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万見
- PDB-2q7i: The Wild Type Androgen Receptor Ligand Binding Domain Bound with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q7i
タイトルThe Wild Type Androgen Receptor Ligand Binding Domain Bound with Testosterone and an AR 20-30 Peptide
要素(Androgen receptor) x 2
キーワードHORMONE / androgen receptor steroid nuclear receptor ligand binding domain / testoseterone / N-terminal AR peptide / TIF2 boxIII coactivator peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


POU domain binding / positive regulation of integrin biosynthetic process / cellular response to testosterone stimulus / androgen binding / androgen receptor signaling pathway / membraneless organelle assembly / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / cellular response to steroid hormone stimulus / nuclear steroid receptor activity / RUNX2 regulates osteoblast differentiation ...POU domain binding / positive regulation of integrin biosynthetic process / cellular response to testosterone stimulus / androgen binding / androgen receptor signaling pathway / membraneless organelle assembly / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / cellular response to steroid hormone stimulus / nuclear steroid receptor activity / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / estrogen receptor signaling pathway / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / regulation of protein localization to plasma membrane / intracellular receptor signaling pathway / steroid binding / male gonad development / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / SUMOylation of intracellular receptors / positive regulation of cell differentiation / molecular condensate scaffold activity / Nuclear Receptor transcription pathway / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / positive regulation of miRNA transcription / beta-catenin binding / nuclear receptor activity / transcription coactivator binding / cell-cell signaling / ATPase binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / spermatogenesis / molecular adaptor activity / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / transcription cis-regulatory region binding / Ub-specific processing proteases / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / signaling receptor binding / positive regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA-templated transcription / nucleoplasm / zinc ion binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Androgen receptor / Androgen receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...Androgen receptor / Androgen receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
TESTOSTERONE / Androgen receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Gampe, R.T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Modulation of androgen receptor activation function 2 by testosterone and dihydrotestosterone.
著者: Askew, E.B. / Gampe, R.T. / Stanley, T.B. / Faggart, J.L. / Wilson, E.M.
履歴
登録2007年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月23日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Androgen receptor
B: Androgen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8476
ポリマ－31,2752
非ポリマー5734
水3,297183
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.001, 66.398, 70.832
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Androgen receptor / Dihydrotestosterone receptor


分子量: 30007.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AR, DHTR, NR3C4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10275
#2: タンパク質・ペプチド Androgen receptor / Dihydrotestosterone receptor


分子量: 1267.413 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AR, DHTR, NR3C4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10275

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非ポリマー , 4種, 187分子

#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-TES / TESTOSTERONE


分子量: 288.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H28O2 / コメント: ホルモン*YM
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.56 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→24 Å / Num. obs: 22190 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 41.9
反射 シェル解像度: 1.87→1.94 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 87.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.87→20.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 3.199 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.141 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21714 715 3.2 %RANDOM
Rwork0.17303 ---
obs0.17436 21388 98.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.946 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.87→20.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2026 0 37 183 2246
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0222149
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021983
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1731.9692920
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89934609
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5125260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.66523.95896
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.07115375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.1271511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1510.2325
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022325
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02447
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.2497
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1710.21928
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1830.21069
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.21044
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1850.2136
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0650.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1940.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1690.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7861.51381
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1371.5512
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.14122068
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5563949
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2894.5845
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.87→1.918 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 43 -
Rwork0.262 1316 -
obs--85.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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