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- PDB-6kbx: Crystal structure of yedK in complex with ssDNA containing abasic site -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6kbx | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of yedK in complex with ssDNA containing abasic site | ||||||||||||
![]() |
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![]() | DNA BINDING PROTEIN / DNA repair / abasic site / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||||||||
Function / homology | ![]() protein-DNA covalent cross-linking activity / : / Lyases / protein-DNA covalent cross-linking repair / Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases) / SOS response / peptidase activity / single-stranded DNA binding / DNA damage response / proteolysis Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Wang, N. / Bao, H. / Huang, H. | ||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Molecular basis of abasic site sensing in single-stranded DNA by the SRAP domain of E. coli yedK. Authors: Wang, N. / Bao, H. / Chen, L. / Liu, Y. / Li, Y. / Wu, B. / Huang, H. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 119.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 87.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6kbsSC ![]() 6kbuC ![]() 6kbzC ![]() 6kcqC ![]() 6kijC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 25606.893 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: yedK, C4J69_22885, ECTO6_01993, EFV06_12905, EFV16_12155, SAMEA3472108_01185, SAMEA3752559_04370 Production host: ![]() ![]() References: UniProt: A0A2S5ZH06, UniProt: P76318*PLUS, Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases) |
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#2: DNA chain | Mass: 2928.920 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() ![]() |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.94 Å3/Da / Density % sol: 36.67 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: evaporation / Details: 0.2 M sodium formate, 20% PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Jan 8, 2019 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.22→50 Å / Num. obs: 64468 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 15.19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.098 / Χ2: 1.035 / Net I/σ(I): 5.1 / Num. measured all: 416830 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6KBS Resolution: 1.221→46.115 Å / SU ML: 0.1 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 17.98
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 74.34 Å2 / Biso mean: 20.5304 Å2 / Biso min: 10.18 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.221→46.115 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 21
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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