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- PDB-6gg8: Mineralocorticoid receptor in complex with (s)-13 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gg8
タイトルMineralocorticoid receptor in complex with (s)-13
要素
  • Mineralocorticoid receptor
  • Nuclear receptor coactivator 1
キーワードTRANSCRIPTION / Mineralocorticoid receptor / nuclear hormone receptor / steroid receptor / ligand complex / peptide complex / signaling protein
機能・相同性
機能・相同性情報


labyrinthine layer morphogenesis / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / positive regulation of female receptivity / nuclear steroid receptor activity / hypothalamus development / male mating behavior / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / estrous cycle ...labyrinthine layer morphogenesis / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / positive regulation of female receptivity / nuclear steroid receptor activity / hypothalamus development / male mating behavior / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / estrous cycle / Synthesis of bile acids and bile salts / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / estrogen response element binding / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / nuclear retinoid X receptor binding / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / response to retinoic acid / histone acetyltransferase activity / regulation of cellular response to insulin stimulus / Recycling of bile acids and salts / histone acetyltransferase / cellular response to hormone stimulus / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / positive regulation of adipose tissue development / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / RORA activates gene expression / TBP-class protein binding / lactation / positive regulation of neuron differentiation / steroid binding / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / cerebellum development / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / nuclear receptor coactivator activity / response to progesterone / hippocampus development / nuclear receptor binding / nuclear estrogen receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / Heme signaling / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / cerebral cortex development / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / male gonad development / sequence-specific double-stranded DNA binding / Circadian Clock / response to estradiol / HATs acetylate histones / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / transcription coactivator activity / receptor complex / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of apoptotic process / DNA-binding transcription factor activity / chromatin binding / endoplasmic reticulum membrane / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator 1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator ...Nuclear receptor coactivator 1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EY8 / Mineralocorticoid receptor / Nuclear receptor coactivator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Edman, K. / Aagaard, A. / Tangefjord, S.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Identification of Mineralocorticoid Receptor Modulators with Low Impact on Electrolyte Homeostasis but Maintained Organ Protection.
著者: Granberg, K.L. / Yuan, Z.Q. / Lindmark, B. / Edman, K. / Kajanus, J. / Hogner, A. / Malmgren, M. / O'Mahony, G. / Nordqvist, A. / Lindberg, J. / Tangefjord, S. / Kossenjans, M. / Lofberg, C. ...著者: Granberg, K.L. / Yuan, Z.Q. / Lindmark, B. / Edman, K. / Kajanus, J. / Hogner, A. / Malmgren, M. / O'Mahony, G. / Nordqvist, A. / Lindberg, J. / Tangefjord, S. / Kossenjans, M. / Lofberg, C. / Branalt, J. / Liu, D. / Selmi, N. / Nikitidis, G. / Nordberg, P. / Hayen, A. / Aagaard, A. / Hansson, E. / Hermansson, M. / Ivarsson, I. / Jansson-Lofmark, R. / Karlsson, U. / Johansson, U. / William-Olsson, L. / Hartleib-Geschwindner, J. / Bamberg, K.
履歴
登録2018年5月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22019年4月24日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mineralocorticoid receptor
B: Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0724
ポリマ－36,5332
非ポリマー5402
水3,351186
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1360 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area11770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.654, 77.953, 78.755
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mineralocorticoid receptor / MR / Nuclear receptor subfamily 3 group C member 2


分子量: 34806.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR3C2, MCR, MLR / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P08235
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 1 / NCoA-1 / Class E basic helix-loop-helix protein 74 / bHLHe74 / Protein Hin-2 / RIP160 / Renal ...NCoA-1 / Class E basic helix-loop-helix protein 74 / bHLHe74 / Protein Hin-2 / RIP160 / Renal carcinoma antigen NY-REN-52 / Steroid receptor coactivator 1 / SRC-1


分子量: 1725.958 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NCOA1, BHLHE74, SRC1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15788, histone acetyltransferase
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-EY8 / [(3~{R})-7-fluoranyl-4-[(3-oxidanylidene-4~{H}-1,4-benzoxazin-6-yl)carbonyl]-2,3-dihydro-1,4-benzoxazin-3-yl]methanesulfonamide


分子量: 421.400 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H16FN3O6S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.9M (NH4)2SO4, 0.1 M CHES pH9.5, 10% (v/v) of condition C8 of the Morpheus Screen (Molecular Dimension)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.57 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2014年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.57 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→36.56 Å / Num. obs: 28185 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 25.92 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.844 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rpim(I) all: 0.345

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4uda

4uda


解像度: 1.8→36.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU R Cruickshank DPI: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.138 / SU Rfree Blow DPI: 0.122 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.118
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 1401 4.98 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.207 28137 98.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 28.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7169 Å20 Å20 Å2
2--1.2389 Å20 Å2
3----1.9557 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→36.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2071 0 37 186 2294
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012209HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.962995HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d786SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes55HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes315HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2209HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.68
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.01
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion276SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2804SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.87 Å / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3869 137 4.79 %
Rwork0.339 2726 -
all0.3411 2863 -
obs--97.38 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -2.1189 Å / Origin y: 11.4504 Å / Origin z: -13.6256 Å
111213212223313233
T-0.0775 Å2-0.0188 Å20.0026 Å2--0.0827 Å2-0.0126 Å2--0.0064 Å2
L0.8279 °2-0.041 °2-0.0181 °2-0.7429 °20.089 °2--0.9736 °2
S-0.02 Å °0.0533 Å °-0.0186 Å °-0.0062 Å °0.0097 Å °0.0292 Å °0.0393 Å °-0.0136 Å °0.0102 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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