: 19271 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 127.99 Å2 / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 28.8
反射 シェル解像度: 3.4→3.46 Å / 冗長度: 6.6 % / Num. unique obs: 953 / Rsym value: 0.71 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6KDV

6kdv


解像度: 3.39→42.6 Å / SU ML: 0.478 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.2136
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2293 1002 5.2 %
Rwork0.2209 --
obs0.2212 19265 91.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 137.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.39→42.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3824 0 0 0 3824
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00393906
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0165311
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049594
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0069690
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.3842275
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.39-3.570.38031680.32012516X-RAY DIFFRACTION91.64
3.57-3.790.33221620.27242580X-RAY DIFFRACTION93.36
3.79-4.080.26251270.2272613X-RAY DIFFRACTION93.13
4.08-4.50.22071530.19842589X-RAY DIFFRACTION92.45
4.5-5.140.22911150.19092627X-RAY DIFFRACTION92.01
5.14-6.480.23721440.24882621X-RAY DIFFRACTION91.16
6.48-42.60.18341330.20572717X-RAY DIFFRACTION88.26
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -37.2268332524 Å / Origin y: 47.4397948243 Å / Origin z: 7.16683108039 Å
111213212223313233
T1.03428647368 Å2-0.0310195400472 Å20.0489191756693 Å2-1.02935538127 Å2-0.0935507840629 Å2--1.05383159574 Å2
L2.68702312288 °2-0.111667485869 °2-0.409185447394 °2-2.29815781489 °2-1.09295063291 °2--1.31062493119 °2
S-0.157972352411 Å °-0.0316853928153 Å °-0.642707834414 Å °-0.196461764622 Å °0.164595496953 Å °0.150469959445 Å °-0.0614100602181 Å °-0.0222355494265 Å °-0.0492973376757 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る