PDB-6kbz: Crystal structure of yedK with ssDNA containing a tetrahydrofuran...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6kbz

タイトル

Crystal structure of yedK with ssDNA containing a tetrahydrofuran abasic site

要素

5'-D (*CP*GP*GP*TP* (3DR) P*GP*AP*TP*TP*C)-3'
SOS response-associated protein

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / DNA repair / abasic site / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

: / protein-DNA covalent cross-linking activity / 付加脱離酵素（リアーゼ） / protein-DNA covalent cross-linking repair / SOS response / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / peptidase activity / single-stranded DNA binding / DNA damage response / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.653 Å

データ登録者

Wang, N. / Bao, H. / Huang, H.

資金援助

中国, 3件

組織	認可番号	国
Ministry of Science and Technology (China)	2018YFC1004500	中国
National Natural Science Foundation of China	the Thousand Young Talents Program	中国
National Natural Science Foundation of China	31800619	中国

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Molecular basis of abasic site sensing in single-stranded DNA by the SRAP domain of E. coli yedK.
著者: Wang, N. / Bao, H. / Chen, L. / Liu, Y. / Li, Y. / Wu, B. / Huang, H.

履歴

登録	2019年6月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6kbz.cif.gz	429.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6kbz.ent.gz	345 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6kbz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6kbz_validation.pdf.gz	470.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6kbz_full_validation.pdf.gz	474.5 KB	表示
XML形式データ	6kbz_validation.xml.gz	45.6 KB	表示
CIF形式データ	6kbz_validation.cif.gz	68.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kb/6kbz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kb/6kbz	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6kbsSC 6kbuC 6kbxC 6kcqC 6kijC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1zg6-d 4r3b-d 1axb-d 4fd8-d 5iq8-3 1tgs-d 3llc-d 4oq0-d 3my0-11 1zg4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: SOS response-associated protein

A: 5'-D (*CP*GP*GP*TP* (3DR) P*GP*AP*TP*TP*C)-3'

D: SOS response-associated protein

C: 5'-D (*CP*GP*GP*TP* (3DR) P*GP*AP*TP*TP*C)-3'

F: SOS response-associated protein

E: 5'-D (*CP*GP*GP*TP* (3DR) P*GP*AP*TP*TP*C)-3'

H: SOS response-associated protein

G: 5'-D (*CP*GP*GP*TP* (3DR) P*GP*AP*TP*TP*C)-3'

ヘテロ分子

114 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: SOS response-associated protein

A: 5'-D (*CP*GP*GP*TP* (3DR) P*GP*AP*TP*TP*C)-3'

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
28.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: SOS response-associated protein

C: 5'-D (*CP*GP*GP*TP* (3DR) P*GP*AP*TP*TP*C)-3'

登録者が定義した集合体
28.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

F: SOS response-associated protein

E: 5'-D (*CP*GP*GP*TP* (3DR) P*GP*AP*TP*TP*C)-3'

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

H: SOS response-associated protein

G: 5'-D (*CP*GP*GP*TP* (3DR) P*GP*AP*TP*TP*C)-3'

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.530, 111.391, 104.102
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.140, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	SOS response-associated protein / E.coli yedK 分子量: 25606.893 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: yedK, C4J69_22885, ECTO6_01993, EFV06_12905, EFV16_12155, SAMEA3472108_01185, SAMEA3752559_04370 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A2S5ZH06, UniProt: P76318*PLUS, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
#2: DNA鎖	5'-D (CPGPGPTP* (3DR) PGPAPTPTPC)-3' / ssDNA_THF 分子量: 2926.905 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli* (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1086 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.69 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法詳細: 0.02 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 22% w/v Poly(acrylic acid sodium salt) 5,100

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→40 Å / Num. obs: 108392 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.1 % / B_iso Wilson estimate: 12.97 Å² / R_merge(I) obs: 0.084 / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.092 / Χ²: 0.934 / Net I/σ(I): 5.6 / Num. measured all: 660240

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.65-1.71	4.8	0.76	10777	0.46	0.371	0.849	0.797	98.4
1.71-1.78	5.5	0.632	10779	0.689	0.288	0.696	0.841	99.1
1.78-1.86	5.6	0.494	10789	0.799	0.224	0.544	0.889	98.7
1.86-1.96	6.1	0.38	10859	0.896	0.164	0.415	0.946	99.6
1.96-2.08	6.1	0.269	10881	0.951	0.116	0.293	0.97	99.6
2.08-2.24	6	0.191	10815	0.974	0.083	0.209	1.007	98.7
2.24-2.46	6.6	0.14	10882	0.988	0.058	0.152	1.029	99.7
2.46-2.82	6.4	0.095	10823	0.993	0.04	0.103	1.042	98.8
2.82-3.55	7	0.052	10920	0.998	0.021	0.057	1.014	99.6
3.55-40	6.8	0.033	10867	0.999	0.013	0.036	0.756	97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.12_2829	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6KBS

