PDB-5l26: Structure of CNTnw in an inward-facing substrate-bound state

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5l26

タイトル

Structure of CNTnw in an inward-facing substrate-bound state

要素

Nucleoside permease

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / transporter / nucleoside / elevator-type alternate access

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside transmembrane transporter activity / symporter activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Neisseria wadsworthii 9715 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.4 Å

データ登録者

Hirschi, M. / Johnson, Z.L. / Lee, S.-Y.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: Visualizing multistep elevator-like transitions of a nucleoside transporter.
著者: Hirschi, M. / Johnson, Z.L. / Lee, S.Y.

履歴

登録	2016年7月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年4月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月3日	Group: Database references
改定 1.2	2017年5月10日	Group: Database references
改定 1.3	2018年3月7日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector / _diffrn_detector.type
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5l26.cif.gz	240.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5l26.ent.gz	189 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5l26.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/5l26 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/5l26	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5l24C 5l27C 5l2aC 5l2bC 5u9wC 3tijS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5l27-d 4pd8-1 5l24-d 4pd7-1 4pda-1 5l2b-d 5u9w-d 4pd5-1 4pb2-1 5l2a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nucleoside permease

B: Nucleoside permease

C: Nucleoside permease

ヘテロ分子

143 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.220, 115.220, 264.028
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Nucleoside permease 分子量: 44674.547 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria wadsworthii 9715 (バクテリア) 遺伝子: nupC, HMPREF9370_1765 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G4CRQ5
#2: 化合物	ChemComp-6ZL / 2-{[(4-O-alpha-D-glucopyranosyl-beta-D-glucopyranosyl)oxy]methyl}-2-octyldecyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-beta-D-glucopyranoside / 2,2-ジオクチルプロパン-1,3-ジイルビス(4-O-α-D-グルコピラノシル-β-D-グルコピラノシド) 分子量: 949.082 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₃H₈₀O₂₂
#3: 化合物	ChemComp-URI / URIDINE / ウリジン分子量: 244.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₂N₂O₆
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.73 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 1 M NaCl, 35% PEG400, pH 9.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.4→55.052 Å / Num. obs: 53753 / % possible obs: 99.66 % / 冗長度: 7 % / CC_1/2: 1 / R_pim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 4.7
反射シェル	解像度: 3.4→3.61 Å / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / CC_1/2: 0.48 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
iMOSFLM	7.2.1	データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3TIJ

3tij

解像度: 3.4→55.052 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.05 / 位相誤差: 29.4 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2662	3822	7.11 %
R_work	0.2419	-	-
obs	0.2437	53753	99.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.4→55.052 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8651	0	331	3	8985

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	9132
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.719	12450
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.271	2979
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.025	1613
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1496

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.4001-3.4431	0.3181	160	0.3375	1896	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4431-3.4884	0.4088	144	0.3118	1848	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4884-3.5362	0.3703	128	0.325	1818	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5362-3.5867	0.3365	146	0.3187	1894	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5867-3.6402	0.3564	148	0.2949	1829	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6402-3.6971	0.3813	146	0.2878	1831	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6971-3.7577	0.2709	128	0.2784	1884	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7577-3.8224	0.2482	162	0.2613	1806	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8224-3.8919	0.2655	137	0.2482	1865	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8919-3.9668	0.28	138	0.2659	1902	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9668-4.0477	0.293	128	0.2681	1771	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0477-4.1357	0.2967	138	0.2699	1907	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1357-4.2319	0.2953	150	0.2462	1864	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2319-4.3377	0.2787	134	0.2391	1793	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3377-4.4549	0.2445	148	0.2207	1825	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4549-4.5859	0.2608	142	0.2238	1887	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5859-4.7339	0.2509	142	0.2108	1855	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7339-4.903	0.2558	132	0.2141	1833	X-RAY DIFFRACTION	99
4.903-5.0991	0.2716	142	0.2332	1856	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0991-5.331	0.2952	146	0.2333	1810	X-RAY DIFFRACTION	99
5.331-5.6118	0.281	134	0.2423	1849	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6118-5.963	0.3023	142	0.2478	1859	X-RAY DIFFRACTION	100
5.963-6.4228	0.272	142	0.2465	1885	X-RAY DIFFRACTION	100
6.4228-7.068	0.2548	136	0.2156	1849	X-RAY DIFFRACTION	100
7.068-8.0879	0.1798	146	0.1877	1822	X-RAY DIFFRACTION	99
8.0879-10.1794	0.1659	142	0.1625	1852	X-RAY DIFFRACTION	100
10.1794-55.0592	0.2743	141	0.2797	1841	X-RAY DIFFRACTION	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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