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- PDB-6ini: a glycosyltransferase complex with UDP and the product -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ini
タイトルa glycosyltransferase complex with UDP and the product
要素UDP-glycosyltransferase 76G1
キーワードTRANSFERASE / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


steviolbioside glucosyltransferase activity (rebaudioside B forming) / stevioside glucosyltransferase activity (rebaudioside A forming) / quercetin 3-O-glucosyltransferase activity / quercetin 7-O-glucosyltransferase activity / UDP-glucosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
類似検索 - 分子機能
UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase / UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AQ9 / Chem-AUO / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP-glycosyltransferase 76G1
類似検索 - 構成要素
生物種Stevia rebaudiana (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Zhu, X. / Yang, T. / Naismith, J.H.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31771910 中国
National Natural Science Foundation of China21534008 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Hydrophobic recognition allows the glycosyltransferase UGT76G1 to catalyze its substrate in two orientations.
著者: Yang, T. / Zhang, J. / Ke, D. / Yang, W. / Tang, M. / Jiang, J. / Cheng, G. / Li, J. / Cheng, W. / Wei, Y. / Li, Q. / Naismith, J.H. / Zhu, X.
履歴
登録2018年10月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-glycosyltransferase 76G1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1025
ポリマ－53,1581
非ポリマー1,9444
水4,918273
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area730 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area18430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.662, 97.662, 89.626
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-872-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 UDP-glycosyltransferase 76G1


分子量: 53158.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Stevia rebaudiana (植物) / 遺伝子: UGT76G1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q6VAB4, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの

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非ポリマー , 5種, 277分子

#2: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-AUO / (8alpha,9beta,10alpha,13alpha)-13-{[beta-D-glucopyranosyl-(1->2)-[beta-D-glucopyranosyl-(1->3)]-beta-D-glucopyranosyl]oxy}kaur-16-en-18-oic acid / レバウジオシドB


分子量: 804.872 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H60O18
#5: 化合物 ChemComp-AQ9 / 1-O-[(8alpha,9beta,10alpha,13alpha)-13-(beta-D-glucopyranosyloxy)-18-oxokaur-16-en-18-yl]-beta-D-glucopyranose / Rubusoside / ルブソシド


分子量: 642.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H50O13
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M sodium citrate buffer at pH 5.4 and 20% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→42.88 Å / Num. obs: 54657 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.1 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / Rmerge(I) obs: 1.139 / Num. unique obs: 4025 / Rpim(I) all: 0.38 / Rrim(I) all: 1.201

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2PQ6

2pq6


解像度: 1.7→42.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 4.25 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.093 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19016 2725 5 %RANDOM
Rwork0.16115 ---
obs0.16259 51453 99.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso mean: 31.239 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.64 Å2-0.32 Å20 Å2
2---0.64 Å20 Å2
3---2.08 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.7→42.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3607 0 121 273 4001
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0133883
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173587
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6271.6855308
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3761.618356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8745465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.84622.079202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.43215655
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7491526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2514
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024216
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02818
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5441.6171821
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5421.6151820
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2872.4212281
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2882.4232282
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6641.9842062
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6641.9842062
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.0322.8653022
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.14620.5684429
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.14820.5354426
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 222 -
Rwork0.238 3773 -
obs--99.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.55621.075-0.66251.8487-0.18311.68610.2103-0.09980.49780.19-0.0260.2611-0.24010.1572-0.18430.1058-0.02180.08930.02680.0070.202832.2469-7.29068.7553
22.94170.8264-0.29542.2851-0.05841.16430.06870.00640.37980.03830.0470.1198-0.21180.0249-0.11570.0925-0.02580.04720.0360.03380.142439.755-5.2441.532
31.38670.5711-0.20691.4076-0.21520.7902-0.10150.34250.0188-0.27040.13940.02450.02680.0023-0.03790.0983-0.01740.020.10280.03810.091631.7708-23.7587-7.5048
43.6615-0.1026-1.14942.7677-0.31811.87610.13410.64060.7674-0.33880.20410.3918-0.2137-0.4881-0.33830.09140.04970.00440.21720.25590.39034.7151-15.582-4.7122
54.86062.46020.417111.0444-4.86625.9738-0.0045-0.068-0.1-0.52120.14560.9144-0.0493-0.6844-0.14110.11350.1059-0.01190.2280.06330.4068-3.9396-14.8651-3.0859
61.82940.4609-0.3321.2953-0.48950.9539-0.03130.23330.0996-0.10750.12010.18120.0385-0.1152-0.08880.0353-0.00070.00910.0450.04720.101317.9251-27.61040.3057
74.8306-3.7932-0.7944.04133.07065.8202-0.07680.04480.018-0.05710.00460.0711-0.24410.02930.07220.102-0.00260.01670.07740.13930.285518.1249-15.26210.9124
85.06031.5977-3.688810.7064-4.47823.77290.08130.04560.2363-0.46140.13450.23430.081-0.0627-0.21580.0664-0.0306-0.02920.02310.02860.043527.3397-12.6767-9.4709
915.00210.5160.541310.4157-0.05040.08240.2273-0.14630.01180.0694-0.19840.24940.03880.0162-0.02890.17860.04520.00170.09630.00910.076438.5148-33.53498.0428
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A11 - 76
2X-RAY DIFFRACTION2A77 - 139
3X-RAY DIFFRACTION3A140 - 262
4X-RAY DIFFRACTION4A263 - 324
5X-RAY DIFFRACTION5A325 - 335
6X-RAY DIFFRACTION6A336 - 460
7X-RAY DIFFRACTION7A501
8X-RAY DIFFRACTION8A503
9X-RAY DIFFRACTION9A504

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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