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- PDB-6k8d: UDP-glucose pyrophosphorylase with UPG from Acinetobacter Baumanii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k8d
タイトルUDP-glucose pyrophosphorylase with UPG from Acinetobacter Baumanii
要素UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase
キーワードTRANSFERASE / UGPase / Rossman fold
機能・相同性
機能・相同性情報


UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase / UTP:glucose-1-phosphate uridylyltransferase activity / UDP-alpha-D-glucose metabolic process / biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase, bacterial/archaeal-type / Nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyl transferase / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Lee, J.H. / Kang, L.W.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: UDP-glucose pyrophosphorylase with UPG from Acinetobacter Baumanii
著者: Kang, L.W.
履歴
登録2019年6月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase
B: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase
C: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase
D: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,75417
ポリマ－126,6624
非ポリマー3,09213
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17880 Å2
ΔGint-195 kcal/mol
Surface area43970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.525, 114.382, 114.374
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase / UDP-glucose pyrophosphorylase


分子量: 31665.459 Da / 分子数: 4 / 変異: Q286L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: galU, B9X91_19205, CBI29_00108, CSB70_3798, DVA79_14980
プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: X2KZJ9, UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase

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非ポリマー , 5種, 19分子

#2: 化合物
ChemComp-UPG / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE GLUCOPYRANOSYL-MONOPHOSPHATE ESTER / UDP-グルコ-ス


分子量: 566.302 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H24N2O17P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.27 % / Mosaicity: 0.494 °
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5
詳細: 0.5M Ammonium sulfate, 0.1M BIS-TRIS pH 6.5 and 24% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→50 Å / Num. obs: 30489 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.113 / Χ2: 1.811 / Net I/σ(I): 8.6 / Num. measured all: 142270
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.95-32.70.38914140.0870.2610.4720.78392.1
3-3.062.80.37314490.1910.2440.4490.77793.2
3.06-3.113.10.36814240.2230.2290.4370.83392.5
3.11-3.183.20.34214630.3210.2060.4020.8594
3.18-3.253.40.32914580.6020.1920.3830.95395.4
3.25-3.323.70.28915050.6970.160.3321.01795.9
3.32-3.413.90.25414400.8330.1350.2891.08196.2
3.41-3.54.10.23715260.8740.1240.2691.15696.9
3.5-3.64.30.2215220.9040.110.2471.30797.6
3.6-3.724.60.19615400.930.0960.2191.39597.7
3.72-3.854.80.17815190.9550.0840.1971.73498.4
3.85-45.10.16215450.9680.0750.1791.96999.1
4-4.195.30.13715460.9830.0620.1512.28699
4.19-4.415.50.12515540.9860.0560.1372.48198.5
4.41-4.685.90.10315380.990.0450.1122.69699.3
4.68-5.045.90.09515860.9910.0410.1042.47399.5
5.04-5.555.90.08715760.9930.0380.0952.07899.2
5.55-6.355.80.08515820.9940.0360.0921.87298.6
6.35-86.20.06716190.9970.0280.0731.98199.3
8-506.40.05216830.9970.0220.0572.27198.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0232精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5J49

5j49


解像度: 2.94→40.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 25.261 / SU ML: 0.447 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.467
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2796 1479 4.9 %RANDOM
Rwork0.2183 ---
obs0.2216 28986 96.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 150.99 Å2 / Biso mean: 66.434 Å2 / Biso min: 36.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20 Å2-0 Å2
2---0.07 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.94→40.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8642 0 189 6 8837
Biso mean--74.11 43.11 -
残基数----1158
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0138971
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0178394
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4841.63812207
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1491.56919494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.16351154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg3524.194372
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.212151484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4351533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.21241
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.029836
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021583
LS精密化 シェル解像度: 2.941→3.017 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.388 88 -
Rwork0.378 1914 -
all-2002 -
obs--88.51 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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