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- PDB-6jtz: Crystal Structure of hRecQ1_D2-Zn-WH containing mutation on beta-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jtz
タイトルCrystal Structure of hRecQ1_D2-Zn-WH containing mutation on beta-hairpin
要素ATP-dependent DNA helicase Q1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / RecQ1 / Helicase / DNA-binding protein / Zn-binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


double-stranded DNA helicase activity / DNA/DNA annealing activity / four-way junction helicase activity / DNA 3'-5' helicase / 3'-5' DNA helicase activity / replication fork processing / DNA helicase activity / double-strand break repair via homologous recombination / chromosome / DNA replication ...double-stranded DNA helicase activity / DNA/DNA annealing activity / four-way junction helicase activity / DNA 3'-5' helicase / 3'-5' DNA helicase activity / replication fork processing / DNA helicase activity / double-strand break repair via homologous recombination / chromosome / DNA replication / DNA repair / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / nucleus / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RQC domain / ATP-dependent DNA helicase RecQ, zinc-binding domain / RecQ zinc-binding / DNA helicase, ATP-dependent, RecQ type / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. ...RQC domain / ATP-dependent DNA helicase RecQ, zinc-binding domain / RecQ zinc-binding / DNA helicase, ATP-dependent, RecQ type / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent DNA helicase Q1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.797 Å
データ登録者Das, T. / Mukhopadhyay, S. / Bose, M. / Das, A.K. / Ganguly, A.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Science & Technology (India) インド
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Residues at the interface between zinc binding and winged helix domains of human RECQ1 play a significant role in DNA strand annealing activity.
著者: Mukhopadhyay, S. / Das, T. / Bose, M. / Jain, C.K. / Chakraborty, M. / Mukherjee, S. / Shikha, K. / Das, A.K. / Ganguly, A.
履歴
登録2019年4月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent DNA helicase Q1
B: ATP-dependent DNA helicase Q1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,3824
ポリマ－80,2512
非ポリマー1312
水2,504139
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Dimer in ASU
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3160 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area26690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.950, 101.835, 73.434
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.070, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ATP-dependent DNA helicase Q1 / DNA helicase / RecQ-like type 1 / RecQ1 / DNA-dependent ATPase Q1 / RecQ protein-like 1


分子量: 40125.648 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 285-592 / 変異: del(561,562,565,566), Y564A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RECQL, RECQ1, RECQL1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: P46063, DNA helicase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 65% v/v Tacsimate pH=7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.797→72.516 Å / Num. obs: 18892 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 38.97 Å2 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.1 / Rsym value: 0.086 / Net I/av σ(I): 8.3 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
2.8-2.953.80.3662.127090.2170.4260.36698
2.95-3.133.80.258326080.1530.3010.25899.1
3.13-3.343.80.1574.924380.0930.1830.15799.2
3.34-3.613.80.1047.222890.0620.1210.10499.6
3.61-3.963.80.0789.420970.0470.0910.07899.6
3.96-4.423.80.05611.919390.0330.0650.05699.8
4.42-5.113.80.0512.816810.030.0580.0599.7
5.11-6.263.80.05811.614370.0350.0680.05899.9
6.26-8.853.70.0431511270.0260.050.04399.7
8.85-19.693.60.03119.75670.0190.0360.03190.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
SCALA3.3.22データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2V1X

2v1x


解像度: 2.797→19.69 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.91
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2817 950 5.03 %
Rwork0.2265 --
obs0.2293 18879 99.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 112.9 Å2 / Biso mean: 39.0775 Å2 / Biso min: 10.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.797→19.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4787 0 2 139 4928
Biso mean--47.76 33.09 -
残基数----604
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7974-2.94440.3731380.27482511264998
2.9444-3.12820.36141400.27352534267499
3.1282-3.36870.35791180.2462570268899
3.3687-3.70560.28241380.222425522690100
3.7056-4.23720.28911430.215625632706100
4.2372-5.32090.22241360.194425792715100
5.3209-19.69050.23781370.224526202757100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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