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万見
- PDB-6j6f: Ligand binding domain 1 and 2 of Talaromyces marneffei Mp1 protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j6f
タイトルLigand binding domain 1 and 2 of Talaromyces marneffei Mp1 protein
要素Envelope glycoprotein
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / T.marenffei Mp1p
機能・相同性Cell wall mannoprotein 1 / Hydrophobic surface binding protein A / extracellular region / NICKEL (II) ION / Envelope glycoprotein
機能・相同性情報
生物種Talaromyces marneffei PM1 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Lam, W.H. / Zhang, H. / Hao, Q.
引用ジャーナル: Infect. Immun. / 年: 2019
タイトル: Talaromyces marneffeiMp1 Protein, a Novel Virulence Factor, Carries Two Arachidonic Acid-Binding Domains To Suppress Inflammatory Responses in Hosts.
著者: Lam, W.H. / Sze, K.H. / Ke, Y. / Tse, M.K. / Zhang, H. / Woo, P.C.Y. / Lau, S.K.P. / Lau, C.C.Y. / Xu, S. / Lai, P.M. / Zhou, T. / Antonyuk, S.V. / Kao, R.Y.T. / Yuen, K.Y. / Hao, Q.
履歴
登録2019年1月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2019年3月6日ID: 5X3Q
改定 1.02019年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope glycoprotein
B: Envelope glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5574
ポリマ－66,4402
非ポリマー1172
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)146.393, 146.393, 148.611
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A16 - 323
2111B16 - 323

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.281932, 0.959433, 0.00137), (0.959434, 0.28193, 0.001562), (0.001113, 0.001755, -0.999998)-93.891281, 70.221222, 16.320459

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要素

#1: タンパク質 Envelope glycoprotein / Mp1p


分子量: 33219.848 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Talaromyces marneffei PM1 (菌類) / 遺伝子: MP1 / プラスミド: His-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A093VKV7
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.54 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4 / 詳細: 0.1M Tris-HCl, 10mM NiCl2, 1.1M Li2SO4, 5% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97852 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.2→50 Å / Num. obs: 12272 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.153 / Χ2: 0.982 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible allRmerge(I) obs
4.2-4.356.311890.9911100
4.35-4.526.312051.10611000.902
4.52-4.736.312170.94911000.694
4.73-4.986.312000.98311000.528
4.98-5.296.312050.98211000.462
5.29-5.76.312100.98911000.495
5.7-6.276.112310.99511000.41
6.27-7.18612310.92199.70.167
7.18-9.03612610.949199.80.079
9.03-505.713230.953197.30.102

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation6.74 Å41.03 Å
Translation6.74 Å41.03 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FB7

5fb7


解像度: 4.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 88.122 / SU ML: 1.119 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.784
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3496 547 4.5 %RANDOM
Rwork0.2943 ---
obs0.2967 11685 99.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 364.26 Å2 / Biso mean: 93.425 Å2 / Biso min: 44.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.88 Å2-0 Å2-0 Å2
2--3.88 Å2-0 Å2
3----7.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 4.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3215 0 2 0 3217
Biso mean--89.74 --
残基数----622
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0193254
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2521.9444533
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6375620
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.14723.15819
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.6341529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2572
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212700
Refine LS restraints NCS数: 308 / タイプ: TIGHT THERMAL / Rms dev position: 14.93 Å / Weight position: 0.5
LS精密化 シェル解像度: 4.202→4.31 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.414 61 -
Rwork0.435 824 -
all-885 -
obs--99.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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