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- PDB-6iw2: Crystal structure of 5A ScFv in complex with YFV-17D sE in prefus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iw2
タイトルCrystal structure of 5A ScFv in complex with YFV-17D sE in prefusion state
要素
  • Envelope protein E
  • Heavy chain of monoclonal antibody 5A
  • Light chain of monoclonal antibody 5A
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Yellow fever virus / Neutralizing monoclonal antibody / Envelope protein / Flavivirus / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity ...flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / serine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / GTP binding / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Viral Envelope Glycoprotein, domain 2 / Viral Envelope Glycoprotein; domain 3 / Viral Envelope Glycoprotein, domain 3 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein, domain 1 / Viral Envelope Glycoprotein; domain 2 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein; domain 1 / Immunoglobulin-like - #350 / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus ...Viral Envelope Glycoprotein, domain 2 / Viral Envelope Glycoprotein; domain 3 / Viral Envelope Glycoprotein, domain 3 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein, domain 1 / Viral Envelope Glycoprotein; domain 2 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein; domain 1 / Immunoglobulin-like - #350 / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Yellow fever virus (黄熱ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Lu, X.S. / Xiao, H.X. / Li, S.H. / Pang, X.F.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2019
タイトル: Double Lock of a Human Neutralizing and Protective Monoclonal Antibody Targeting the Yellow Fever Virus Envelope.
著者: Lu, X. / Xiao, H. / Li, S. / Pang, X. / Song, J. / Liu, S. / Cheng, H. / Li, Y. / Wang, X. / Huang, C. / Guo, T. / Ter Meulen, J. / Daffis, S. / Yan, J. / Dai, L. / Rao, Z. / Klenk, H.D. / ...著者: Lu, X. / Xiao, H. / Li, S. / Pang, X. / Song, J. / Liu, S. / Cheng, H. / Li, Y. / Wang, X. / Huang, C. / Guo, T. / Ter Meulen, J. / Daffis, S. / Yan, J. / Dai, L. / Rao, Z. / Klenk, H.D. / Qi, J. / Shi, Y. / Gao, G.F.
履歴
登録2018年12月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope protein E
B: Heavy chain of monoclonal antibody 5A
C: Light chain of monoclonal antibody 5A
D: Envelope protein E
E: Heavy chain of monoclonal antibody 5A
F: Light chain of monoclonal antibody 5A
G: Envelope protein E
H: Heavy chain of monoclonal antibody 5A
I: Light chain of monoclonal antibody 5A
J: Envelope protein E
K: Heavy chain of monoclonal antibody 5A
L: Light chain of monoclonal antibody 5A
M: Envelope protein E
N: Heavy chain of monoclonal antibody 5A
O: Light chain of monoclonal antibody 5A
P: Envelope protein E
Q: Heavy chain of monoclonal antibody 5A
R: Light chain of monoclonal antibody 5A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)410,86818
ポリマ－410,86818
非ポリマー00
水00
1
A: Envelope protein E
B: Heavy chain of monoclonal antibody 5A
C: Light chain of monoclonal antibody 5A
D: Envelope protein E
E: Heavy chain of monoclonal antibody 5A
F: Light chain of monoclonal antibody 5A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,9566
ポリマ－136,9566
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: Envelope protein E
H: Heavy chain of monoclonal antibody 5A
I: Light chain of monoclonal antibody 5A
J: Envelope protein E
K: Heavy chain of monoclonal antibody 5A
L: Light chain of monoclonal antibody 5A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,9566
ポリマ－136,9566
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
M: Envelope protein E
N: Heavy chain of monoclonal antibody 5A
O: Light chain of monoclonal antibody 5A
P: Envelope protein E
Q: Heavy chain of monoclonal antibody 5A
R: Light chain of monoclonal antibody 5A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,9566
ポリマ－136,9566
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)95.967, 99.244, 123.099
Angle α, β, γ (deg.)96.39, 94.90, 100.36
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Envelope protein E


分子量: 43234.848 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yellow fever virus (strain 17D vaccine) (ウイルス)
株: 17D vaccine / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03314
#2: 抗体
Heavy chain of monoclonal antibody 5A


分子量: 13543.016 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体
Light chain of monoclonal antibody 5A


分子量: 11700.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.08 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris pH 8.0, 20 % w/v PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 84055 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.5 % / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.9→48.7 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.9→48.695 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 30.91
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 4170 4.96 %
Rwork0.2375 --
obs0.2392 84055 85.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→48.695 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28492 0 0 0 28492
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00829210
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89539616
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.83810479
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0364439
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0045039
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8917-2.92450.4509600.33971363X-RAY DIFFRACTION42
2.9245-2.95890.3564730.33861569X-RAY DIFFRACTION52
2.9589-2.9950.3996890.33911769X-RAY DIFFRACTION55
2.995-3.03290.3495940.32521766X-RAY DIFFRACTION58
3.0329-3.07280.35371130.31921919X-RAY DIFFRACTION62
3.0728-3.11490.34841190.3212015X-RAY DIFFRACTION65
3.1149-3.15940.32491100.31472171X-RAY DIFFRACTION70
3.1594-3.20650.35081140.31592328X-RAY DIFFRACTION73
3.2065-3.25660.36591320.31892360X-RAY DIFFRACTION76
3.2566-3.310.37441410.32752548X-RAY DIFFRACTION80
3.31-3.36710.33921350.31032575X-RAY DIFFRACTION85
3.3671-3.42830.3471440.29292768X-RAY DIFFRACTION87
3.4283-3.49420.32281550.28882806X-RAY DIFFRACTION91
3.4942-3.56550.30271710.27562978X-RAY DIFFRACTION94
3.5655-3.6430.29511610.27482947X-RAY DIFFRACTION96
3.643-3.72770.35271350.27712994X-RAY DIFFRACTION95
3.7277-3.82090.29431420.25993076X-RAY DIFFRACTION97
3.8209-3.92420.28831740.25473022X-RAY DIFFRACTION97
3.9242-4.03960.26141950.23073033X-RAY DIFFRACTION98
4.0396-4.16990.24531660.21423087X-RAY DIFFRACTION98
4.1699-4.31890.24051580.21033016X-RAY DIFFRACTION98
4.3189-4.49170.21691490.19433102X-RAY DIFFRACTION99
4.4917-4.69590.20711430.18183090X-RAY DIFFRACTION98
4.6959-4.94330.18011450.17623103X-RAY DIFFRACTION99
4.9433-5.25270.19481600.18393095X-RAY DIFFRACTION99
5.2527-5.65770.23741610.20173093X-RAY DIFFRACTION99
5.6577-6.2260.25371540.21923113X-RAY DIFFRACTION99
6.226-7.12450.28181420.22763079X-RAY DIFFRACTION98
7.1245-8.9670.2731500.19673097X-RAY DIFFRACTION99
8.967-48.7020.2411850.20883003X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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