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- PDB-6kdp: Crystal structure of human DNMT3B-DNMT3L complex (II) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kdp
タイトルCrystal structure of human DNMT3B-DNMT3L complex (II)
要素
  • DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3-like
  • DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B
キーワードTRANSFERASE / DNMT3B / DNA methyltransferase / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


epigenetic programing of female pronucleus / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpG substrates / chorionic trophoblast cell differentiation / transposable element silencing by piRNA-mediated DNA methylation / negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / DNA-methyltransferase activity / transposable element silencing by heterochromatin formation / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / autosome genomic imprinting ...epigenetic programing of female pronucleus / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpG substrates / chorionic trophoblast cell differentiation / transposable element silencing by piRNA-mediated DNA methylation / negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / DNA-methyltransferase activity / transposable element silencing by heterochromatin formation / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / autosome genomic imprinting / genomic imprinting / SUMOylation of DNA methylation proteins / ESC/E(Z) complex / male meiosis I / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / negative regulation of gene expression, epigenetic / catalytic complex / heterochromatin / DNA methylation / placenta development / condensed nuclear chromosome / PRC2 methylates histones and DNA / post-embryonic development / Defective pyroptosis / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / stem cell differentiation / enzyme activator activity / NoRC negatively regulates rRNA expression / transcription corepressor activity / spermatogenesis / methylation / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B, ADD domain / DNMT3, cysteine rich ADD domain / : / DNMT3, cysteine rich ADD domain, GATA1-like zinc finger / DNMT3, ADD PHD zinc finger / ADD domain / ADD domain profile. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. ...DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B, ADD domain / DNMT3, cysteine rich ADD domain / : / DNMT3, cysteine rich ADD domain, GATA1-like zinc finger / DNMT3, ADD PHD zinc finger / ADD domain / ADD domain profile. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. / C-5 cytosine methyltransferase / C-5 cytosine-specific DNA methylase / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / Vaccinia Virus protein VP39 / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B / DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3-like
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.93 Å
データ登録者Lin, C.-C. / Chen, Y.-P. / Yang, W.-Z. / Shen, C.-K. / Yuan, H.S.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Structural insights into CpG-specific DNA methylation by human DNA methyltransferase 3B.
著者: Lin, C.C. / Chen, Y.P. / Yang, W.Z. / Shen, J.C.K. / Yuan, H.S.
履歴
登録2019年7月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22020年4月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B
B: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3-like
C: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3-like
D: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,5478
ポリマ－112,6864
非ポリマー8614
水2,000111
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5600 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area42890 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)72.105, 234.066, 230.951
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B / Dnmt3b / DNA methyltransferase HsaIIIB / M.HsaIIIB


分子量: 32715.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DNMT3B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UBC3, DNA (cytosine-5-)-methyltransferase
#2: タンパク質 DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3-like


分子量: 23627.107 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DNMT3L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UJW3
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.55 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.7 M Sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.93→30 Å / Num. obs: 32961 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 19.19
反射 シェル解像度: 2.93→3.04 Å / Rmerge(I) obs: 0.538 / Num. unique obs: 1981 / CC1/2: 0.962

