PDB-5u9w: Structure of CNTnw N149L in the intermediate 3 state

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5u9w

タイトル

Structure of CNTnw N149L in the intermediate 3 state

要素

Nucleoside permease

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / transporter / nucleoside / elevator-type alternate access

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside transmembrane transporter activity / symporter activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Neisseria wadsworthii 9715 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.555 Å

データ登録者

Hirschi, M. / Johnson, Z.L. / Lee, S.-Y.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: Visualizing multistep elevator-like transitions of a nucleoside transporter.
著者: Hirschi, M. / Johnson, Z.L. / Lee, S.Y.

履歴

登録	2016年12月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年4月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月3日	Group: Database references
改定 1.2	2017年5月17日	Group: Database references
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5u9w.cif.gz	229 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5u9w.ent.gz	180.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5u9w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/5u9w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/5u9w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5l24C 5l26SC 5l27C 5l2aC 5l2bC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5l24-d 5l27-d 4pb2-1 4pda-1 4pd8-1 4pd5-1 4pd6-1 4pb1-1 5l2a-d 4pd7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nucleoside permease

B: Nucleoside permease

C: Nucleoside permease

ヘテロ分子

136 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.588, 115.588, 272.394
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Nucleoside permease 分子量: 44673.602 Da / 分子数: 3 / 変異: N149L / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria wadsworthii 9715 (バクテリア) 遺伝子: nupC, HMPREF9370_1765 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: G4CRQ5
#2: 化合物	ChemComp-6ZL / 2-{[(4-O-alpha-D-glucopyranosyl-beta-D-glucopyranosyl)oxy]methyl}-2-octyldecyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-beta-D-glucopyranoside / 2,2-ジオクチルプロパン-1,3-ジイルビス(4-O-α-D-グルコピラノシル-β-D-グルコピラノシド) 分子量: 949.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₃H₈₀O₂₂

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.4 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 10mM Mg(OAc)2, 25% PEG400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97779 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97779 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.55→30 Å / Num. obs: 24655 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.4 % / CC_1/2: 0.93 / R_pim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 16.4
反射シェル	解像度: 3.55→3.61 Å / 冗長度: 8.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / CC_1/2: 0.56 / R_pim(I) all: 0.69 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000	v705a	データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5L26

5l26

解像度: 3.555→29.964 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.8

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2756	3463	7.1 %
R_work	0.2531	-	-
obs	0.2547	24655	99.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.555→29.964 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8616	0	53	0	8669

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	8818
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.974	12023
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.615	2885
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	1515
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1495

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.5546-3.6032	0.4022	145	0.3919	1760	X-RAY DIFFRACTION	97
3.6032-3.6546	0.3805	128	0.34	1812	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6546-3.7091	0.3513	152	0.3277	1779	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7091-3.7669	0.3328	150	0.3143	1821	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7669-3.8286	0.2832	150	0.2873	1810	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8286-3.8945	0.2963	109	0.3028	1839	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8945-3.9651	0.2702	144	0.2811	1824	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9651-4.0412	0.3168	128	0.2795	1797	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0412-4.1235	0.314	140	0.2782	1868	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1235-4.2129	0.2352	138	0.2779	1786	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2129-4.3106	0.2629	144	0.2576	1822	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3106-4.4181	0.2525	134	0.2503	1811	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4181-4.5372	0.2527	146	0.2398	1815	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5372-4.6702	0.2513	142	0.2557	1801	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6702-4.8204	0.2449	130	0.2453	1858	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8204-4.9919	0.244	142	0.2533	1824	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9919-5.1908	0.2574	124	0.2655	1833	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1908-5.4257	0.3252	140	0.2698	1784	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4257-5.7099	0.3385	133	0.285	1827	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7099-6.0649	0.3641	154	0.274	1830	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0649-6.5287	0.3117	132	0.2771	1786	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5287-7.1775	0.2871	148	0.2463	1834	X-RAY DIFFRACTION	100
7.1775-8.1974	0.2349	132	0.2062	1823	X-RAY DIFFRACTION	100
8.1974-10.2586	0.1833	134	0.1648	1813	X-RAY DIFFRACTION	100
10.2586-29.9648	0.2869	144	0.2684	1774	X-RAY DIFFRACTION	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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