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万見
- PDB-3ud6: Structural analyses of covalent enzyme-substrate analogue complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ud6
タイトルStructural analyses of covalent enzyme-substrate analogue complexes reveal strengths and limitations of de novo enzyme design
要素RETRO-ALDOLASE
キーワードLYASE/LYASE INHIBITOR / Computationally Designed / Retroaldolase / Tim Barrel / LYASE-LYASE INHIBITOR complex
機能・相同性Aldolase class I / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / 1-(6-METHOXYNAPHTHALEN-2-YL)BUTANE-1,3-DIONE
機能・相同性情報
生物種ARTIFICIAL GENE (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.091 Å
データ登録者Baker, D. / Stoddard, B.L. / Althoff, E.A. / Wang, L. / Jiang, L. / Moody, J. / Bolduc, J. / Lassila, J. / Hilvert, D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structural analyses of covalent enzyme-substrate analog complexes reveal strengths and limitations of de novo enzyme design.
著者: Wang, L. / Althoff, E.A. / Bolduc, J. / Jiang, L. / Moody, J. / Lassila, J.K. / Giger, L. / Hilvert, D. / Stoddard, B. / Baker, D.
履歴
登録2011年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2011年11月23日ID: 3NL8
改定 1.02011年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月30日Group: Database references
改定 1.22012年2月1日Group: Database references / Non-polymer description
改定 1.32013年11月20日Group: Non-polymer description
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月27日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RETRO-ALDOLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1714
ポリマ－29,7361
非ポリマー4343
水1,17165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.684, 62.684, 123.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 RETRO-ALDOLASE


分子量: 29736.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The Sequence Was Computationally Designed Based On Indole 3 Glycerol Phosphate Synthase Naturally Found in Sulfolobus Solfataricus.
由来: (組換発現) ARTIFICIAL GENE (人工物)
解説: THE SEQUENCE WAS COMPUTATIONALLY DESIGNED BASED ON INDOLE-3-GLYCEROL PHOSPHATE SYNTHASE NATURALLY FOUND IN SULFOLOBUS SOLFATARICUS.
プラスミド: PET29B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物 ChemComp-3NK / 1-(6-METHOXYNAPHTHALEN-2-YL)BUTANE-1,3-DIONE / 1-(6-メトキシ-2-ナフチル)-1,3-ブタンジオン


分子量: 242.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H14O3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細1-(6-METHOXY-2-NAPTHALENYL)-1,3-BUTANEDIONE (3NK) WAS REACTED WITH THE PROTEIN AND QUENCHED WITH ...1-(6-METHOXY-2-NAPTHALENYL)-1,3-BUTANEDIONE (3NK) WAS REACTED WITH THE PROTEIN AND QUENCHED WITH NA(BN)CH3. THE RESULTING COMPLEX FORMS A DOUBLE BOND BETWEEN ATOM C13 OF 3NK AND NZ OF LYS 159

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.72 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: Protein at 5mg/ml in 100mm NaCl, 25mm TRIS pH7.5. Crystals grew at and near 2M ammonium sulfate, 4% PEG400, 100mN Na acetate pH5.5, vapor diffusion, temperature 298k, VAPOR DIFFUSION

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月18日 / 詳細: VARIMAX HF
放射モノクロメーター: VARIMAX HR MIRRORS/OPTICS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.091→50 Å / Num. obs: 17137 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 29.82 Å2 / Rsym value: 0.037 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル解像度: 2.091→2.16 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 6.86 / Rsym value: 0.153 / % possible all: 95.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1A53, MODIFIED TO PREVENT MODEL BIAS

1a53


解像度: 2.091→19.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 4.894 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.247 / ESU R Free: 0.196 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 868 5.1 %RANDOM
Rwork0.227 ---
obs0.227 16229 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0.01 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.02 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.268 Å / Luzzati d res low obs: 19.47 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.091→19.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1995 0 27 65 2087
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0222035
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0282.0032749
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9335247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.43923.8289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.26815384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7781519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2314
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021484
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.2902
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.21409
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1330.2119
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1630.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.110.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.76521285
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.37632011
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9084871
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2156738
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.091→2.15 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 53 -
Rwork0.246 1121 -
obs--96.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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