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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6is0 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the zebrafish cap-specific adenosine methyltransferase bound to SAH and m7G-capped RNA | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/RNA / RNA METHYLATION / METHYLTRANSFERASE / M6A / N6-METHYLADENOSINE / TRANSFERASE-RNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mRNA (2'-O-methyladenosine-N6-)-methyltransferase / mRNA (2'-O-methyladenosine-N6-)-methyltransferase activity / S-adenosyl-L-methionine binding / RNA polymerase II C-terminal domain binding / positive regulation of translation / mRNA processing / methylation / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Danio rerio (ゼブラフィッシュ) synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Hirano, S. / Nishimasu, H. / Ishitani, R. / Nureki, O. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2019 タイトル: Cap-specific terminal N 6 -methylation of RNA by an RNA polymerase II-associated methyltransferase. 著者: Akichika, S. / Hirano, S. / Shichino, Y. / Suzuki, T. / Nishimasu, H. / Ishitani, R. / Sugita, A. / Hirose, Y. / Iwasaki, S. / Nureki, O. / Suzuki, T. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6is0.cif.gz | 221.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6is0.ent.gz | 172.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6is0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/6is0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/6is0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 AC
#1: タンパク質 | 分子量: 57570.781 Da / 分子数: 1 / 変異: A308V, H344N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: pcif1 / プラスミド: pE-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: A0A0R4IKJ1 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 1083.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemical synthesis / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 5種, 320分子
#3: 化合物 | ChemComp-SAH / | ||||
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#4: 化合物 | ChemComp-M7G / | ||||
#5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 化合物 | ChemComp-B3P / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.36 % / Mosaicity: 0.04 ° |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 9% PEG 3350, 0.1M potassium thiocyanate, 0.05M bis-Tris propane |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月28日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.8→47.74 Å / Num. obs: 54004 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 31.26 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 19 / Num. measured all: 364594 / Scaling rejects: 130 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6IRX 解像度: 1.8→47.736 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.54
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 105.87 Å2 / Biso mean: 40.4453 Å2 / Biso min: 18.15 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.8→47.736 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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