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- PDB-6j7w: Crystal Structure of Human BCMA in complex with UniAb(TM) VH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j7w
タイトルCrystal Structure of Human BCMA in complex with UniAb(TM) VH
要素
  • Tumor necrosis factor receptor superfamily member 17
  • UniAb
キーワードIMMUNE SYSTEM / Heavy chain antibodies / VH domains / domain antibodies
機能・相同性
機能・相同性情報


lymphocyte homeostasis / TNFs bind their physiological receptors / endomembrane system / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / signaling receptor activity / adaptive immune response / signal transduction / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
BCMA, TALL-1 binding / Tumour necrosis factor receptor 17 / BCMA, TALL-1 binding / Tumor necrosis factor receptor 13C/17
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 17
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Clarke, S.C. / Ma, B. / Trinklein, N.D. / Schellenberger, U. / Osborn, M. / Ouisse, L. / Boudreau, A. / Davison, L. / Harris, K.E. / Ugamraj, H. ...Clarke, S.C. / Ma, B. / Trinklein, N.D. / Schellenberger, U. / Osborn, M. / Ouisse, L. / Boudreau, A. / Davison, L. / Harris, K.E. / Ugamraj, H. / Balasubramani, A. / Dang, K. / Jorgensen, B. / Ogana, H. / Pham, D. / Pratap, P. / Sankaran, P. / Anegon, I. / van Schooten, W. / Bruggemann, M. / Buelow, R. / Force Aldred, S.
引用ジャーナル: Front Immunol / 年: 2018
タイトル: Multispecific Antibody Development Platform Based on Human Heavy Chain Antibodies
著者: Clarke, S.C. / Ma, B. / Trinklein, N.D. / Schellenberger, U. / Osborn, M.J. / Ouisse, L.H. / Boudreau, A. / Davison, L.M. / Harris, K.E. / Ugamraj, H.S. / Balasubramani, A. / Dang, K.H. / ...著者: Clarke, S.C. / Ma, B. / Trinklein, N.D. / Schellenberger, U. / Osborn, M.J. / Ouisse, L.H. / Boudreau, A. / Davison, L.M. / Harris, K.E. / Ugamraj, H.S. / Balasubramani, A. / Dang, K.H. / Jorgensen, B. / Ogana, H.A.N. / Pham, D.T. / Pratap, P.P. / Sankaran, P. / Anegon, I. / van Schooten, W.C. / Bruggemann, M. / Buelow, R. / Force Aldred, S.
履歴
登録2019年1月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UniAb
C: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 17
B: UniAb
D: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 17


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8894
ポリマ－33,8894
非ポリマー00
水61334
1
A: UniAb
C: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 17


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9452
ポリマ－16,9452
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1370 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area7870 Å2
手法PISA
2
B: UniAb
D: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 17


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9452
ポリマ－16,9452
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1370 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area7500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.392, 73.806, 133.491
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: 抗体 UniAb


分子量: 12588.841 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Heavy chain Antibody / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質・ペプチド Tumor necrosis factor receptor superfamily member 17 / B-cell maturation protein


分子量: 4355.890 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Human B-Cell Maturation Antigen / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCMA / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q02223
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 0.2M sodium malonate pH 4.0 and 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→48.99 Å / Num. obs: 10364 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.59→2.7 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.268 / Num. unique obs: 1219 / CC1/2: 0.977 / Rpim(I) all: 0.108 / Rrim(I) all: 0.289 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
XDSデータ削減
pointlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3zhk, 4zfo

3zhk

4zfo


解像度: 2.6→48.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 13.2 / SU ML: 0.278 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.41 / ESU R Free: 0.352
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2713 514 5 %RANDOM
Rwork0.2085 ---
obs0.2118 9739 99.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 132.76 Å2 / Biso mean: 55.386 Å2 / Biso min: 32.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.68 Å2-0 Å20 Å2
2--0.9 Å2-0 Å2
3---1.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→48.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2311 0 0 34 2345
Biso mean---51.05 -
残基数----311
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0142365
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171963
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.351.6543210
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8681.6444621
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5555307
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.99721.933119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.84415354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8151516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2299
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022743
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02445
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 32 -
Rwork0.279 701 -
all-733 -
obs--99.73 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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