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- PDB-6k3g: Crystal structure of 10-Hydroxygeraniol Dehydrogenase from Cantha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k3g
タイトルCrystal structure of 10-Hydroxygeraniol Dehydrogenase from Cantharanthus roseus in complex with NADP+
要素10-hydroxygeraniol oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / 10-Hydroxygeraniol / Medium chain dehydrogenase/reductase / Cantharanthus roseus / MIA biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


8-hydroxygeraniol dehydrogenase / 8-hydroxygeraniol dehydrogenase activity / cinnamyl-alcohol dehydrogenase activity / lignin biosynthetic process / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal ...: / Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 10-hydroxygeraniol oxidoreductase / 8-hydroxygeraniol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Catharanthus roseus (ニチニチカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Sandholu, A.S. / Sharmila, P.M. / Thulasiram, H.V. / Kulkarni, K.A.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Council of Scientific & Industrial ResearchBSC0124 インド
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2020
タイトル: Structural studies on 10-hydroxygeraniol dehydrogenase: A novel linear substrate-specific dehydrogenase from Catharanthus roseus.
著者: Sandholu, A.S. / Mujawar, S.P. / Ramakrishnan, K. / Thulasiram, H.V. / Kulkarni, K.
履歴
登録2019年5月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 10-hydroxygeraniol oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8624
ポリマ－38,9881
非ポリマー8743
水50428
1
B: 10-hydroxygeraniol oxidoreductase
ヘテロ分子

B: 10-hydroxygeraniol oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,7258
ポリマ－77,9762
非ポリマー1,7486
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554-x+y,y,-z-1/31
Buried area5670 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area26170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.180, 53.180, 252.773
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number153
Space group name H-MP3212

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要素

#1: タンパク質 10-hydroxygeraniol oxidoreductase / 10-Hydroxygeraniol Dehydrogenase


分子量: 38988.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Catharanthus roseus (ニチニチカ)
遺伝子: 10HGO / プラスミド: pRSET / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A067YF90, UniProt: Q6V4H0*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.11 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: MES, PEG 6000, 2-Methyl-2,4-pentanediol, Sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.0393 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月12日
放射モノクロメーター: Si(111) double-crystal fixed-exit / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.41→46.06 Å / Num. obs: 16295 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 39.965 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rpim(I) all: 0.075 / Rrim(I) all: 0.146 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.41→2.5 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.849 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 1645 / CC1/2: 0.919 / Rpim(I) all: 0.5 / Rrim(I) all: 0.99 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
MOSFLM7.2.1データ削減
Aimless0.5.21データスケーリング
PHASER2.6.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YQD

1yqd


解像度: 2.41→42.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 25.341 / SU ML: 0.264 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.408 / ESU R Free: 0.277 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26611 849 5.2 %RANDOM
Rwork0.20713 ---
obs0.21017 15375 99.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 55.796 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å20.12 Å20 Å2
2--0.23 Å2-0 Å2
3----0.75 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.41→42.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2689 0 50 28 2767
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0132802
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0110.0172632
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg21.6633810
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3481.5866114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.2825355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.87922.793111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.24715461
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.3321510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2372
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023081
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02554
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4912.191423
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4892.191422
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5693.2831777
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5693.2841778
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3212.3891379
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.3212.3881380
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.2473.532034
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.75841.12811955
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.75641.10911952
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.41→2.473 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.384 49 -
Rwork0.327 1110 -
obs--98.89 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -3.4559 Å / Origin y: 1.3996 Å / Origin z: -20.5336 Å
111213212223313233
T0.1425 Å2-0.1394 Å2-0.0073 Å2-0.6147 Å20.0418 Å2--0.3911 Å2
L0.8296 °20.0508 °2-0.6194 °2-0.0375 °2-0.2224 °2--3.1389 °2
S-0.0806 Å °0.4358 Å °0.1476 Å °0.0488 Å °-0.0488 Å °0.0187 Å °0.0331 Å °0.0471 Å °0.1293 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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