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5YX2

5yx2


解像度: 2.93→29.804 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.64
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 1678 5.09 %
Rwork0.205 --
obs0.2071 32942 77.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 156.72 Å2 / Biso mean: 54.2803 Å2 / Biso min: 17.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.93→29.804 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7669 0 58 111 7838
Biso mean--39.18 36.8 -
残基数----942
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.9303-3.01650.3232790.2717155547
3.0165-3.11370.359969172652
3.1137-3.22490.3402112187557
3.2249-3.35380.2517101203761
3.3538-3.50630.2633129223467
3.5063-3.69080.2707129244273
3.6908-3.92160.23861420.2012273282
3.9216-4.22360.22791530.195310692
4.2236-4.64720.20811900.1687330699
4.6472-5.31630.23391930.17883370100
5.3163-6.68550.24651830.20743398100
6.68550.2389198348398
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1494-0.00420.54252.1312-0.53311.84670.03350.10190.05030.0272-0.0847-0.189-0.23490.07820.02760.19530.0176-0.030.26870.01130.273-20.960228.193-22.8502
20.41220.27190.05692.22120.10020.7453-0.0311-0.0395-0.0925-0.017-0.0513-0.47390.06430.21420.04610.22870.0387-0.02450.36490.04130.3818-10.450311.3255-20.3596
31.2384-0.43880.78842.3171-0.34540.4081-0.17740.00090.64550.58230.0921-0.1026-0.8706-0.26210.12970.92380.0389-0.06350.4758-0.01270.6333-22.665865.0491-32.9488
41.3753-0.42130.30250.3481-0.25271.4369-0.34760.05140.5120.00130.0764-0.6434-1.11220.67810.00370.7514-0.1569-0.10870.36190.00620.5098-14.047157.976-30.7337
50.2397-0.74250.51812.17-1.53851.08450.00040.37210.208-0.4068-0.1936-0.57480.06740.82190.17220.6559-0.12660.10660.65670.09360.7145-11.897246.0231-47.3711
61.81340.020.49271.48710.18141.653-0.0936-0.1757-0.0840.0795-0.2864-0.566-0.22550.0340.11510.373-0.0498-0.01690.21070.010.3037-17.046745.6336-32.8537
71.9057-0.26250.35662.27820.96312.1552-0.4072-0.12250.08870.6027-0.22950.0359-0.28860.0440.11290.70250.04830.02840.2559-0.00190.2816-24.226652.0744-32.635
81.3065-0.91471.83571.7751-2.04494.31670.16990.404-0.46040.06840.10270.4174-0.3231-0.4071-0.1270.56470.0007-0.00110.29-0.00470.2725-28.188444.9817-44.1241
91.40480.33990.55271.11590.58251.1424-0.0344-0.02190.3127-0.07960.085-0.01-0.2402-0.0268-0.00350.59840.06980.05370.2790.030.3372-31.372151.7411-46.9944
103.98044.0326-1.33344.4212-1.46530.47330.07470.2589-0.10330.0286-0.3369-0.40320.15040.8744-0.04440.8794-0.0231-0.05340.54450.03470.3876-23.383445.9146-55.325
111.13980.8162-0.05931.22510.19330.1503-0.45950.06820.3159-0.09730.2582-0.2605-0.5418-0.56290.03871.08560.1014-0.1280.38730.00930.3691-26.849165.9581-39.0068
121.6358-0.6796-0.79113.19060.0230.756-0.0523-0.2519-0.78950.1069-0.0630.33431.0347-0.31250.12950.8644-0.13850.1270.4909-0.07410.587-21.0322-61.7244-37.4913
132.2137-0.1396-1.07632.40890.5371.4619-0.27910.6097-0.52280.2851-0.4090.71721.0453-0.93470.1180.4879-0.21870.17920.3159-0.14230.3836-25.0632-48.2404-38.5619
141.6696-0.0443-0.252.4416-1.46053.3986-0.2655-0.2546-0.13970.49490.0912-0.02310.3012-0.23380.17490.60030.03150.06970.3421-0.03740.2947-16.2857-50.8369-35.3726
152.5028-1.073-1.97761.56971.09853.4621-0.0529-0.0290.1026-0.27060.286-0.3973-0.05810.3574-0.070.3178-0.05730.03980.222-0.04390.2665-10.3324-43.1652-45.4603
162.02120.6789-1.9112.0414-0.10013.1391-0.21270.0160.3242-0.09330.29250.2971-0.0585-0.2775-0.01490.62850.05620.08720.26410.00160.2253-8.7633-46.5609-52.0773
171.34430.2882-0.67571.7706-0.5991.0878-0.44240.3548-0.64050.08540.08120.32850.5799-0.13840.01171.08680.01130.21860.4115-0.05330.4247-14.1107-61.6205-44.6938
180.98950.2492-0.43131.80670.58032.0207-0.08330.13710.03920.12340.0050.15510.2731-0.09260.02010.1931-0.01310.04740.2839-0.02280.2781-21.9813-27.7646-25.1581
190.69320.3068-0.03751.94040.790.4951-0.09160.13590.1163-0.1642-0.08160.34090.0418-0.34260.03150.17060.04510.01290.4126-0.04490.3943-32.8444-10.9232-23.5882
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 570 through 725 )A570 - 725
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 726 through 853 )A726 - 853
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 179 through 205 )B179 - 205
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 206 through 244 )B206 - 244
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 245 through 255 )B245 - 255
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 256 through 270 )B256 - 270
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 271 through 291 )B271 - 291
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 292 through 315 )B292 - 315
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 316 through 339 )B316 - 339
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 340 through 360 )B340 - 360
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 361 through 379 )B361 - 379
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 178 through 228 )C178 - 228
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 229 through 270 )C229 - 270
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 271 through 291 )C271 - 291
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 292 through 315 )C292 - 315
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 316 through 353 )C316 - 353
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 354 through 379 )C354 - 379
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 570 through 725 )D570 - 725
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 726 through 853 )D726 - 853

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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