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- PDB-6kag: Crystal structure of the SMARCB1/SMARCC2 subcomplex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kag
タイトルCrystal structure of the SMARCB1/SMARCC2 subcomplex
要素
  • SWI/SNF complex subunit SMARCC2
  • SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1
キーワードCELL CYCLE / Chromatin remodeling complex / SWI-SNF complex / BAF complex / SMARCB1and SMARCC2 subcomplex / Atypical Teratoid/Rhabdoid tumor
機能・相同性
機能・相同性情報


single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / positive regulation of glucose mediated signaling pathway / blastocyst hatching / bBAF complex / npBAF complex / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / nBAF complex / brahma complex / Tat protein binding / regulation of G0 to G1 transition ...single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / positive regulation of glucose mediated signaling pathway / blastocyst hatching / bBAF complex / npBAF complex / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / nBAF complex / brahma complex / Tat protein binding / regulation of G0 to G1 transition / hepatocyte differentiation / regulation of nucleotide-excision repair / XY body / RSC-type complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / positive regulation by host of viral transcription / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / SWI/SNF complex / nucleosome disassembly / germ cell nucleus / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of T cell differentiation / nuclear chromosome / positive regulation of stem cell population maintenance / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of myoblast differentiation / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / positive regulation of cell differentiation / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / p53 binding / RMTs methylate histone arginines / kinetochore / fibrillar center / nuclear matrix / DNA integration / nervous system development / histone binding / transcription coactivator activity / chromatin remodeling / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / chromatin / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
SMARCC, SWIRM-associated domain / SMARCC, N-terminal / : / SWIRM-associated domain at the N-terminal / SWIRM-associated domain at the C-terminal / MarR-like, BRCT and chromo domains module profile. / : / SWI/SNF Subunit INI1, DNA binding domain / Chromatin-remodeling complex component Sfh1/SNF5 / SMARCC, C-terminal ...SMARCC, SWIRM-associated domain / SMARCC, N-terminal / : / SWIRM-associated domain at the N-terminal / SWIRM-associated domain at the C-terminal / MarR-like, BRCT and chromo domains module profile. / : / SWI/SNF Subunit INI1, DNA binding domain / Chromatin-remodeling complex component Sfh1/SNF5 / SMARCC, C-terminal / SWIRM-associated region 1 / SNF5/SMARCB1/INI1 / SNF5 / SMARCB1 / INI1 / SWIRM domain / SWIRM domain / SWIRM domain profile. / SANT domain profile. / SANT domain / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / BRCT domain superfamily / Homeobox-like domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1 / SWI/SNF complex subunit SMARCC2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.601 Å
データ登録者Chen, G. / Zhou, H. / Giancotti, F.G. / Long, J.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31670758 中国
National Natural Science Foundation of China31870750 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2020
タイトル: A heterotrimeric SMARCB1-SMARCC2 subcomplex is required for the assembly and tumor suppression function of the BAF chromatin-remodeling complex.
著者: Chen, G. / Zhou, H. / Liu, B. / Wang, Y. / Zhao, J. / Giancotti, F.G. / Long, J.
履歴
登録2019年6月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1
B: SWI/SNF complex subunit SMARCC2
C: SWI/SNF complex subunit SMARCC2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,3013
ポリマ－69,3013
非ポリマー00
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry, coimmunoprecipitation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3640 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area18960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)170.390, 170.390, 170.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number213
Space group name H-MP4132
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-439-

HOH

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要素

#1: タンパク質 SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1 / BRG1-associated factor 47 / BAF47 / Integrase interactor 1 protein / SNF5 homolog / hSNF5


分子量: 24871.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMARCB1, BAF47, INI1, SNF5L1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12824
#2: タンパク質 SWI/SNF complex subunit SMARCC2 / BRG1-associated factor 170 / BAF170 / SWI/SNF complex 170 kDa subunit / SWI/SNF-related matrix- ...BRG1-associated factor 170 / BAF170 / SWI/SNF complex 170 kDa subunit / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily C member 2


分子量: 22214.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMARCC2, BAF170 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TAQ2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 150 mM CsCl2, 15% PEG3350.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9778 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 26616 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.9 % / Rpim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 17.13
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Num. unique obs: 2610 / Rpim(I) all: 0.279

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: 000)精密化
HKL-2000714データ削減
HKL-2000714データスケーリング
AutoSol(1.10.1_2155: 000)位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.601→49.187 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.43
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2402 1348 5.08 %
Rwork0.2066 --
obs0.2083 26525 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.601→49.187 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2862 0 0 115 2977
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092935
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0023983
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.931748
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06433
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006509
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6011-2.69410.3481230.28712464X-RAY DIFFRACTION99
2.6941-2.8020.31451240.25952479X-RAY DIFFRACTION100
2.802-2.92950.29921260.23842450X-RAY DIFFRACTION100
2.9295-3.08390.26681320.23752475X-RAY DIFFRACTION100
3.0839-3.27710.28021340.23092491X-RAY DIFFRACTION100
3.2771-3.530.26041450.20992488X-RAY DIFFRACTION100
3.53-3.88510.22661390.18672508X-RAY DIFFRACTION100
3.8851-4.4470.21231330.17062528X-RAY DIFFRACTION100
4.447-5.60150.19751360.17212572X-RAY DIFFRACTION100
5.6015-49.1870.21771560.21852722X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 91.3256 Å / Origin y: 106.2344 Å / Origin z: 39.4776 Å
111213212223313233
T0.3518 Å2-0.0562 Å2-0.0716 Å2-0.2541 Å20.0319 Å2--0.4688 Å2
L0.3174 °2-0.1555 °20.0841 °2-3.0683 °2-0.2706 °2--0.268 °2
S-0.0431 Å °-0.0595 Å °0.0583 Å °0.198 Å °-0.0444 Å °-0.6389 Å °0.025 Å °0.071 Å °0.0816 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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