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- PDB-6iyf: Structure of pSTING complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iyf
タイトルStructure of pSTING complex
要素Stimulator of interferon genes protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / pSTING
機能・相同性
機能・相同性情報


proton channel activity / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-GMP binding / cGAS/STING signaling pathway / reticulophagy / autophagosome membrane / positive regulation of macroautophagy / autophagosome assembly / autophagosome / positive regulation of type I interferon production ...proton channel activity / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-GMP binding / cGAS/STING signaling pathway / reticulophagy / autophagosome membrane / positive regulation of macroautophagy / autophagosome assembly / autophagosome / positive regulation of type I interferon production / signaling adaptor activity / activation of innate immune response / positive regulation of interferon-beta production / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / cytoplasmic vesicle / defense response to virus / mitochondrial outer membrane / Golgi membrane / innate immune response / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Stimulator of interferon genes protein / : / Stimulator of interferon genes protein / Stimulator of interferon genes protein, C-terminal domain superfamily / Transmembrane protein 173 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2BA / Stimulator of interferon genes protein
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.764 Å
データ登録者Yuan, Z.L. / Shang, G.J. / Cong, X.Y. / Gu, L.C.
資金援助1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Crystal structures of porcine STINGCBD-CDN complexes reveal the mechanism of ligand recognition and discrimination of STING proteins.
著者: Cong, X. / Yuan, Z. / Du, Y. / Wu, B. / Lu, D. / Wu, X. / Zhang, Y. / Li, F. / Wei, B. / Li, J. / Wu, J. / Xu, S. / Wang, J. / Qi, J. / Shang, G. / Gu, L.
履歴
登録2018年12月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stimulator of interferon genes protein
B: Stimulator of interferon genes protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,09411
ポリマ－45,6682
非ポリマー1,4279
水2,378132
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4360 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area17660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.785, 65.896, 100.571
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Stimulator of interferon genes protein / poSTING / Transmembrane protein 173


分子量: 22833.762 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: TMEM173, STING / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B8XX90
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-2BA / (2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-2,9-bis(6-amino-9H-purin-9-yl)octahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8 ]tetraoxadiphosphacyclododecine-3,5,10,12-tetrol 5,12-dioxide / bis-(3',5')-cyclic-dimeric-Adenosine-monophosphate / c-di-AMP


分子量: 658.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O12P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.93 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 3.5M sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→50 Å / Num. obs: 33277 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7.1 % / Net I/σ(I): 21.37
反射 シェル解像度: 1.76→1.79 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.764→44.618 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2421 2000 6.87 %
Rwork0.1936 --
obs0.1969 29107 87.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.764→44.618 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2910 0 84 132 3126
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113088
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2554202
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d30.7511176
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064447
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.015551
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7644-1.80860.4445550.2979747X-RAY DIFFRACTION34
1.8086-1.85750.3203830.2561131X-RAY DIFFRACTION52
1.8575-1.91210.3081090.24171465X-RAY DIFFRACTION67
1.9121-1.97380.28631300.23081768X-RAY DIFFRACTION80
1.9738-2.04440.26141430.22241941X-RAY DIFFRACTION90
2.0444-2.12620.28091600.21212164X-RAY DIFFRACTION98
2.1262-2.2230.27991600.20132166X-RAY DIFFRACTION100
2.223-2.34020.24121630.19822213X-RAY DIFFRACTION100
2.3402-2.48680.2451640.20452212X-RAY DIFFRACTION100
2.4868-2.67880.24781620.212197X-RAY DIFFRACTION100
2.6788-2.94830.30071650.22462243X-RAY DIFFRACTION100
2.9483-3.37480.23751630.19962214X-RAY DIFFRACTION100
3.3748-4.25140.22711680.15932270X-RAY DIFFRACTION100
4.2514-44.63180.18881750.1662376X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -3.8099 Å / Origin y: 0.2871 Å / Origin z: -30.4315 Å
111213212223313233
T0.1036 Å2-0.017 Å2-0.0043 Å2-0.0675 Å20.005 Å2--0.1242 Å2
L0.9558 °20.2576 °20.5393 °2-0.3452 °20.3646 °2--1.5479 °2
S0.0574 Å °-0.1523 Å °0.0015 Å °-0.0318 Å °-0.0308 Å °0.0443 Å °0.0335 Å °-0.1028 Å °0.0233 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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