PDB-6j13: Redox protein from Chlamydomonas reinhardtii

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6j13

タイトル

Redox protein from Chlamydomonas reinhardtii

要素

2-cys peroxiredoxin

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Peroxiredoxin / redox- / Chlamydomonas reinhardtii

機能・相同性

機能・相同性情報

thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress
類似検索 - 分子機能

生物種

Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Charoenwattansatien, R. / Zinzius, K. / Tanaka, H. / Hippler, M. / Kurisu, G.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Calcium sensing via EF-hand 4 enables thioredoxin activity in the sensor-responder protein calredoxin in the green algaChlamydomonas reinhardtii.
著者: Charoenwattanasatien, R. / Zinzius, K. / Scholz, M. / Wicke, S. / Tanaka, H. / Brandenburg, J.S. / Marchetti, G.M. / Ikegami, T. / Matsumoto, T. / Oda, T. / Sato, M. / Hippler, M. / Kurisu, G.

履歴

登録	2018年12月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年4月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6j13.cif.gz	640.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6j13.ent.gz	531.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6j13.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6j13_validation.pdf.gz	518.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6j13_full_validation.pdf.gz	524 KB	表示
XML形式データ	6j13_validation.xml.gz	53.4 KB	表示
CIF形式データ	6j13_validation.cif.gz	74.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/6j13 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/6j13	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1qmvS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3tjj-1 3tjb-1 6utl-d 4rqx-1 3vwu-d 4fh8-d 3tjg-1 4kb3-d 6e0g-d 3tkq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 2-cys peroxiredoxin

B: 2-cys peroxiredoxin

C: 2-cys peroxiredoxin

D: 2-cys peroxiredoxin

E: 2-cys peroxiredoxin

F: 2-cys peroxiredoxin

G: 2-cys peroxiredoxin

H: 2-cys peroxiredoxin

I: 2-cys peroxiredoxin

J: 2-cys peroxiredoxin

247 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 2-cys peroxiredoxin

B: 2-cys peroxiredoxin

C: 2-cys peroxiredoxin

D: 2-cys peroxiredoxin

E: 2-cys peroxiredoxin

A: 2-cys peroxiredoxin

B: 2-cys peroxiredoxin

C: 2-cys peroxiredoxin

D: 2-cys peroxiredoxin

E: 2-cys peroxiredoxin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: High speed AFM
247 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

F: 2-cys peroxiredoxin

G: 2-cys peroxiredoxin

H: 2-cys peroxiredoxin

I: 2-cys peroxiredoxin

J: 2-cys peroxiredoxin

F: 2-cys peroxiredoxin

G: 2-cys peroxiredoxin

H: 2-cys peroxiredoxin

I: 2-cys peroxiredoxin

J: 2-cys peroxiredoxin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
247 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	134.990, 419.230, 94.530
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	2-cys peroxiredoxin / Peroxiredoxin / Thioredoxin peroxidase 分子量: 24692.783 Da / 分子数: 10 / 断片: UNP residues 38-235 / 変異: C210S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 遺伝子: thioredoxin peroxidase / プラスミド: PET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: Q9FE86, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

2-cys peroxiredoxin / Peroxiredoxin / Thioredoxin peroxidase

分子量: 24692.783 Da / 分子数: 10 / 断片: UNP residues 38-235 / 変異: C210S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: thioredoxin peroxidase / プラスミド: PET22b / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q9FE86, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.05 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 / 詳細: PEG 3350, Sodium thiocyanate, HEPES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→47.37 Å / Num. obs: 103254 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.69 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 6.72
反射シェル	解像度: 2.4→2.45 Å / 冗長度: 1.96 % / R_merge(I) obs: 0.972 / Mean I/σ(I) obs: 1.51 / Num. unique obs: 7647 / CC_1/2: 0.742 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1QMV

1qmv

解像度: 2.4→47.37 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 19.128 / SU ML: 0.194 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.278 / ESU R Free: 0.223 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2508	5201	5 %	RANDOM
R_work	0.21529	-	-	-
obs	0.21706	98805	98.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.068 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.47 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.54 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.4→47.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12904	0	0	93	12997

