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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3tij | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a concentrative nucleoside transporter from Vibrio cholerae | ||||||
![]() | NupC family protein | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / membrane transporter / nucleoside transporter / drug transporter / uridine / nucleosides | ||||||
機能・相同性 | ![]() nucleoside transmembrane transport / nucleoside transmembrane transporter activity / symporter activity / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Johnson, Z.L. / Cheong, C.-G. / Lee, S.-Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a concentrative nucleoside transporter from Vibrio cholerae at 2.4A 著者: Johnson, Z.L. / Cheong, C.G. / Lee, S.Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 91.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 67.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44171.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-URI / | ||||
#3: 糖 | ChemComp-DMU / #4: 化合物 | ChemComp-NA / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.41 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: microbatch-under-oil / pH: 9 詳細: 100 mM CaCl2, 40% PEG400, 100 mM Tris pH 9.0, microbatch-under-oil, temperature 290K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月14日 |
放射 | モノクロメーター: Rosenbaum-Rock monochromator high-resolution double-crystal Si (111) sagittal focusing プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.06223 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.42→50 Å / Num. all: 49041 / Num. obs: 49037 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 28.256 |
反射 シェル | 解像度: 2.42→2.46 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.588 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 1213 / % possible all: 98.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.49 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.23 Å2 / ksol: 0.337 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.436→28.755 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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