6kbs

解像度: 1.653→36.265 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 19.47

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1961	5191	5.17 %
R_work	0.1598	-	-
obs	0.1617	100370	91.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 90.3 Å² / B_iso mean: 19.7322 Å² / B_iso min: 3.88 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.653→36.265 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7111	708	4	1086	8909
B_iso mean	-	-	35.17	29.12	-
残基数	-	-	-	-	931

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	8112
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.831	11170
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	1158
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1355
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.446	4674

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6527-1.6714	0.3083	64	0.2957	1202	1266	35
1.6714-1.6911	0.3266	95	0.256	1667	1762	48
1.6911-1.7117	0.2922	105	0.2579	2022	2127	59
1.7117-1.7334	0.3042	117	0.2415	2489	2606	72
1.7334-1.7562	0.2805	151	0.2256	2889	3040	82
1.7562-1.7803	0.2712	176	0.2244	2983	3159	88
1.7803-1.8057	0.2677	175	0.2124	3084	3259	91
1.8057-1.8326	0.2318	174	0.2076	3317	3491	94
1.8326-1.8613	0.2488	169	0.1991	3411	3580	99
1.8613-1.8918	0.2254	172	0.1894	3417	3589	99
1.8918-1.9244	0.2141	220	0.1863	3428	3648	99
1.9244-1.9594	0.2445	169	0.178	3432	3601	100
1.9594-1.9971	0.2023	180	0.175	3463	3643	100
1.9971-2.0378	0.2378	204	0.1728	3456	3660	100
2.0378-2.0822	0.2112	182	0.1707	3403	3585	100
2.0822-2.1306	0.2046	185	0.1601	3470	3655	100
2.1306-2.1839	0.2095	159	0.1579	3365	3524	97
2.1839-2.2429	0.2159	194	0.1518	3472	3666	99
2.2429-2.3089	0.1773	181	0.1461	3415	3596	100
2.3089-2.3834	0.1866	191	0.148	3492	3683	100
2.3834-2.4686	0.1931	192	0.1502	3405	3597	100
2.4686-2.5674	0.2066	204	0.1623	3457	3661	100
2.5674-2.6842	0.2062	193	0.1603	3450	3643	100
2.6842-2.8257	0.206	183	0.1639	3368	3551	97
2.8257-3.0026	0.1891	185	0.1602	3437	3622	100
3.0026-3.2343	0.2003	192	0.1486	3473	3665	100
3.2343-3.5595	0.167	211	0.1356	3432	3643	99
3.5595-4.074	0.1411	180	0.1236	3434	3614	98
4.074-5.1305	0.1345	203	0.1145	3428	3631	99
5.1305-36.2732	0.1769	185	0.1614	3418	3603	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7106	-0.1038	0.0544	2.6961	-0.2867	1.2523	-0.0286	0.2754	0.4519	-0.2257	0.0424	0.1162	-0.2686	-0.0914	-0.0093	0.2016	-0.0308	0.0055	0.1713	0.0949	0.2383	20.3322	22.2066	19.933
2	1.2941	-0.3435	-0.2259	1.8962	0.2444	1.3313	-0.048	0.1715	0.4803	-0.0005	0.0477	-0.4474	-0.2284	0.1678	0.0006	0.141	-0.0369	0.014	0.1203	0.0525	0.1909	24.6182	21.1285	25.8058
3	1.9206	-0.0465	-0.0944	1.1856	-0.0227	1.7931	0.0051	-0.1524	0.2169	0.3095	-0.0363	0.162	-0.1739	-0.1493	0.0238	0.172	0.0077	0.0247	0.077	-0.0225	0.1149	11.7036	16.8969	36.2129
4	1.3928	-0.6365	-0.4951	1.229	0.4061	1.7662	-0.0559	0.2052	-0.0324	0.0755	-0.055	0.1138	0.1192	-0.0654	0.0809	0.0945	-0.0328	0.0116	0.102	0.0087	0.0688	14.6088	9.1036	24.6061
5	2.5571	-0.3033	-0.4201	3.6006	0.6479	2.5147	-0.0512	0.2567	0.3241	-0.174	-0.0679	0.4695	-0.3024	-0.3916	0.1207	0.1386	0.042	-0.0133	0.1967	0.0309	0.1529	5.3307	19.8403	25.3176
6	1.7073	-0.045	0.4996	1.4296	0.2432	1.6	-0.0426	0.2851	-0.1035	-0.0558	0.0316	-0.0171	0.1088	-0.004	0.0249	0.1085	-0.0138	0.0077	0.2064	0.0033	0.0508	20.9365	2.3943	16.2382
7	1.1579	0.6704	1.4425	1.8865	-0.4137	3.1439	0.2221	0.2195	-0.2759	-0.0206	-0.183	0.2078	0.1547	-0.0081	-0.0142	0.1792	-0.0425	0.019	0.0301	0.0114	0.0731	17.0814	0.3756	34.9336
8	1.3873	0.2151	-0.1272	2.8042	0.3669	1.2461	0.0155	0.1217	0.3309	-0.3818	0.0634	0.2059	-0.1853	-0.0675	-0.0481	0.1322	-0.0041	-0.002	0.1124	0.0191	0.1102	33.564	20.84	70.5027
9	1.2865	-0.0867	-0.4466	1.3528	-0.0617	1.2185	0.0418	0.0074	0.167	0.1214	-0.0562	-0.1322	-0.1777	0.1265	-0	0.1181	-0.0131	-0.0106	0.0967	-0.0083	0.0688	37.8301	20.1735	76.3629