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	13186
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	12214
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.913	1.639	17882
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.352	1.575	28261
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.89	5	1623
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.829	23.294	686
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.255	15	2197
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.766	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	1722
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	14777
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2851
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.929	2.797	6519
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.925	2.797	6518
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.161	4.186	8133
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.161	4.187	8134
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.147	3.046	6667
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.147	3.047	6668
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.572	4.462	9749
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.098	31.547	13771
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.099	31.524	13756
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.374	384	-
R_work	0.377	7296	-
obs	-	-	99.81 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5433	-0.3373	-0.2713	0.5723	0.1286	0.3134	-0.0003	0.167	-0.0739	-0.0219	-0.0182	0.0786	-0.0414	0.0029	0.0185	0.2109	-0.0194	-0.0191	0.3312	-0.0149	0.2714	217.378	65.127	15.742
2	0.7496	-0.1079	-0.4055	1.2654	0.2196	0.4353	0.0235	-0.0784	-0.2294	0.0798	-0.0169	-0.1199	-0.0175	-0.0358	-0.0066	0.215	-0.0017	-0.0252	0.24	0.0372	0.3905	237.665	51.282	29.986
3	0.6021	0.3618	0.1744	2.8711	0.6544	0.4528	-0.1071	0.0031	0.0124	-0.1902	0.1076	-0.2651	0.0798	-0.0131	-0.0005	0.2295	-0.0093	0.0408	0.0895	-0.0034	0.5438	246.608	22.097	15.603
4	1.8625	0.9865	-0.1437	2.6551	0.4332	0.1668	-0.0306	-0.1554	-0.1511	0.4205	-0.0815	-0.127	0.1433	0.0099	0.1121	0.4078	-0.0153	0.0308	0.039	0.0393	0.4377	239.278	-0.338	30.754
5	2.6458	0.6252	0.2411	0.6114	0.1348	0.4743	-0.45	0.3133	-0.2608	0.0633	0.1762	-0.0722	-0.0389	-0	0.2737	0.3839	-0.0529	0.276	0.0747	-0.0866	0.5843	214.836	-18.268	16.625
6	2.4193	-0.2728	-0.3921	0.8246	-0.2009	0.3812	-0.0539	-0.2655	0.5	-0.0366	0.0165	-0.1034	0.0991	-0.0188	0.0373	0.2776	0.0102	-0.0118	0.2007	-0.0785	0.3548	214.792	-49.28	30.704
7	1.4832	-1.1368	0.0103	1.5172	0.4831	0.4937	0.1307	0.1746	0.2608	-0.1673	-0.0896	-0.124	-0.0073	0.0089	-0.0411	0.3498	0.0516	0.0472	0.2896	0.0406	0.1559	239.145	-67.514	16.101
8	0.3886	0.0672	-0.3691	2.0581	0.5687	0.766	0.0194	-0.0473	-0.0471	0.1004	0.0341	-0.1663	-0.0273	-0.0042	-0.0535	0.3149	0.011	-0.0184	0.3181	-0.0081	0.1267	246.73	-89.372	31.814
9	0.7568	0.4128	0.4613	1.392	0.1367	0.5178	-0.0097	0.0047	-0.0449	-0.0851	0.055	-0.0922	-0.0511	-0.0275	-0.0454	0.2818	0.0124	-0.0037	0.3432	0.0072	0.1469	237.56	-118.766	17.494
10	1.4656	0.2296	0.3508	0.9271	0.4189	0.4706	-0.022	-0.1457	-0.1832	0.0451	0.0266	-0.0164	-0.036	-0.0267	-0.0046	0.2398	0.0175	-0.0007	0.3779	0.0109	0.1578	217.475	-132.622	31.591

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 169
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	7 - 169
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	7 - 169
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	7 - 169
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	7 - 168
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	7 - 169
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	7 - 169
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	7 - 170
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	7 - 169
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	7 - 170

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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