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- PDB-6llw: Crystal Structure of Fagopyrum esculentum M UGT708C1 complexed wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6llw
タイトルCrystal Structure of Fagopyrum esculentum M UGT708C1 complexed with UDP
要素UDP-glycosyltransferase 708C1
キーワードTRANSFERASE / C-glycosides / C-glucosyltransferases
機能・相同性
機能・相同性情報


2-hydroxyflavanone C-glucosyltransferase / 2-hydroxyflavanone C-glucosyltransferase activity / UDP-glucosyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
: / UDP-glycosyltransferase family, conserved site / UDP-glycosyltransferases signature. / UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase / UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP-glycosyltransferase 708C1
類似検索 - 構成要素
生物種Fagopyrum esculentum (ソバ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.256 Å
データ登録者Wang, X. / Liu, M.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Basic Research Program of China (973 Program)2017YFA0504801 中国
National Basic Research Program of China (973 Program)2018YFA0901800 中国
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2020
タイトル: Crystal Structures of theC-Glycosyltransferase UGT708C1 from Buckwheat Provide Insights into the Mechanism ofC-Glycosylation.
著者: Liu, M. / Wang, D. / Li, Y. / Li, X. / Zong, G. / Fei, S. / Yang, X. / Lin, J. / Wang, X. / Shen, Y.
履歴
登録2019年12月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月16日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _audit_author.name ..._audit_author.identifier_ORCID / _audit_author.name / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-glycosyltransferase 708C1
B: UDP-glycosyltransferase 708C1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,6674
ポリマ－100,8592
非ポリマー8082
水6,269348
1
A: UDP-glycosyltransferase 708C1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8342
ポリマ－50,4291
非ポリマー4041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area720 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area18600 Å2
手法PISA
2
B: UDP-glycosyltransferase 708C1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8342
ポリマ－50,4291
非ポリマー4041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area700 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area18380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.308, 144.105, 69.808
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1036-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 18 through 165 or resid 169...
21(chain B and (resid 18 through 338 or (resid 339...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPLEULEU(chain A and (resid 18 through 165 or resid 169...AA18 - 16518 - 165
12SERSERASPASP(chain A and (resid 18 through 165 or resid 169...AA169 - 235169 - 235
13SERSERGLUGLU(chain A and (resid 18 through 165 or resid 169...AA238 - 253238 - 253
14GLNGLNLYSLYS(chain A and (resid 18 through 165 or resid 169...AA257 - 307257 - 307
15ASPASPLYSLYS(chain A and (resid 18 through 165 or resid 169...AA18 - 45618 - 456
16ASPASPLYSLYS(chain A and (resid 18 through 165 or resid 169...AA18 - 45618 - 456
17ASPASPLYSLYS(chain A and (resid 18 through 165 or resid 169...AA18 - 45618 - 456
18ASPASPLYSLYS(chain A and (resid 18 through 165 or resid 169...AA18 - 45618 - 456
19ASPASPLYSLYS(chain A and (resid 18 through 165 or resid 169...AA18 - 45618 - 456
21ASPASPVALVAL(chain B and (resid 18 through 338 or (resid 339...BB18 - 33818 - 338
22LYSLYSLYSLYS(chain B and (resid 18 through 338 or (resid 339...BB339339
23ASPASPLYSLYS(chain B and (resid 18 through 338 or (resid 339...BB18 - 45618 - 456
24ASPASPLYSLYS(chain B and (resid 18 through 338 or (resid 339...BB18 - 45618 - 456
25ASPASPLYSLYS(chain B and (resid 18 through 338 or (resid 339...BB18 - 45618 - 456
26ASPASPLYSLYS(chain B and (resid 18 through 338 or (resid 339...BB18 - 45618 - 456

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要素

#1: タンパク質 UDP-glycosyltransferase 708C1 / C-glucosyltransferase a / FeCGTa / UDP-glucose:2-hydroxyflavanone C-glucosyltransferase


