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- PDB-6jp7: Human antibody 32D6 Fab in complex with PEG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jp7
タイトルHuman antibody 32D6 Fab in complex with PEG
要素
  • immunoglobulin Fab heavy chain
  • immunoglobulin Fab light chain
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / antibody Fab / influenza hemagglutinin / complex structure / specific binding / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Chem-3FX
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.909 Å
データ登録者Lee, C.C. / Ko, T.P. / Lin, L.L. / Wang, A.H.J.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Academia Sinica (Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: J.Biomed.Sci. / 年: 2020
タイトル: Structural basis of polyethylene glycol recognition by antibody.
著者: Lee, C.C. / Su, Y.C. / Ko, T.P. / Lin, L.L. / Yang, C.Y. / Chang, S.S. / Roffler, S.R. / Wang, A.H.
履歴
登録2019年3月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: immunoglobulin Fab heavy chain
L: immunoglobulin Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6036
ポリマ－48,5642
非ポリマー1,0394
水10,215567
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5130 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area20530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.658, 73.658, 191.249
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-1078-

HOH

21L-1188-

HOH

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要素

#1: 抗体 immunoglobulin Fab heavy chain


分子量: 25556.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 immunoglobulin Fab light chain


分子量: 23007.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-3FX / (2R)-3-(cyclohexylamino)-2-hydroxypropane-1-sulfonic acid


分子量: 237.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H19NO4S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 567 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.12 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 600, CAPSO

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→30 Å / Num. obs: 47075 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 16.46
反射 シェル解像度: 1.91→1.98 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.347 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4515 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000data processing
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6A4K

6a4k


解像度: 1.909→29.177 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 20.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2135 2313 5.27 %
Rwork0.1687 --
obs0.1711 43899 92.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.909→29.177 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3418 0 53 567 4038
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083594
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9524892
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5672147
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058547
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006614
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9087-1.94770.2622720.21181457X-RAY DIFFRACTION55
1.9477-1.990.2761970.19451735X-RAY DIFFRACTION66
1.99-2.03630.2647850.19671943X-RAY DIFFRACTION75
2.0363-2.08720.19321120.19262350X-RAY DIFFRACTION89
2.0872-2.14360.23161300.19182537X-RAY DIFFRACTION97
2.1436-2.20670.27721340.18832629X-RAY DIFFRACTION99
2.2067-2.27790.24231440.18352643X-RAY DIFFRACTION100
2.2779-2.35930.24451630.17662592X-RAY DIFFRACTION100
2.3593-2.45370.24551530.17932648X-RAY DIFFRACTION100
2.4537-2.56530.20731420.18412585X-RAY DIFFRACTION100
2.5653-2.70050.2391900.18312588X-RAY DIFFRACTION99
2.7005-2.86950.22871550.18292612X-RAY DIFFRACTION99
2.8695-3.09090.22011470.17762620X-RAY DIFFRACTION98
3.0909-3.40150.21261370.16382628X-RAY DIFFRACTION98
3.4015-3.89270.20161490.14922638X-RAY DIFFRACTION98
3.8927-4.90060.15261460.12692608X-RAY DIFFRACTION95
4.9006-29.18010.1951570.16672773X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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