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万見
- PDB-6jpd: Mouse receptor-interacting protein kinase 3 (RIP3) amyloid struct... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jpd
タイトルMouse receptor-interacting protein kinase 3 (RIP3) amyloid structure by solid-state NMR
要素Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 3
キーワードPROTEIN FIBRIL / programmed necrosis / amyloid
機能・相同性
機能・相同性情報


RIPK1-mediated regulated necrosis / regulation of activation-induced cell death of T cells / regulation of CD8-positive, alpha-beta cytotoxic T cell extravasation / TRIF-mediated programmed cell death / execution phase of necroptosis / regulation of T cell mediated cytotoxicity / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / regulation of adaptive immune response / regulation of activated T cell proliferation / Regulation of necroptotic cell death ...RIPK1-mediated regulated necrosis / regulation of activation-induced cell death of T cells / regulation of CD8-positive, alpha-beta cytotoxic T cell extravasation / TRIF-mediated programmed cell death / execution phase of necroptosis / regulation of T cell mediated cytotoxicity / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / regulation of adaptive immune response / regulation of activated T cell proliferation / Regulation of necroptotic cell death / regulation of type II interferon production / programmed necrotic cell death / necroptotic signaling pathway / TRP channels / positive regulation of necroptotic process / regulation of reactive oxygen species metabolic process / activation of protein kinase activity / non-canonical NF-kappaB signal transduction / T cell homeostasis / necroptotic process / lymph node development / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / spleen development / reactive oxygen species metabolic process / thymus development / cellular response to hydrogen peroxide / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / T cell differentiation in thymus / regulation of apoptotic process / defense response to virus / amyloid fibril formation / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / protein-containing complex binding / signal transduction / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
RHIM domain / RIP homotypic interaction motif / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法個体NMR / simulated annealing
データ登録者Wu, X.L. / Hu, H. / Zhang, J. / Dong, X.Q. / Wang, J. / Schwieters, C. / Wang, H.Y. / Lu, J.X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Other governmentMinistry of Science and Technology (China) 2017YFA0504804 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: The amyloid structure of mouse RIPK3 (receptor interacting protein kinase 3) in cell necroptosis.
著者: Wu, X.L. / Hu, H. / Dong, X.Q. / Zhang, J. / Wang, J. / Schwieters, C.D. / Liu, J. / Wu, G.X. / Li, B. / Lin, J.Y. / Wang, H.Y. / Lu, J.X.
履歴
登録2019年3月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 3
B: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 3
C: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 3
D: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 3
E: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2725
ポリマ－47,2725
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy, Dark field beam-tilt transmission electron microscopy.Obtain the mass-per-unit length value., X-ray powder diffraction, confirm the fibril distance pattern.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area6910 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area6420 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1medoid

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要素

#1: タンパク質
Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 3 / RIP-like protein kinase 3 / Receptor-interacting protein 3 / mRIP3


分子量: 9454.359 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ripk3, Rip3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9QZL0, non-specific serine/threonine protein kinase

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111anisotropic12D CC DARR
1211anisotropic32D CC DARR
131anisotropic12D NCaCX
1201anisotropic32D NCaCX
141anisotropic12D NCOCX
1221anisotropic32D NCOCX
151anisotropic13D NCACX
1231anisotropic33D NCACX
161anisotropic13D NCOCX
1241anisotropic33D NCOCX
1171anisotropic12D NC TEDOR
1152anisotropic12D CC DARR
1142anisotropic12D NCaCX
1132anisotropic12D NCOCX
1162anisotropic12D NC TEDOR
1123anisotropic12D CC DARR
1113anisotropic12D NCaCX
1103anisotropic12D NCOCX
1183anisotropic12D NC TEDOR
184anisotropic22D NC TEDOR
174anisotropic12D CC DARR
1194anisotropic22D ChhC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
gel solid11 mg/mL [U-99% 13C; U-99% 15N] mouse rip3 fibril, H2Omouse rip3 fibrils, [U-99% 13C; U-99% 15N]H2O
gel solid21 mg/mL 99% 2-13C Glycerol; U-99% 15N mouse rip3 fibril, H2Omouse rip3 fibrils, 99% 15N, 99% 2-13C GlycerolH2O
gel solid31 mg/mL 99% 1,3-13C Glycerol; 99% 15N mouse rip3 fibril, H2Omouse rip3 fibrils, 99% 15N, 99% 1,3-13C GlycerolH2O
gel solid41 mg/mL [U-50% 13C; natural abundance N][natural abundance C13, U-50% N15] mouse rip3 fibril, H2Omouse rip3 fibrils, [U-50% 13C; natural abundance N][natural abundance C13, U-50% N15]H2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mg/mLmouse rip3 fibril[U-99% 13C; U-99% 15N]1
1 mg/mLmouse rip3 fibril99% 2-13C Glycerol; U-99% 15N2
1 mg/mLmouse rip3 fibril99% 1,3-13C Glycerol; 99% 15N3
1 mg/mLmouse rip3 fibril[U-50% 13C; natural abundance N][natural abundance C13, U-50% N15]4
試料状態イオン強度: 0 mM / Label: H2O / pH: 7.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7001303K
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7002268K
Agilent DD2AgilentDD27003303K

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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