PDB-6jkl: Structure of a triple-helix region of human collagen type II

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6jkl

タイトル

Structure of a triple-helix region of human collagen type II

要素

A triple-helix region of human collagen type II

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) /

collagen (コラーゲン)

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.148 Å

データ登録者

Yang, X. / Zhu, Y. / Ye, S. / Zhang, R.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of a triple-helix region of human collagen type II.
著者: Yang, X. / Zhu, Y. / Ye, S. / Zhang, R. / Lu, L.

履歴

登録	2019年3月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6jkl.cif.gz	37.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6jkl.ent.gz	31.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6jkl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jk/6jkl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jk/6jkl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6jecC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ym8-1 3adm-1 2cuo-1 2cuo-2 3b0s-1 3pon-d 3ai6-1 3b0s-2 2d3f-2 3ai6-2 1ym8-2 2g66-d 2d3f-1 6s8x-1 4gyx-d 6od2-d 6s8x-2 1kfn-d 4n3x-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1)

登録構造単位

A: A triple-helix region of human collagen type II

B: A triple-helix region of human collagen type II

C: A triple-helix region of human collagen type II

7.29 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.541, 17.424, 51.637
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 114.39, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質・ペプチド	A triple-helix region of human collagen type II 分子量: 2431.464 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 27.66 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M Imidazole:HCl pH 8.0, 30%(w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2019年2月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.148→29.737 Å / Num. obs: 2848 / % possible obs: 99.27 % / 冗長度: 2.5 % / Net I/σ(I): 24.79
反射シェル	解像度: 2.15→2.19 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.148→29.737 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.92

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2421	143	5.02 %
R_work	0.1957	-	-
obs	0.1983	2848	99.27 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.148→29.737 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	515	0	0	84	599

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	561
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.189	785
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.239	362
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.085	73
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	114

LS精密化シェル

解像度: 2.148→2.19 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2421	143	-
R_work	0.1957	2705	-
obs	-	-	99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4003	1.429	1.339	1.2817	0.5986	0.6223	-0.1886	0.6262	0.0804	-0.245	0.0153	-0.0269	-0.4942	0.0929	-0.0077	0.1782	0.0538	-0.0173	0.2335	0.0599	0.2279	19.3764	9.5883	10.5971
2	1.1303	-1.0509	-0.8112	2.0308	1.7119	1.4536	0.0182	-0.0215	-0.338	-0.3286	-0.6018	0.0249	0.6257	0.1315	-0.1327	0.2333	0.0547	0.0453	0.3402	0.027	0.1889	8.3504	8.9949	28.2549
3	1.7919	-0.2641	2.2798	1.1116	1.2267	5.3688	-0.427	-0.17	0.1244	0.385	0.1552	-0.1507	0.2963	0.6414	0.053	0.2034	0.0325	-0.0055	0.0887	0.0019	0.1592	-1.3602	11.1703	39.771
4	1.1514	-0.2039	-0.8828	0.526	0.7384	1.3627	0.4006	0.1107	0.1735	-0.0668	-0.1483	0.1276	-0.4684	-0.2199	0.0442	0.1541	0.0411	0.0055	0.1109	-0.0142	0.1647	-15.4674	12.2246	48.4369
5	2.0001	2	-8.5214	2	2.5095	7.1176	0.2253	-0.6263	-0.3517	0.922	-0.6401	0.3471	-0.5798	-1.0985	0.3812	0.1775	-0.114	0.0786	0.4252	-0.1023	0.2417	-24.2761	9.5807	60.5912
6	1.3831	0.0005	0.9775	0.6243	0.2614	0.8229	0.0057	-0.2494	-0.3198	0.1738	0.1596	-0.2449	0.1762	0.3327	0.2857	0.1928	0.0275	0.0311	0.1756	0.0207	0.2522	20.3297	10.5522	16.7199
7	4.7902	1.9662	-0.5645	1.9403	-0.2666	0.0683	0.591	-0.3811	1.0322	0.2888	-0.0273	0.1316	-0.3125	-0.5912	0.1086	0.1727	0.0523	0.0164	0.3149	-0.0119	0.179	6.0732	13.9676	28.0667
8	0.4184	-0.3558	0.0656	0.3779	0.0504	0.3834	0.055	0.0433	0.2126	0.0123	0.0719	0.1377	0.2986	-0.0097	0.0015	0.1245	0.02	-0.0272	0.2172	0.001	0.1206	-12.4393	9.1573	45.4801
9	1.0133	0.2984	-0.2066	0.7598	-0.0912	0.0442	0.125	-0.1656	0.299	0.148	-0.0562	0.5069	0.0384	-0.094	-0.1386	0.1728	-0.2853	-0.0243	0.3447	0.1429	0.2094	-21.5558	10.7635	65.0329
10	0.4069	0.6094	-0.0914	3.7274	-1.5615	1.2397	0.1643	-0.0838	-0.0619	0.4076	-0.2258	-0.4975	-0.2775	0.0889	-0.2151	0.1127	-0.0151	-0.036	0.2032	0.0062	0.1403	19.8874	14.0625	12.4789
11	1.2262	-1.5237	-0.9973	1.892	1.1748	4.1615	0.2529	0.4561	0.6756	-0.6652	-0.064	0.2904	-0.5578	-0.1831	0.0677	0.3208	-0.0854	0.0422	0.367	-0.0362	0.1749	5.1615	10.4663	23.1257
12	1.0097	-0.8351	-0.0781	0.8781	-0.3037	0.7388	-0.0982	-0.0237	-0.046	-0.0447	0.1302	0.3007	0.1504	-0.0822	0.1041	0.1645	0.0497	-0.0697	0.0102	-0.0166	0.1566	-2.9874	6.5776	38.2352
13	1.7008	-0.1696	0.237	0.0237	-0.0097	0.043	-0.0298	-0.3792	-0.2469	-0.0498	0.0063	0.1914	-0.087	-0.0544	0.0222	0.1584	-0.0019	-0.0164	0.0602	0.0048	0.1159	-12.4256	11.4297	51.6051
14	2.758	-0.0534	-0.643	4.2934	0.0119	1.5507	0.0559	-0.1717	-0.4148	0.4393	-0.173	0.9263	-0.1126	0.1888	0.1872	0.1938	0.0888	0.0577	0.2809	-0.0498	0.2366	-23.1587	14.5794	60.4164

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 7 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 9 through 13 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 14 through 18 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 19 through 25 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 27 through 28 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 0 through 6 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 7 through 12 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 13 through 24 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 25 through 27 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 0 through 6 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 7 through 12 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 13 through 17 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 18 through 24 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 25 through 28 )

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