+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6k0w | ||||||
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Title | DNA methyltransferase in complex with sinefungin | ||||||
Components | Adenine specific DNA methyltransferase (Mod) | ||||||
Keywords | DNA BINDING PROTEIN / DNA methyltransferase / sinefungin | ||||||
Function / homology | Function and homology information N-methyltransferase activity / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / methyltransferase activity / methylation / DNA binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Helicobacter pylori 26695 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / AB INITIO PHASING / Resolution: 2.65 Å | ||||||
Authors | Narayanan, N. / Nair, D.T. | ||||||
Funding support | India, 1items
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Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2020 Title: Tetramerization at Low pH Licenses DNA Methylation Activity of M.HpyAXI in the Presence of Acid Stress. Authors: Narayanan, N. / Banerjee, A. / Jain, D. / Kulkarni, D.S. / Sharma, R. / Nirwal, S. / Rao, D.N. / Nair, D.T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6k0w.cif.gz | 750.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6k0w.ent.gz | 622.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6k0w.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6k0w_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6k0w_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | |
Data in XML | 6k0w_validation.xml.gz | 67.5 KB | Display | |
Data in CIF | 6k0w_validation.cif.gz | 90.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/6k0w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/6k0w | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 70619.766 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Helicobacter pylori 26695 (bacteria) / Strain: 26695 / Gene: HP_0593 / Plasmid: pet14b / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): pLysS / References: UniProt: O25315 #2: Chemical | ChemComp-SFG / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.25 Å3/Da / Density % sol: 62.11 % |
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Crystal grow | Temperature: 277.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 20%PEG 5KMME,20%PEG 5KMME, 0.1M NaCl and 0.1M Tris pH 8.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: BM14 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Dec 19, 2012 / Details: bent collimating mirror and toroid |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.65→50.503 Å / Num. obs: 102152 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2.2 / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 10 |
Reflection shell | Resolution: 2.65→2.79 Å / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 14825 / Rpim(I) all: 0.339 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: AB INITIO PHASING / Resolution: 2.65→50.503 Å / SU ML: 0.34 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 28.21
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.65→50.503 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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