10	1.4704	0.4705	-0.463	1.4396	-0.282	1.7904	0.0593	-0.2254	0.088	0.348	-0.0342	0.0324	-0.2609	0.0333	-0.0413	0.2081	0.0112	0.0149	0.1061	-0.0319	0.0488	30.2008	17.2866	88.5959
11	1.7536	0.6876	-0.4566	1.3017	-0.615	1.8068	0.1194	-0.1496	0.157	0.3041	0.0002	0.253	-0.2351	-0.2092	-0.0758	0.1623	0.0401	0.0677	0.1039	-0.0134	0.1101	20.3001	16.4912	85.8947
12	2.5259	-1.2843	0.4767	1.6241	0.438	1.5167	0.0177	-0.1505	-0.2629	0.1786	0.0432	0.3281	0.3007	-0.0964	-0.0925	0.1252	-0.0256	0.0085	0.0784	0.0117	0.0796	29.4011	-0.8552	71.7759
13	1.0074	0.1694	-0.3062	1.3119	0.0396	1.5337	-0.0218	-0.0243	0.1306	0.1065	-0.0249	0.1697	-0.1363	-0.0216	0.0275	0.1129	0.0165	0.0102	0.063	0.0042	0.0716	26.6967	14.2365	79.2691
14	1.6859	-0.3762	-0.216	4.1164	0.725	2.1392	-0.017	0.086	0.2377	0.149	0.049	0.4997	-0.2194	-0.1715	-0	0.0877	0.0276	0.0361	0.1102	0.0203	0.1144	20.7426	18.3161	75.588
15	3.5975	1.2969	0.3365	6.4664	2.2061	7.9815	0.0011	-0.0322	0.1872	-0.0062	-0.0229	0.5968	-0.2596	-0.4495	0.0677	0.1207	0.0889	0.0553	0.2502	0.0585	0.2568	12.3786	21.4276	78.5253
16	3.6089	-3.0415	-1.3617	5.2012	1.9254	2.1852	-0.0419	0.0376	0.1656	-0.1026	-0.0582	0.2698	-0.1391	-0.2722	0.0745	0.122	0.0079	-0.0349	0.0995	-0.0104	0.0904	22.5809	6.8967	65.6582
17	3.1928	1.1697	2.1727	3.2953	1.8782	7.8463	-0.0027	0.1364	-0.1488	0.0448	0.2597	-0.3706	0.2677	0.4724	-0.1867	0.087	0.0398	-0.0164	0.1278	-0.0064	0.0593	39.9082	-0.1949	70.7555
18	1.0062	0.4224	1.1819	1.6057	-0.2525	2.5115	0.0751	-0.0284	-0.221	0.1592	-0.0143	0.1853	0.0549	0.0212	-0.0399	0.1846	-0.0232	0.0155	0.0809	0.0215	0.0486	30.4847	0.3569	87.1161
19	1.0602	0.556	-0.3113	1.9621	0.6424	1.1421	-0.0222	0.0176	-0.3092	0.0404	0.1006	-0.3221	0.1061	0.0718	-0.0554	0.0294	0.0163	-0.0234	0.0643	-0.03	0.1585	24.3292	-20.7939	44.2012
20	2.1882	0.4796	0.2991	1.3346	0.33	1.1156	0.0624	-0.1311	-0.0261	0.099	-0.0885	0.1259	0.0055	-0.0422	0.0127	0.035	0.0169	0.0004	0.0517	-0.0051	0.0563	19.6007	-11.5287	51.0413
21	0.2982	-0.5192	0.3956	1.8082	0.4523	3.4848	0.1647	-0.0674	0.2171	-0.0116	-0.1632	0.1669	-0.3107	0.0302	0.0598	0.0514	0.0519	-0.0231	0.037	0.005	0.0858	18.5692	-1	39.6631
22	2.0728	0.4742	0.1925	2.9694	-1.7999	3.0891	0.076	-0.182	-0.3758	0.0876	-0.1106	-0.0877	0.1489	0.1407	0.0219	0.0465	-0.0018	0.0011	0.1239	0.0191	0.1145	43.3867	-17.4455	103.3667
23	1.3187	0.0087	0.3751	0.5395	0.3283	1.5851	0.0699	-0.0078	-0.5158	0.0491	0.0069	-0.1121	0.4158	0.1599	-0.0608	0.1318	0.0377	-0.0004	0.1269	0.0101	0.2215	44.9503	-20.6332	98.6299
24	2.6974	-0.1156	-0.0462	6.1357	-2.5573	5.0728	0.0075	0.1075	-0.6317	-0.2113	0.0377	0.103	0.5346	-0.0688	-0.03	0.0995	0.0085	-0.0079	0.0886	-0.0331	0.1868	35.1051	-25.9278	96.316
25	5.3815	1.5823	1.4613	2.4311	1.5966	1.5971	0.0052	0.2389	0.0689	-0.2272	0.0132	0.1421	-0.1322	-0.054	-0.0222	0.0752	0.0037	0.0018	0.1174	0.0061	0.0465	25.7642	-10.1427	87.6956
26	2.9073	-0.5065	0.6194	1.0404	-0.2355	1.0384	0.0585	-0.1033	-0.1352	0.0263	-0.002	0.1336	0.0411	-0.0958	-0.0436	0.0478	-0.0134	0.023	0.0983	0.02	0.0678	22.7829	-15.9727	98.9764
27	2.4237	0.961	-0.1816	1.8829	-0.6391	2.9682	0.0546	-0.0653	0.2174	0.1126	-0.1546	0.2177	-0.4073	-0.0704	0.0764	0.1032	0.0227	-0.0135	0.1331	-0.0202	0.0594	39.3587	0.281	105.5435
28	1.7522	0.2191	0.6703	1.5322	0.3409	1.3878	0.0098	-0.1038	-0.0536	0.1177	-0.0427	0.0261	0.0722	-0.0124	0.0244	0.0496	0.0015	0.0233	0.0897	0.0199	0.0611	31.9847	-14.3465	100.9766
29	1.4634	0.7541	0.5227	1.8259	0.2909	0.7168	0.1253	-0.4173	-0.1703	0.2346	-0.0957	0.1703	0.103	-0.112	-0.0346	0.1056	-0.0111	0.0188	0.2146	0.0524	0.0976	29.2191	-15.5254	109.7306
30	3.242	0.8096	1.8115	2.9661	1.2562	7.1815	0.0097	-0.1688	0.0853	0.0513	-0.041	-0.1617	-0.4313	0.1972	0.0332	0.0729	-0.0191	0.0129	0.1253	0.0072	0.0573	48.5072	-0.6931	101.2002
31	1.897	0.8413	1.1015	1.6596	0.8768	1.6447	-0.1267	0.0281	0.1824	-0.1951	0.0702	0.0873	-0.1816	0.0689	0.0421	0.1032	0.0175	-0.0073	0.0931	0.024	0.0651	31.9203	-0.6918	91.8221

