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万見
- PDB-3ssy: Engineered low-affinity halide-binding protein derived from YFP: ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ssy
タイトルEngineered low-affinity halide-binding protein derived from YFP: iodide complex
要素Green fluorescent protein
キーワードHALIDE BINDING PROTEIN / beta barrel / luminescent protein / yellow fluorescent protein / imaging reagent
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Green fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.769 Å
データ登録者Wang, W. / Grimley, J.S. / Beese, L.S. / Hellinga, H.W.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Determination of engineered chloride-binding site structures in fluorescent proteins reveals principles of halide recognition
著者: Wang, W. / Grimley, J.S. / Augustine, G.J. / Beese, L.S. / Hellinga, H.W.
履歴
登録2011年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 2.12024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7444
ポリマ－29,3631
非ポリマー3813
水4,216234
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.635, 61.821, 69.603
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Green fluorescent protein


分子量: 29362.801 Da / 分子数: 1 / 変異: S72A, K79R, T203Y, H231L / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: synthetic
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
遺伝子: GFP / プラスミド: pUC19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): KRX / 参照: UniProt: P42212
#2: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細UNP RESIDUE SER65 UNDERWENT MUTATION TO GLY. GLY65, TYR66, AND GLY67 CIRCULARIZED INTO ONE CHROMOPHORE (CR2).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.98 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 22% PEG2000, 50 mM sodium acetate, 90 mM magnesium chloride, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1.1109 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月10日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double-crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1109 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.769→46.222 Å / Num. obs: 22178 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.77-1.87.20.467198.2
1.8-1.837.20.427198.1
1.83-1.877.20.317198.4
1.87-1.917.20.3198.2
1.91-1.957.10.223199.3
1.95-1.997.20.197197.8
1.99-2.047.20.167199.6
2.04-2.17.20.139198.4
2.1-2.167.10.12198.7
2.16-2.237.10.105199.8
2.23-2.317.10.108199.2
2.31-2.47.10.082199.2
2.4-2.517.10.071199.4
2.51-2.6470.064199.5
2.64-2.816.90.059199.7
2.81-3.036.90.052199.8
3.03-3.336.80.038199.7
3.33-3.816.50.0281100
3.81-4.86.80.023198.8
4.8-506.70.027199.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SERGUIデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 3SST

3sst


解像度: 1.769→46.222 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.14 / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1939 1112 5.02 %
Rwork0.1561 --
obs0.158 22133 98.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.77 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.551 Å2 / ksol: 0.406 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.8617 Å20 Å2-0 Å2
2--4.9739 Å20 Å2
3----1.1122 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.769→46.222 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1833 0 3 234 2070
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011937
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2922629
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.304719
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.088281
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006348
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7691-1.84970.20651330.17682499X-RAY DIFFRACTION97
1.8497-1.94720.23281310.16282592X-RAY DIFFRACTION99
1.9472-2.06920.20231240.14722611X-RAY DIFFRACTION98
2.0692-2.22890.18531400.14942599X-RAY DIFFRACTION99
2.2289-2.45320.20261380.14692609X-RAY DIFFRACTION99
2.4532-2.80820.181530.15392627X-RAY DIFFRACTION100
2.8082-3.53780.20021490.15112680X-RAY DIFFRACTION100
3.5378-46.23730.18431440.16342804X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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