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- PDB-6kc8: Crystal structure of WT Nme1Cas9 in complex with sgRNA and target... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kc8
タイトルCrystal structure of WT Nme1Cas9 in complex with sgRNA and target DNA (ATATGATT PAM) in post-cleavage state
要素
  • CRISPR-associated endonuclease Cas9
  • DNA (5'-D(*AP*TP*AP*TP*GP*AP*TP*TP*TP*TP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*AP*AP*AP*AP*TP*CP*AP*TP*AP*TP*GP*TP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*AP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*AP*TP*AP*GP*CP*AP*GP*AP*GP*TP*GP*AP*CP*C)-3')
  • sgRNA
キーワードHYDROLASE/RNA/DNA / CRISPR-Cas9 / NmeCas9 / Nme1Cas9 / hydrolase / ternary complex / HYDROLASE-RNA-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / defense response to virus / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RuvC endonuclease subdomain 3 / RuvC endonuclease subdomain 3 / CRISPR-associated endonuclease Cas9 / HNH endonuclease / Cas9-type HNH domain / Cas9-type HNH domain profile. / HNH nuclease / Ribonuclease H superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / CRISPR-associated endonuclease Cas9
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis 8013 (髄膜炎菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Sun, W. / Yang, J. / Cheng, Z. / Liu, C. / Wang, K. / Huang, X. / Wang, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31725008 中国
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2019
タイトル: Structures of Neisseria meningitidis Cas9 Complexes in Catalytically Poised and Anti-CRISPR-Inhibited States.
著者: Sun, W. / Yang, J. / Cheng, Z. / Amrani, N. / Liu, C. / Wang, K. / Ibraheim, R. / Edraki, A. / Huang, X. / Wang, M. / Wang, J. / Liu, L. / Sheng, G. / Yang, Y. / Lou, J. / Sontheimer, E.J. / Wang, Y.
履歴
登録2019年6月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年1月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated endonuclease Cas9
B: sgRNA
C: DNA (5'-D(P*AP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*AP*TP*AP*GP*CP*AP*GP*AP*GP*TP*GP*AP*CP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*TP*AP*TP*GP*AP*TP*TP*TP*TP*A)-3')
P: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*AP*AP*TP*CP*AP*TP*AP*TP*GP*TP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,9145
ポリマ－181,9145
非ポリマー00
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23330 Å2
ΔGint-174 kcal/mol
Surface area67930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.604, 159.517, 117.963
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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DNA鎖 , 3種, 3分子 CDP

#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*AP*TP*AP*GP*CP*AP*GP*AP*GP*TP*GP*AP*CP*C)-3')


分子量: 6504.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*AP*TP*GP*AP*TP*TP*TP*TP*A)-3')


分子量: 3362.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: non-target DNA strand / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*AP*AP*AP*TP*CP*AP*TP*AP*TP*GP*TP*A)-3')


分子量: 4286.841 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
タンパク質 / RNA鎖 / 非ポリマー , 3種, 10分子 AB

#1: タンパク質 CRISPR-associated endonuclease Cas9


分子量: 124700.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis 8013 (髄膜炎菌)
株: 8013 / 遺伝子: cas9, NMV_1993 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: C9X1G5, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: RNA鎖 sgRNA


分子量: 43059.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.09 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.2
詳細: 19% PEG 3350, 0.2M Na citrate, 0.1M Bis-Tris propane pH 7.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 56256 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.207 / Rpim(I) all: 0.079 / Rrim(I) all: 0.222 / Χ2: 0.932 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.969 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 2792 / CC1/2: 0.112 / Rpim(I) all: 0.409 / Rrim(I) all: 1.056 / Χ2: 0.831 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6JDV

6jdv


解像度: 2.9→49.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.899 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.833 / SU B: 17.902 / SU ML: 0.323 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.416 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25693 2422 5.2 %RANDOM
Rwork0.20278 ---
obs0.2056 44188 82.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 66.414 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.4 Å20 Å20 Å2
2--0.14 Å2-0 Å2
3----1.54 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.9→49.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8095 3691 0 8 11794
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01212365
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0189594
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5521.50817514
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3751.85722312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.51551030
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.22920.812468
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.643151451
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5691582
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.21725
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211347
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022701
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.6597.354138
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.667.354137
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it10.54511.0155162
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other10.54411.0155163
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.047.118227
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.047.118228
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.66810.57612353
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined17.02151181
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other17.02151181
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.965 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 55 -
Rwork0.333 1244 -
obs--31.38 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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