PDB-3tij: Crystal structure of a concentrative nucleoside transporter from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tij

タイトル

Crystal structure of a concentrative nucleoside transporter from Vibrio cholerae

要素

NupC family protein

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / membrane transporter / nucleoside transporter / drug transporter / uridine / nucleosides

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside transmembrane transport / nucleoside transmembrane transporter activity / symporter activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.436 Å

データ登録者

Johnson, Z.L. / Cheong, C.-G. / Lee, S.-Y.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of a concentrative nucleoside transporter from Vibrio cholerae at 2.4A
著者: Johnson, Z.L. / Cheong, C.G. / Lee, S.Y.

履歴

登録	2011年8月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年3月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月26日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tij.cif.gz	91.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tij.ent.gz	67.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tij.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3tij_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tij_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	3tij_validation.xml.gz	16.8 KB	表示
CIF形式データ	3tij_validation.cif.gz	22.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ti/3tij ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ti/3tij	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4pb1-1 4pd9-1 4pd5-1 4pd7-1 4pb2-1 4pd8-1 5l2b-d 5l27-d 5u9w-d 4whs-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NupC family protein

ヘテロ分子

46.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NupC family protein

ヘテロ分子

A: NupC family protein

ヘテロ分子

A: NupC family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
141 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	119.717, 119.717, 83.136
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	NupC family protein 分子量: 44171.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: VC_2352 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q9KPL5
#2: 化合物	ChemComp-URI / URIDINE / ウリジン分子量: 244.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₂N₂O₆
#3: 糖	ChemComp-DMU / DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / DECYLMALTOSIDE / デシルβ-マルトシドタイプ: D-saccharide / 分子量: 482.562 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₂₂H₄₂O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.41 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: microbatch-under-oil / pH: 9 詳細: 100 mM CaCl2, 40% PEG400, 100 mM Tris pH 9.0, microbatch-under-oil, temperature 290K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1.06223 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月14日
放射	モノクロメーター: Rosenbaum-Rock monochromator high-resolution double-crystal Si (111) sagittal focusing プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.06223 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.42→50 Å / Num. all: 49041 / Num. obs: 49037 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 7.9 % / R_merge(I) obs: 0.057 / R_sym value: 0.057 / Net I/σ(I): 28.256
反射シェル	解像度: 2.42→2.46 Å / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.588 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 1213 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SERGUI		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.436→28.755 Å / SU ML: 0.64 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.83 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2278	2472	5.04 %	RANDOM
R_work	0.196	-	-	-
obs	0.1975	49037	98.47 %	-
all	-	49041	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.49 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 59.23 Å² / k_sol: 0.337 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.5719 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.5719 Å²	-0 Å²
3-	-	-	5.1437 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.436→28.755 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2951	0	76	43	3070

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3091
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.937	4182
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.374	1067
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	492
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	511

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4363-2.4831	0.3138	131	0.2755	2400	X-RAY DIFFRACTION	93
2.4831-2.5338	0.3057	126	0.2607	2597	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5338-2.5889	0.2638	130	0.242	2535	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5889-2.649	0.2807	142	0.2387	2587	X-RAY DIFFRACTION	98
2.649-2.7152	0.272	137	0.2109	2551	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7152-2.7886	0.196	135	0.2117	2597	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7886-2.8706	0.2456	140	0.1988	2584	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8706-2.9631	0.2376	142	0.2041	2589	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9631-3.0689	0.243	139	0.2113	2596	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0689-3.1917	0.2506	132	0.1961	2621	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1917-3.3367	0.189	141	0.1924	2608	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3367-3.5123	0.2205	142	0.179	2610	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5123-3.732	0.2307	140	0.1756	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
3.732-4.0194	0.1995	131	0.1806	2601	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0194-4.4226	0.2386	144	0.1726	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4226-5.0595	0.2389	139	0.1776	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0595-6.3631	0.2192	140	0.2202	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
6.3631-28.7571	0.2035	141	0.1993	2583	X-RAY DIFFRACTION	98

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関連情報:EMDBヘッダ

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