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- PDB-6ucz: Crystal structure of dihydropteroate synthase from Anaplasma phag... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ucz
タイトルCrystal structure of dihydropteroate synthase from Anaplasma phagocytophilum with bound 6-hydroxymethylpterin-monophosphate
要素Dihydropteroate synthase
キーワードTRANSFERASE / SSGCID / PMM / dihydropteroate synthase / ptp / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydropteroate synthase / dihydropteroate synthase activity / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Dihydropteroate synthase signature 1. / Dihydropteroate synthase domain / Dihydropteroate synthase signature 2. / Dihydropteroate synthase-like / Pterin-binding domain / Pterin binding enzyme / Pterin-binding domain profile. / Dihydropteroate synthase-like / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / CITRIC ACID / PTERIN-6-YL-METHYL-MONOPHOSPHATE / Dihydropteroate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Anaplasma phagocytophilum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of dihydropteroate synthase from Anaplasma phagocytophilum with bound 6-hydroxymethylpterin-monophosphate
著者: Bolejack, M.J. / Delker, S.L. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2019年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
改定 1.22020年3月11日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydropteroate synthase
B: Dihydropteroate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,81812
ポリマ－63,8432
非ポリマー97410
水4,720262
1
A: Dihydropteroate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4695
ポリマ－31,9221
非ポリマー5474
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Dihydropteroate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3497
ポリマ－31,9221
非ポリマー4276
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.830, 81.480, 71.170
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.670, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Dihydropteroate synthase / DHPS / Dihydropteroate pyrophosphorylase


分子量: 31921.643 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anaplasma phagocytophilum (バクテリア)
遺伝子: WSQ_01200, folP / プラスミド: AnphA.01019.a.A1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: S5PWL8, dihydropteroate synthase

-
非ポリマー , 6種, 272分子

#2: 化合物 ChemComp-PMM / PTERIN-6-YL-METHYL-MONOPHOSPHATE / 6-ヒドロキシメチルプテリン一りん酸


分子量: 273.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N5O5P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.15 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 1:1 20 mg/mL AnphA.01019.a.A1.PW27052 in 2.5 mM Ptp, 100 mM sodium cacodylate/HCl, pH 6.5, 20% w/v PEG8000, 200 mM magnesium acetate against 100 mM sodium citrate tribasic/HCl, pH 5.5, 20% ...詳細: 1:1 20 mg/mL AnphA.01019.a.A1.PW27052 in 2.5 mM Ptp, 100 mM sodium cacodylate/HCl, pH 6.5, 20% w/v PEG8000, 200 mM magnesium acetate against 100 mM sodium citrate tribasic/HCl, pH 5.5, 20% w/v PEG3000, cryoprotectant: 20% ethylene glycol, 2.5 mM Ptp, tray 311087h9, puck tni6-6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2019年7月25日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→38.75 Å / Num. obs: 36233 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.659 % / Biso Wilson estimate: 34.394 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rrim(I) all: 0.052 / Χ2: 1.023 / Net I/σ(I): 19.42 / Num. measured all: 132591 / Scaling rejects: 3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2-2.052.7150.3422.916218272222900.9120.42584.1
2.05-2.112.9820.26347457264725010.9540.31994.5
2.11-2.173.5060.254.798940255325500.9630.29699.9
2.17-2.243.8170.2196.129481249424840.9770.25699.6
2.24-2.313.8170.1737.469320243924420.9850.201100
2.31-2.393.8240.148.998910233223300.990.16399.9
2.39-2.483.8180.12110.298599225822520.9910.14199.7
2.48-2.583.8280.09812.388407220321960.9950.11499.7
2.58-2.73.8320.07915.278012208720910.9960.092100
2.7-2.833.8230.0717.757603199619890.9960.08299.6
2.83-2.983.8150.05721.167256190719020.9970.06699.7
2.98-3.163.8120.04625.586865180518010.9980.05399.8
3.16-3.383.8120.03432.346485170317010.9990.0499.9
3.38-3.653.8130.0336.985975157015670.9990.03599.8
3.65-43.7810.02544.445532147014630.9990.02999.5
4-4.473.7870.02149.124995132413190.9990.02599.6
4.47-5.163.8090.0251.84407115711570.9990.023100
5.16-6.323.7760.02249.0837579979950.9990.02599.8
6.32-8.943.7040.01952.228527737700.9990.02299.6
8.94-38.753.510.01656.9515204434330.9990.01997.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6OMZ

6omz


解像度: 2→38.75 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.74
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1975 1985 5.48 %
Rwork0.1619 --
obs0.1639 36196 98.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 106.7 Å2 / Biso mean: 39.8793 Å2 / Biso min: 14.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→38.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3932 0 66 270 4268
Biso mean--49.73 45.45 -
残基数----519
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.050.26861080.23292100220884
2.05-2.110.24441200.20832325244594
2.11-2.170.19921420.193824632605100
2.17-2.240.24491550.181524502605100
2.24-2.320.25111430.171225112654100
2.32-2.410.21571240.168824652589100
2.41-2.520.21031480.165224622610100
2.52-2.650.20291490.167424842633100
2.65-2.820.22291490.168224692618100
2.82-3.040.19981460.171824832629100
3.04-3.340.1921530.157724692622100
3.34-3.820.18011710.143624752646100
3.82-4.820.17431410.138525042645100
4.82-38.750.17841360.160725512687100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6360.9146-0.41813.22210.01496.78920.0937-0.26410.25380.239-0.1-0.2321-0.35270.50670.02050.4015-0.0324-0.03890.2349-0.06920.271524.859727.1642-26.9831
21.5460.1193-0.72352.7273-0.05644.8504-0.0146-0.1324-0.0014-0.0338-0.04430.18370.1292-0.18820.070.231-0.0236-0.00330.1918-0.02520.166514.875413.2724-32.4126
37.1179-2.1746-5.04264.1091.71769.26130.03190.08710.14210.1750.0282-0.6735-0.24160.8739-0.08980.4119-0.0643-0.05920.28060.00740.240519.60511.01822.3217
42.6537-0.07990.15261.9783-0.27223.68460.02670.12780.0531-0.05560.01660.08790.0080.1546-0.07550.36850.01350.01780.1625-0.00730.15659.139-2.6175-5.6098
51.7759-0.19840.99325.39723.22424.1567-0.10150.10310.1726-0.4989-0.23030.5409-0.5055-0.25860.27860.343-0.0007-0.00910.2093-0.01790.2076-7.54189.4861-1.033
62.4354-0.01580.91560.61030.78953.6709-0.0267-0.02540.15370.264-0.02130.08380.05-0.02240.04670.43140.00770.03260.1547-0.00190.19152.48078.164412.6091
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 28 through 142 )A28 - 142
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 143 through 292 )A143 - 292
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 28 through 64 )B28 - 64
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 65 through 157 )B65 - 157
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 158 through 222 )B158 - 222
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 223 through 292 )B223 - 292

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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