PDB-6ixm: Crystal structure of the ketone reductase ChKRED20 from the genom...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ixm

タイトル

Crystal structure of the ketone reductase ChKRED20 from the genome of Chryseobacterium sp. CA49 complexed with NAD

要素

Short-chain dehydrogenase reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Chryseobacterium sp. CA49 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.601 Å

データ登録者

Zhao, F.J. / Jin, Y. / Liu, Z.C. / Wang, G.G. / Wu, Z.L.

引用

ジャーナル: Enzyme Microb. Technol. / 年: 2019
タイトル: Structure-guided engineering of ChKRED20 from Chryseobacterium sp. CA49 for asymmetric reduction of aryl ketoesters.
著者: Li, T.B. / Zhao, F.J. / Liu, Z. / Jin, Y. / Liu, Y. / Pei, X.Q. / Zhang, Z.G. / Wang, G. / Wu, Z.L.

履歴

登録	2018年12月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ixm.cif.gz	217.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ixm.ent.gz	172.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ixm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/6ixm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/6ixm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ni5S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2zat-d 5x8h-d 3aut-1 1zk3-2 6rx5-d 5h5x-2 5itv-d 3u5t-3 1rwb-2 1zk3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Short-chain dehydrogenase reductase

B: Short-chain dehydrogenase reductase

C: Short-chain dehydrogenase reductase

D: Short-chain dehydrogenase reductase

ヘテロ分子

107 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.891, 113.980, 131.819
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Short-chain dehydrogenase reductase 分子量: 26258.797 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chryseobacterium sp. CA49 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: X2D0L0
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.17 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M NaCl, 0.1M HEPES, 1.6M (NH4)SO4, pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9754 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9754 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→29.3 Å / Num. obs: 126974 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / Net I/σ(I): 21.7
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique obs: 6312 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4NI5

4ni5

解像度: 1.601→29.288 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.44

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1917	6266	4.94 %
R_work	0.1637	-	-
obs	0.1651	126717	99.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.601→29.288 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7254	0	132	1137	8523

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	7504
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.823	10156
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.303	4494
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	1155
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1309

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6007-1.6189	0.2622	210	0.199	3647	X-RAY DIFFRACTION	93
1.6189-1.6379	0.2173	210	0.1905	3990	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6379-1.6579	0.2156	203	0.1821	3945	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6579-1.6789	0.1828	216	0.1781	3991	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6789-1.701	0.2217	207	0.1711	3979	X-RAY DIFFRACTION	100
1.701-1.7243	0.2029	213	0.17	4000	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7243-1.7489	0.2109	194	0.1706	3974	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7489-1.775	0.206	206	0.167	4000	X-RAY DIFFRACTION	100
1.775-1.8027	0.1893	194	0.164	3991	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8027-1.8323	0.2098	211	0.1673	4014	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8323-1.8639	0.2105	213	0.1688	3969	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8639-1.8978	0.2306	204	0.1756	4001	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8978-1.9343	0.1862	249	0.1723	3975	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9343-1.9737	0.213	218	0.1638	3973	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9737-2.0166	0.1868	185	0.1616	4014	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0166-2.0635	0.2149	202	0.1658	4046	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0635-2.1151	0.1943	213	0.1614	3991	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1151-2.1723	0.2102	229	0.1574	3980	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1723-2.2362	0.2017	182	0.1594	4054	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2362-2.3083	0.1644	205	0.1553	3988	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3083-2.3908	0.1804	199	0.1556	4039	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3908-2.4865	0.202	220	0.1584	4047	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4865-2.5996	0.2011	199	0.1613	4036	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5996-2.7365	0.1891	201	0.1686	4056	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7365-2.9079	0.2002	223	0.163	4060	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9079-3.1321	0.1916	206	0.1668	4040	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1321-3.4469	0.1941	218	0.1625	4070	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4469-3.9446	0.1733	193	0.1517	4129	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9446-4.9659	0.1495	215	0.146	4146	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9659-29.2931	0.182	228	0.1783	4306	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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