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万見
- PDB-6jgj: Crystal structure of the F99S/M153T/V163A/E222Q variant of GFP at... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jgj
タイトルCrystal structure of the F99S/M153T/V163A/E222Q variant of GFP at 0.78 A
要素Green fluorescent protein
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / Green Fluorescent Protein / hydrogen
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Green fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.78 Å
データ登録者Takaba, K. / Tai, Y. / Hanazono, Y. / Miki, K. / Takeda, K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science17H03643 日本
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2019
タイトル: Subatomic resolution X-ray structures of green fluorescent protein.
著者: Takaba, K. / Tai, Y. / Eki, H. / Dao, H.A. / Hanazono, Y. / Hasegawa, K. / Miki, K. / Takeda, K.
履歴
登録2019年2月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.22019年5月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 2.12023年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8923
ポリマ－25,8431
非ポリマー492
水11,458636
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area40 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area10380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.870, 62.340, 68.850
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Green fluorescent protein


分子量: 25842.973 Da / 分子数: 1 / 変異: E222Q, F99S, M153T, V163A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
遺伝子: GFP / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P42212
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 636 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細The authors state that there are some difference in the structures between CRO in database and CRO ...The authors state that there are some difference in the structures between CRO in database and CRO in this model. They are in the terminal carboxylic and amino groups and the protonation of phenolic oxygen.
Has protein modificationY
配列の詳細(1) The mutated chromophore, CRO, was used an initial model for refinement. Its hydroxyethyl group ...(1) The mutated chromophore, CRO, was used an initial model for refinement. Its hydroxyethyl group inserted to the model by S65T mutation was replaced with original hydoxymethyl in the refinement step, and finally its name was changed to GYS. (2) Q80R was caused by a PCR error in the early study (Chalfie, M. et al., Science, 1994).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.73 %
結晶化温度: 308 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG 4000, MgCl2, Tris-HCl buffer

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データ収集

回折平均測定温度: 56 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.35 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.35 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.77→31.14 Å / Num. obs: 254665 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.873 % / Biso Wilson estimate: 8.04 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rrim(I) all: 0.076 / Χ2: 0.949 / Net I/σ(I): 15.68
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
0.78-0.88.632.0981.12227210.5072.22998
0.8-0.8111.031.711.56183730.6531.79399.8
0.81-0.8411.2821.3731.98179190.7341.43899.9
0.84-0.8611.4221.1532.35173750.791.20799.9
0.86-0.8911.5520.8883.09168940.8610.928100
0.89-0.9211.7020.6734.07163430.9090.704100
0.92-0.9611.860.4985.49157630.9490.52100
0.96-0.9912.0420.3677.3151910.9710.383100
0.99-1.0412.2230.2759.66145690.9850.287100
1.04-1.0912.4710.18513.71139330.9930.19399.9
1.09-1.1512.6720.12918.99133250.9960.135100
1.15-1.2212.9850.10622.64125880.9980.11100
1.22-1.312.9580.09425.01118220.9980.098100
1.3-1.4112.9640.08228.35110550.9980.08699.9
1.41-1.5413.4110.06434.67100220.9990.06798.4
1.54-1.7213.2530.04942.8489310.9990.05196.5
1.72-1.9911.2980.0447.7377600.9990.04294.5
1.99-2.4310.890.03656.4663820.9990.03791.4
2.43-3.4414.4150.03570.6754730.9990.037100
3.44-31.1413.0710.03971.7831270.9980.0499.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXL精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WUR

2wur


解像度: 0.78→31.14 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
詳細: This model was finally refined with Multipolar Atomic Model using MoPro program but the determined multipolar parameters are not included.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.125 12719 4.99 %Random selection
Rwork0.108 ---
obs-254639 99.2 %-
原子変位パラメータBiso max: 85.31 Å2 / Biso mean: 11.0321 Å2 / Biso min: 4.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.78→31.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1803 0 1 636 2440
LS精密化 シェル解像度: 0.78→0.8 Å /
反射数%反射
obs22721 98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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