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 2 through 23 )	B	2 - 23
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 24 through 50 )	B	24 - 50
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 51 through 100 )	B	51 - 100
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 101 through 158 )	B	101 - 158
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 159 through 192 )	B	159 - 192
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 193 through 227 )	B	193 - 227
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid -1 through 7 )	A	-1 - 7
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 2 through 23 )	D	2 - 23
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 24 through 50 )	D	24 - 50
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 51 through 74 )	D	51 - 74
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 75 through 100 )	D	75 - 100
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 101 through 120 )	D	101 - 120
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 121 through 158 )	D	121 - 158
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 159 through 181 )	D	159 - 181
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 182 through 191 )	D	182 - 191
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 192 through 203 )	D	192 - 203
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 204 through 224 )	D	204 - 224
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid -1 through 7 )	C	-1 - 7
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'F' and (resid 2 through 74 )	F	2 - 74
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'F' and (resid 75 through 227 )	F	75 - 227
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid -1 through 7 )	E	-1 - 7
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'H' and (resid 2 through 17 )	H	2 - 17
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'H' and (resid 18 through 42 )	H	18 - 42
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'H' and (resid 43 through 60 )	H	43 - 60
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'H' and (resid 61 through 74 )	H	61 - 74
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'H' and (resid 75 through 100 )	H	75 - 100
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'H' and (resid 101 through 120 )	H	101 - 120
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'H' and (resid 121 through 158 )	H	121 - 158
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'H' and (resid 159 through 203 )	H	159 - 203
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'H' and (resid 204 through 225 )	H	204 - 225
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'G' and (resid -1 through 7 )	G	-1 - 7

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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