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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6j0m | ||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of an Extracellular Contractile Injection System, PVC baseplate in extended state (reconstructed with C3 symmetry) | ||||||
要素 | Pvc8 | ||||||
キーワード | PROTEIN TRANSPORT / assembly / Photorhabdus asymbiotica / PVC / contractile injection system / bacteriophage-like | ||||||
機能・相同性 | Phage tail baseplate hub (GPD) / Gp5/Type VI secretion system Vgr protein, OB-fold domain / Type VI secretion system/phage-baseplate injector OB domain / Vgr protein, OB-fold domain superfamily / Phage_base_V domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Photorhabdus asymbiotica (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | ||||||
データ登録者 | Jiang, F. / Li, N. / Wang, X. / Cheng, J. / Huang, Y. / Yang, Y. / Yang, J. / Cai, B. / Wang, Y. / Jin, Q. / Gao, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2019 タイトル: Cryo-EM Structure and Assembly of an Extracellular Contractile Injection System. 著者: Feng Jiang / Ningning Li / Xia Wang / Jiaxuan Cheng / Yaoguang Huang / Yun Yang / Jianguo Yang / Bin Cai / Yi-Ping Wang / Qi Jin / Ning Gao / 要旨: Contractile injection systems (CISs) are cell-puncturing nanodevices that share ancestry with contractile tail bacteriophages. Photorhabdus virulence cassette (PVC) represents one group of ...Contractile injection systems (CISs) are cell-puncturing nanodevices that share ancestry with contractile tail bacteriophages. Photorhabdus virulence cassette (PVC) represents one group of extracellular CISs that are present in both bacteria and archaea. Here, we report the cryo-EM structure of an intact PVC from P. asymbiotica. This over 10-MDa device resembles a simplified T4 phage tail, containing a hexagonal baseplate complex with six fibers and a capped 117-nanometer sheath-tube trunk. One distinct feature of the PVC is the presence of three variants for both tube and sheath proteins, indicating a functional specialization of them during evolution. The terminal hexameric cap docks onto the topmost layer of the inner tube and locks the outer sheath in pre-contraction state with six stretching arms. Our results on the PVC provide a framework for understanding the general mechanism of widespread CISs and pave the way for using them as delivery tools in biological or therapeutic applications. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6j0m.cif.gz | 274.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6j0m.ent.gz | 227 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6j0m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6j0m_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6j0m_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6j0m_validation.xml.gz | 46.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6j0m_validation.cif.gz | 69.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/6j0m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/6j0m | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9764MC 9760C 9761C 9762C 9763C 9765C 6j0bC 6j0cC 6j0fC 6j0nC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 60029.703 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Photorhabdus asymbiotica (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B6VNN7*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: HELICAL ARRAY / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: baseplate in extended state / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Photorhabdus asymbiotica (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 46.4 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 63000 / 対称性のタイプ: POINT |