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Yorodumi- PDB-4eoy: Plasmodium falciparum Atg8 in complex with Plasmodium falciparum ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4eoy | ||||||
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Title | Plasmodium falciparum Atg8 in complex with Plasmodium falciparum Atg3 peptide | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSPORT PROTEIN / Ubiquitin fold | ||||||
Function / homology | Function and homology information cytoplasmic ubiquitin ligase complex / Macroautophagy / Atg8-family ligase activity / apicoplast / response to xenobiotic stimulus => GO:0009410 / nucleophagy / autophagy of mitochondrion / cellular response to nitrogen starvation / autophagosome assembly / autophagy ...cytoplasmic ubiquitin ligase complex / Macroautophagy / Atg8-family ligase activity / apicoplast / response to xenobiotic stimulus => GO:0009410 / nucleophagy / autophagy of mitochondrion / cellular response to nitrogen starvation / autophagosome assembly / autophagy / protein transport / cytoplasmic vesicle / membrane / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.22 Å | ||||||
Authors | Hain, A.U.P. / Bosch, J. | ||||||
Citation | Journal: J.Struct.Biol. / Year: 2012 Title: Structural characterization and inhibition of the Plasmodium Atg8-Atg3 interaction. Authors: Hain, A.U. / Weltzer, R.R. / Hammond, H. / Jayabalasingham, B. / Dinglasan, R.R. / Graham, D.R. / Colquhoun, D.R. / Coppens, I. / Bosch, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4eoy.cif.gz | 176.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4eoy.ent.gz | 142.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4eoy.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4eoy_validation.pdf.gz | 479.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4eoy_full_validation.pdf.gz | 485.5 KB | Display | |
Data in XML | 4eoy_validation.xml.gz | 21.5 KB | Display | |
Data in CIF | 4eoy_validation.cif.gz | 30.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/4eoy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/4eoy | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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-Components
-Protein / Protein/peptide , 2 types, 6 molecules ABCDEF
#1: Protein | Mass: 14964.341 Da / Num. of mol.: 3 / Mutation: C32I, C119S, C122S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) Strain: 3D7 / Gene: PF10_0193 / Plasmid: MBP-pRSF-5 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta 2 / References: UniProt: Q8IJK2 #2: Protein/peptide | Mass: 1007.098 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: UNP residues 103-110 / Source method: obtained synthetically / Details: peptide Source: (synth.) Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) References: UniProt: C0H519 |
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-Non-polymers , 5 types, 342 molecules
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-ACT / #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-MG / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 2 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.2 Å3/Da / Density % sol: 44.13 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.1 M MES pH 6.5, 0.1 M Ca(OAc)2, 20% w/v PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection twin |
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Reflection | Resolution: 2.22→31.06 Å / Num. all: 21538 / Num. obs: 17965 / % possible obs: 83.4 % / Observed criterion σ(F): 20402 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 2.07 % / Biso Wilson estimate: 29.081 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.215 / Net I/σ(I): 7.28 | ||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.18→2.24 Å / Redundancy: 2.18 % / Rmerge(I) obs: 0.918 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 1605 / % possible all: 45 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 20 models (15 PDB 5 predicted) as ensemble using phenix.automr Resolution: 2.22→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 20.949 / SU ML: 0.255 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): -3 / ESU R: 0.343 / ESU R Free: 0.072 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 39.76 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.22→20 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.22→2.341 Å / Total num. of bins used: 10
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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