[English] 日本語
Yorodumi- PDB-6juz: Crystal Structure of N-terminal domain of ArgZ(N71S) covalently b... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6juz | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal Structure of N-terminal domain of ArgZ(N71S) covalently bond to a reaction intermediate | ||||||
Components | Sll1336 protein | ||||||
Keywords | HYDROLASE / arginine dihydrolase / amidino-transferase domain / alpha/beta propeller fold / (LOR/SDH superfamily) | ||||||
Function / homology | Function and homology information : / : / Arginine dihydrolase ArgZ-like, C-terminal, Rossmann fold / Arginine dihydrolase ArgZ-like, C-terminal, first region / Conserved hypothetical protein CHP00300 / LOR/SDH bifunctional enzyme, conserved domain / LOR/SDH bifunctional enzyme conserved region / N,N dimethylarginine dimethylhydrolase, eukaryotic / Arginine deiminase / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily Similarity search - Domain/homology | ||||||
Biological species | Synechocystis sp. (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.21 Å | ||||||
Authors | Zhuang, N. / Li, L. / Wu, X. / Zhuang, Y. | ||||||
Funding support | China, 1items
| ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2020 Title: Crystal structures and biochemical analyses of the bacterial arginine dihydrolase ArgZ suggests a "bond rotation" catalytic mechanism. Authors: Zhuang, N. / Zhang, H. / Li, L. / Wu, X. / Yang, C. / Zhang, Y. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6juz.cif.gz | 80.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6juz.ent.gz | 56.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6juz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/6juz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/6juz | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 6juyC 6jv0SC 6jv1C S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 34549.410 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: N terminal domain of ArgZ / Mutation: N71S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (bacteria) Strain: PCC 6803 / Kazusa / Gene: sll1336 / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosseta (DE3) / References: UniProt: P74535 | ||
---|---|---|---|
#2: Chemical | ChemComp-ARG / | ||
#3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.38 Å3/Da / Density % sol: 48.24 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 / Details: 0.2 M KI, 0.1 M MES pH 6.5, 19% PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U1 / Wavelength: 0.97916 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Apr 29, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97916 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.21→50 Å / Num. obs: 89713 / % possible obs: 98.2 % / Redundancy: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.061 / Χ2: 0.856 / Net I/σ(I): 18.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6JV0 Resolution: 1.21→25.026 Å / SU ML: 0.1 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / Phase error: 17.84
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 63.01 Å2 / Biso mean: 19.2384 Å2 / Biso min: 9.92 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.21→25.026 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
|