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- PDB-5mwp: The structure of MR in complex with AZD9977. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mwp
タイトルThe structure of MR in complex with AZD9977.
要素
  • Mineralocorticoid receptor
  • NCOA1 peptide
キーワードSIGNALING PROTEIN / Nuclear Hormone receptor / ligand complex / peptide complex
機能・相同性
機能・相同性情報


labyrinthine layer morphogenesis / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of female receptivity / histone H2AK9 acetyltransferase activity / histone H2BK5 acetyltransferase activity / histone H2BK12 acetyltransferase activity / histone H3K36 acetyltransferase activity / histone H2AK5 acetyltransferase activity / histone H3K4 acetyltransferase activity ...labyrinthine layer morphogenesis / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of female receptivity / histone H2AK9 acetyltransferase activity / histone H2BK5 acetyltransferase activity / histone H2BK12 acetyltransferase activity / histone H3K36 acetyltransferase activity / histone H2AK5 acetyltransferase activity / histone H3K4 acetyltransferase activity / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / histone H3K56 acetyltransferase activity / histone H3K23 acetyltransferase activity / histone H4K12 acetyltransferase activity / histone H3K14 acetyltransferase activity / histone H4K16 acetyltransferase activity / histone H3K9 acetyltransferase activity / male mating behavior / histone H4K5 acetyltransferase activity / histone H4K8 acetyltransferase activity / histone H3K122 acetyltransferase activity / hypothalamus development / histone H3K18 acetyltransferase activity / histone H3K27 acetyltransferase activity / nuclear steroid receptor activity / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / Synthesis of bile acids and bile salts / estrogen response element binding / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / nuclear retinoid X receptor binding / response to retinoic acid / estrous cycle / progesterone receptor signaling pathway / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / cellular response to hormone stimulus / Recycling of bile acids and salts / histone acetyltransferase / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / lactation / estrogen receptor signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / : / steroid binding / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / regulation of cellular response to insulin stimulus / positive regulation of neuron differentiation / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / SUMOylation of transcription cofactors / response to progesterone / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / TBP-class protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / cerebellum development / hippocampus development / nuclear estrogen receptor binding / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / Heme signaling / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / cerebral cortex development / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / : / male gonad development / sequence-specific double-stranded DNA binding / response to estradiol / HATs acetylate histones / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription coactivator activity / receptor complex / protein dimerization activity / positive regulation of apoptotic process / DNA-binding transcription factor activity / endoplasmic reticulum membrane / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / protein-containing complex binding / positive regulation of DNA-templated transcription / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator 1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : ...Nuclear receptor coactivator 1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / PAS domain / : / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ECV / Mineralocorticoid receptor / Nuclear receptor coactivator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Edman, K. / Aagaard, A. / Backstrom, S.
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2018
タイトル: Preclinical pharmacology of AZD9977: A novel mineralocorticoid receptor modulator separating organ protection from effects on electrolyte excretion.
著者: Bamberg, K. / Johansson, U. / Edman, K. / William-Olsson, L. / Myhre, S. / Gunnarsson, A. / Geschwindner, S. / Aagaard, A. / Bjornson Granqvist, A. / Jaisser, F. / Huang, Y. / Granberg, K.L. ...著者: Bamberg, K. / Johansson, U. / Edman, K. / William-Olsson, L. / Myhre, S. / Gunnarsson, A. / Geschwindner, S. / Aagaard, A. / Bjornson Granqvist, A. / Jaisser, F. / Huang, Y. / Granberg, K.L. / Jansson-Lofmark, R. / Hartleib-Geschwindner, J.
履歴
登録2017年1月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mineralocorticoid receptor
B: NCOA1 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9323
ポリマ－36,5332
非ポリマー3991
水2,378132
1
A: Mineralocorticoid receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2062
ポリマ－34,8071
非ポリマー3991
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: NCOA1 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,7261
ポリマ－1,7261
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.599, 78.120, 79.123
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mineralocorticoid receptor / MR / Nuclear receptor subfamily 3 group C member 2


分子量: 34806.676 Da / 分子数: 1 / 変異: C808S, C910S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR3C2, MCR, MLR / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P08235
#2: タンパク質・ペプチド NCOA1 peptide


分子量: 1725.958 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15788*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-ECV / 2-[(3~{S})-7-fluoranyl-4-[(3-oxidanylidene-4~{H}-1,4-benzoxazin-6-yl)carbonyl]-2,3-dihydro-1,4-benzoxazin-3-yl]-~{N}-methyl-ethanamide


分子量: 399.372 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H18FN3O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.9 M (NH4)2SO4, 0.1 M CHES pH 9.5, and 10% (v/v) of conditions E5 from the Morpheus Screen (Molecular Dimensions).

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→78.12 Å / Num. obs: 27442 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 17.23 Å2 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 1.82→1.92 Å / 冗長度: 6.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 3904 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.6精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2AA2

2aa2


解像度: 1.82→41.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.856 / SU R Cruickshank DPI: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.14 / SU Rfree Blow DPI: 0.13 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.128
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 1375 5.04 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs0.212 27265 98.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.026 Å20 Å20 Å2
2--0.9037 Å20 Å2
3----0.9297 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.26 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.82→41.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2135 0 29 132 2296
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0092220HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.943006HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d786SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes53HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes319HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2220HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.5
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.78
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion278SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2710SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.82→1.89 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 143 5.12 %
Rwork0.259 2651 -
all0.26 2794 -
obs--98.11 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.8469 Å / Origin y: 11.5486 Å / Origin z: 13.5813 Å
111213212223313233
T-0.13 Å20.02 Å2-0.0009 Å2--0.0502 Å20.0142 Å2--0.0452 Å2
L0.8229 °20.0832 °2-0.1092 °2-0.9193 °2-0.1822 °2--1.2787 °2
S-0.0163 Å °-0.0776 Å °-0.0179 Å °0.0114 Å °0.0047 Å °-0.0229 Å °0.0383 Å °0.0013 Å °0.0115 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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