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Yorodumi- PDB-3s1s: Characterization and crystal structure of the type IIG restrictio... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3s1s | ||||||
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Title | Characterization and crystal structure of the type IIG restriction endonuclease BpuSI | ||||||
Components | restriction endonuclease BpuSI | ||||||
Keywords | HYDROLASE / TRANSFERASE / PD--(D/E)xk catalytic motif / gamma-N6m-adenosine methyltransferase / S-adenosyl-methionine binding | ||||||
Function / homology | Function and homology information N-methyltransferase activity / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / DNA binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bacillus pumilus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MIR / Resolution: 2.35 Å | ||||||
Authors | Shen, B.W. / Xu, D. / Chan, S.-H. / Zheng, Y. / Zhu, Y. / Xu, S.-Y. / Stoddard, B.L. | ||||||
Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2011 Title: Characterization and crystal structure of the type IIG restriction endonuclease RM.BpuSI. Authors: Shen, B.W. / Xu, D. / Chan, S.H. / Zheng, Y. / Zhu, Z. / Xu, S.Y. / Stoddard, B.L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3s1s.cif.gz | 380.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3s1s.ent.gz | 323.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3s1s.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3s1s_validation.pdf.gz | 748.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3s1s_full_validation.pdf.gz | 767 KB | Display | |
Data in XML | 3s1s_validation.xml.gz | 37.7 KB | Display | |
Data in CIF | 3s1s_validation.cif.gz | 54.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/3s1s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/3s1s | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 100066.773 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus pumilus (bacteria) / Strain: S / Gene: Bacillus pumilus / Plasmid: pACYC-bpuSIM1M2, pTXB1-bpuSIRM / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): ER2566 / References: UniProt: G1K3S1*PLUS |
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-Non-polymers , 5 types, 376 molecules
#2: Chemical | ChemComp-SAH / | ||||||
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#3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | ChemComp-MN / | #5: Chemical | ChemComp-IOD / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 4 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.24 Å3/Da / Density % sol: 70.99 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: 1.8 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 2.2→100 Å / Num. all: 89220 / Num. obs: 70485 / % possible obs: 79 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 11.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MIR / Resolution: 2.35→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 15.045 / SU ML: 0.16 / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(I): 1 / ESU R Free: 0.228 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 43.927 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.35→30 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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