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- PDB-6qdx: Structure of E.coli RlmJ in complex with a bisubstrate analogue (BA4) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qdx
タイトルStructure of E.coli RlmJ in complex with a bisubstrate analogue (BA4)
要素Ribosomal RNA large subunit methyltransferase J
キーワードTRANSFERASE / RNA MTases / methyltransferase / m6A / transition state analogue / inhibitor / RNA binding / TrmK / RlmJ / m1A / structure.
機能・相同性
機能・相同性情報


23S rRNA (adenine2030-N6)-methyltransferase / 23S rRNA (adenine(2030)-N(6))-methyltransferase activity / rRNA (adenine-N6-)-methyltransferase activity / carbon utilization / rRNA base methylation / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal RNA large subunit methyltransferase J / Ribosomal RNA large subunit methyltransferase D, RlmJ / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HY8 / Ribosomal RNA large subunit methyltransferase J / Ribosomal RNA large subunit methyltransferase J
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Oerum, S. / Catala, M. / Atdjian, C. / Brachet, F. / Ponchon, L. / Barraud, P. / Iannazzo, L. / Droogmans, L. / Braud, E. / Etheve-Quelquejeu, M. / Tisne, C.
引用ジャーナル: Rna Biol. / 年: 2019
タイトル: Bisubstrate analogues as structural tools to investigate m6A methyltransferase active sites.
著者: Oerum, S. / Catala, M. / Atdjian, C. / Brachet, F. / Ponchon, L. / Barraud, P. / Iannazzo, L. / Droogmans, L. / Braud, E. / Etheve-Quelquejeu, M. / Tisne, C.
履歴
登録2019年1月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月15日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosomal RNA large subunit methyltransferase J
B: Ribosomal RNA large subunit methyltransferase J
C: Ribosomal RNA large subunit methyltransferase J
D: Ribosomal RNA large subunit methyltransferase J
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,7868
ポリマ－129,0884
非ポリマー2,6994
水12,809711
1
A: Ribosomal RNA large subunit methyltransferase J
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9472
ポリマ－32,2721
非ポリマー6751
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ribosomal RNA large subunit methyltransferase J
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9472
ポリマ－32,2721
非ポリマー6751
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Ribosomal RNA large subunit methyltransferase J
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9472
ポリマ－32,2721
非ポリマー6751
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Ribosomal RNA large subunit methyltransferase J
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9472
ポリマ－32,2721
非ポリマー6751
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.420, 170.730, 66.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.32, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Ribosomal RNA large subunit methyltransferase J / 23STSA4 / rRNA (adenine(2030)-N6)-methyltransferase / 23S rRNA m6A2030 methyltransferase


分子量: 32271.955 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: yhiR, rlmJ, PPECC33_03818 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0G3KF30, UniProt: P37634*PLUS, 23S rRNA (adenine2030-N6)-methyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-HY8 / (2~{S})-4-[[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl-[3-[[9-[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{S})-5-(hydroxymethyl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]purin-6-yl]amino]propyl]amino]-2-azanyl-butanoic acid


分子量: 674.666 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H38N12O9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 711 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.52 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M MMT pH 6.0, 25% (w/v) PEG1500.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98007 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98007 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→48.323 Å / Num. obs: 75173 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.2072 / Net I/σ(I): 5.63
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.7769

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4BLV

4blv


解像度: 2.1→48.323 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2734 3751 4.99 %
Rwork0.2182 --
obs0.221 75113 98.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→48.323 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8699 0 175 711 9585
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0089107
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05112376
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.1775401
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0641354
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061568
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.12660.35281440.28862577X-RAY DIFFRACTION97
2.1266-2.15460.33961230.2792614X-RAY DIFFRACTION97
2.1546-2.18410.30831220.26642629X-RAY DIFFRACTION99
2.1841-2.21530.3521460.25622644X-RAY DIFFRACTION98
2.2153-2.24840.30351070.25252619X-RAY DIFFRACTION99
2.2484-2.28350.31441600.25022632X-RAY DIFFRACTION99
2.2835-2.32090.29991110.23732600X-RAY DIFFRACTION98
2.3209-2.36090.31671180.22732684X-RAY DIFFRACTION99
2.3609-2.40390.26351290.2322622X-RAY DIFFRACTION98
2.4039-2.45010.29061330.2232656X-RAY DIFFRACTION99
2.4501-2.50010.31351410.22632599X-RAY DIFFRACTION99
2.5001-2.55450.29771510.23552668X-RAY DIFFRACTION99
2.5545-2.61390.31431360.23632618X-RAY DIFFRACTION99
2.6139-2.67930.32091460.23422610X-RAY DIFFRACTION99
2.6793-2.75170.32881230.22752666X-RAY DIFFRACTION100
2.7517-2.83270.30431520.22812630X-RAY DIFFRACTION99
2.8327-2.92410.31941460.21522661X-RAY DIFFRACTION99
2.9241-3.02860.26131510.21642630X-RAY DIFFRACTION99
3.0286-3.14980.28291240.20982682X-RAY DIFFRACTION100
3.1498-3.29310.28731520.22152639X-RAY DIFFRACTION100
3.2931-3.46670.29411290.21332680X-RAY DIFFRACTION100
3.4667-3.68380.25121240.19872680X-RAY DIFFRACTION99
3.6838-3.96810.23661420.19822656X-RAY DIFFRACTION100
3.9681-4.36720.23241450.19262666X-RAY DIFFRACTION100
4.3672-4.99860.2241400.18342666X-RAY DIFFRACTION100
4.9986-6.29550.23961800.22042654X-RAY DIFFRACTION100
6.2955-48.33620.24671760.22822680X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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