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万見
- PDB-6jjf: Crystal structure of a two-quartet DNA mixed-parallel/antiparalle... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jjf
タイトルCrystal structure of a two-quartet DNA mixed-parallel/antiparallel G-quadruplex
要素DNA (5'-D(*GP*GP*CP*TP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*A)-3')
キーワードDNA / G-quadruplex / two-quartet / mixed-parallel/antiparallel
機能・相同性: / COBALT HEXAMMINE(III) / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Pseudorabies virus Ea (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Zhang, Y.S. / EI Omari, K. / Duman, R. / Wagner, A. / Parkinson, G.N. / Wei, D.G.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31672558 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Native de novo structural determinations of non-canonical nucleic acid motifs by X-ray crystallography at long wavelengths.
著者: Zhang, Y. / El Omari, K. / Duman, R. / Liu, S. / Haider, S. / Wagner, A. / Parkinson, G.N. / Wei, D.
履歴
登録2019年2月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月9日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / citation_author / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.22020年10月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*TP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*A)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*TP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3499
ポリマ－8,7262
非ポリマー6247
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis, dimer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1570 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area5270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.370, 47.600, 37.730
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.020, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*CP*TP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*A)-3')


分子量: 4362.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pseudorabies virus Ea (ウイルス)
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.93 % / 解説: square
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Potassium cacodylate, Sodium cacodylate, Potassium chloride, Sodium chloride, Lithium chloride, Hexammine cobalt (III) chloride, MPD

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21001N
31001N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンDiamond I2311.5895
シンクロトロンDiamond I2323.3509
シンクロトロンDiamond I2331.5895
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS 12M1PIXEL2018年5月21日
DECTRIS PILATUS 12M2PIXEL2018年6月25日
DECTRIS PILATUS 12M3PIXEL2018年6月27日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
3SINGLE WAVELENGTHMx-ray3
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.58951
23.35091
31
反射

Entry-ID: 6JJF / 冗長度: 6.4 %

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)Biso Wilson estimate (Å2)CC1/2Rmerge(I) obsDiffraction-IDNet I/σ(I)
1.47-23.8127049825.090.9980.036117.7
2.19-35.34386598.60.9990.076236.7
1.4-35.371488099.710.064326.8
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.47-1.520.5131.111220.644186.6
2.19-2.260.16311.42860.975286.4
1.4-1.422.179114800.6683

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
HKL2Map位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.47→23.8 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1992 610 4.81 %
Rwork0.1921 12073 -
obs0.1924 12683 98.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 91.76 Å2 / Biso mean: 33.7619 Å2 / Biso min: 19.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.47→23.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 580 25 67 672
Biso mean--50.68 39.21 -
残基数----28
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.47-1.61790.34711210.2829291794
1.6179-1.8520.25911560.2065302399
1.852-2.3330.22181790.21473043100
2.333-23.80.17361540.1772309099
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -3.603 Å / Origin y: -7.6468 Å / Origin z: -7.6421 Å
111213212223313233
T0.2338 Å2-0.0152 Å2-0.0058 Å2-0.2214 Å2-0.0077 Å2--0.2398 Å2
L1.7307 °2-0.6688 °2-0.6631 °2-1.4693 °2-0.101 °2--2.0666 °2
S-0.0404 Å °0.1328 Å °-0.1068 Å °-0.0897 Å °0.0395 Å °0.0078 Å °-0.0505 Å °0.048 Å °-0.0005 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 14
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 14
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 3
4X-RAY DIFFRACTION1allD1
5X-RAY DIFFRACTION1allE101 - 103
6X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 68

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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