分子量: 50429.480 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Fagopyrum esculentum (ソバ) / 遺伝子: UGT708C1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0A1HA03, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 348 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.82 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M ammonium sulfate, 0.1M MES pH 7.0, 26.5%(w/v) polyethylene glycol 5000, 26%(w/v) benzamidine hydrochloride, 5mM UDP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 47227 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.107 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 13.6 / Num. measured all: 305071
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.25-2.295.90.24723140.9650.110.2711.05799.7
2.29-2.336.10.23623270.9730.1030.2581.04699.7
2.33-2.386.70.22123140.9750.0920.241.077100
2.38-2.426.60.19323440.9780.0810.2091.02899.9
2.42-2.486.70.17723340.9790.0740.1920.98399.9
2.48-2.536.60.17123350.9830.0720.1851.01399.8
2.53-2.66.60.15123420.9810.0640.1640.978100
2.6-2.676.40.1423700.9870.0590.1531.00599.9
2.67-2.756.40.13123190.9880.0560.1420.99199.7
2.75-2.835.90.11623070.9840.0510.1270.91998.8
2.83-2.946.80.11623700.9880.0480.1250.97399.9
2.94-3.056.80.10823560.9890.0450.1170.9599.9
3.05-3.196.70.10123430.990.0420.110.9399.9
3.19-3.366.60.09623630.9910.040.1040.93899.8
3.36-3.576.40.09323660.9880.040.1020.952100
3.57-3.856.30.09123720.9880.0390.10.92798.9
3.85-4.236.80.08923810.9910.0370.0960.89399.6
4.23-4.856.60.08924140.9850.0380.0970.90899.8
4.85-6.16.20.08524010.990.0370.0930.80398.5
6.1-506.20.08425550.9920.0360.0920.83798.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ACV

2acv


解像度: 2.256→40.19 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.66 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2152 2356 5.05 %
Rwork0.1705 44292 -
obs0.1727 46648 98.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 102.41 Å2 / Biso mean: 35.8397 Å2 / Biso min: 12.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.256→40.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6642 0 50 348 7040
Biso mean--40.61 39.63 -
残基数----857
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086912
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0689420
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0661059
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081203
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.1254094
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3910X-RAY DIFFRACTION8.667TORSIONAL
12B3910X-RAY DIFFRACTION8.667TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.256-2.30170.24031270.1875218785
2.3017-2.35170.26181330.1862248194
2.3517-2.40640.25431390.1861258498
2.4064-2.46660.23031370.1855258299
2.4666-2.53320.2431440.18712605100
2.5332-2.60780.30561310.18062632100
2.6078-2.69190.20661150.18322634100
2.6919-2.78810.24561540.1786261499
2.7881-2.89970.22231230.1855262399
2.8997-3.03160.2321240.18742640100
3.0316-3.19140.23531380.18072642100
3.1914-3.39130.21151440.17692638100
3.3913-3.6530.20191470.1689263999
3.653-4.02030.1991500.15562643100
4.0203-4.60130.16551530.13762662100
4.6013-5.79440.21371550.1611267499
5.7944-40.190.20111420.1726281298
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2-0.07660.35721.6231-0.22594.01710.0031-0.0292-0.11530.0550.0277-0.0749-0.0884-0.0599-0.02760.14290.03280.00690.1442-0.00750.2104-12.874336.6029-22.4223
20.3636-0.0359-0.1825.220.23321.1556-0.0296-0.0407-0.09580.00350.1129-0.24160.02510.1146-0.07560.13260.01680.00850.23370.00930.186-11.496616.7218-37.461
31.7312-0.07171.09891.70150.21622.66940.05050.0776-0.1326-0.0376-0.0252-0.05730.04240.0736-0.00810.1518-0.0416-0.00370.15480.01540.1925.387219.9511-11.567
41.23521.21120.01533.8038-0.25050.7774-0.00750.0319-0.1537-0.0362-0.0582-0.05790.1212-0.00170.08080.2164-0.0135-0.02730.2132-0.00210.145422.68723.88034.9185
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 18 through 245 )A18 - 245
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 246 through 456 )A246 - 456
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 18 through 224 )B18 - 224
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 225 through 456 )B225 - 456

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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