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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4eoy | ||||||
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タイトル | Plasmodium falciparum Atg8 in complex with Plasmodium falciparum Atg3 peptide | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Ubiquitin fold | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytoplasmic ubiquitin ligase complex / オートファジー / Atg8-family ligase activity / アピコプラスト / response to xenobiotic stimulus => GO:0009410 / nucleophagy / autophagy of mitochondrion / cellular response to nitrogen starvation / autophagosome assembly / オートファジー ...cytoplasmic ubiquitin ligase complex / オートファジー / Atg8-family ligase activity / アピコプラスト / response to xenobiotic stimulus => GO:0009410 / nucleophagy / autophagy of mitochondrion / cellular response to nitrogen starvation / autophagosome assembly / オートファジー / protein transport / cytoplasmic vesicle / 生体膜 / metal ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å | ||||||
データ登録者 | Hain, A.U.P. / Bosch, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2012 タイトル: Structural characterization and inhibition of the Plasmodium Atg8-Atg3 interaction. 著者: Hain, A.U. / Weltzer, R.R. / Hammond, H. / Jayabalasingham, B. / Dinglasan, R.R. / Graham, D.R. / Colquhoun, D.R. / Coppens, I. / Bosch, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4eoy.cif.gz | 176.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4eoy.ent.gz | 142.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4eoy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/4eoy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/4eoy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 14964.341 Da / 分子数: 3 / 変異: C32I, C119S, C122S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 株: 3D7 / 遺伝子: PF10_0193 / プラスミド: MBP-pRSF-5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: Q8IJK2 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1007.098 Da / 分子数: 3 / Fragment: UNP residues 103-110 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: peptide 由来: (合成) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 参照: UniProt: C0H519 |
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-非ポリマー , 5種, 342分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-ACT / #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-MG / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.13 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 0.1 M Ca(OAc)2, 20% w/v PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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Reflection twin |
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反射 | 解像度: 2.22→31.06 Å / Num. all: 21538 / Num. obs: 17965 / % possible obs: 83.4 % / Observed criterion σ(F): 20402 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.07 % / Biso Wilson estimate: 29.081 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.215 / Net I/σ(I): 7.28 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.18→2.24 Å / 冗長度: 2.18 % / Rmerge(I) obs: 0.918 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 1605 / % possible all: 45 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 20 models (15 PDB 5 predicted) as ensemble using phenix.automr 解像度: 2.22→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 20.949 / SU ML: 0.255 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / ESU R: 0.343 / ESU R Free: 0.072 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.76 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.22→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.22→2.341 Å / Total num. of bins used: 10
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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