[日本語] English
- PDB-6llz: Crystal Structure of Fagopyrum esculentum M UGT708C1 complexed wi... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6llz
タイトルCrystal Structure of Fagopyrum esculentum M UGT708C1 complexed with UDP-glucose
要素UDP-glycosyltransferase 708C1
キーワードTRANSFERASE / C-glycosides / C-glucosyltransferases / crystal structures / UDP-glucose
機能・相同性
機能・相同性情報


2-hydroxyflavanone C-glucosyltransferase / 2-hydroxyflavanone C-glucosyltransferase activity / UDP-glucosyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
: / UDP-glycosyltransferase family, conserved site / UDP-glycosyltransferases signature. / UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase / UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / UDP-glycosyltransferase 708C1
類似検索 - 構成要素
生物種Fagopyrum esculentum (ソバ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.006 Å
データ登録者Wang, X. / Liu, M.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号
National Basic Research Program of China (973 Program)2017YFA0504801 中国
National Basic Research Program of China (973 Program)2018YFA0901800 中国
引用ジャーナル: Plant Cell / : 2020
タイトル: Crystal Structures of theC-Glycosyltransferase UGT708C1 from Buckwheat Provide Insights into the Mechanism ofC-Glycosylation.
著者: Liu, M. / Wang, D. / Li, Y. / Li, X. / Zong, G. / Fei, S. / Yang, X. / Lin, J. / Wang, X. / Shen, Y.
履歴
登録2019年12月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月16日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _audit_author.name ..._audit_author.identifier_ORCID / _audit_author.name / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: UDP-glycosyltransferase 708C1
B: UDP-glycosyltransferase 708C1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,9924
ポリマ-100,8592
非ポリマー1,1332
8,395466
1
A: UDP-glycosyltransferase 708C1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9962
ポリマ-50,4291
非ポリマー5661
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1010 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area18140 Å2
手法PISA
2
B: UDP-glycosyltransferase 708C1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9962
ポリマ-50,4291
非ポリマー5661
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area980 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area18300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.914, 143.757, 69.758
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1249-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21(chain B and (resid 18 through 255 or (resid 256...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPLYSLYSchain AAA18 - 45618 - 456
21ASPASPASNASN(chain B and (resid 18 through 255 or (resid 256...BB18 - 25518 - 255
22LYSLYSLYSLYS(chain B and (resid 18 through 255 or (resid 256...BB256256
23ASPASPLYSLYS(chain B and (resid 18 through 255 or (resid 256...BB18 - 45618 - 456
24ASPASPLYSLYS(chain B and (resid 18 through 255 or (resid 256...BB18 - 45618 - 456
25ASPASPLYSLYS(chain B and (resid 18 through 255 or (resid 256...BB18 - 45618 - 456
26ASPASPLYSLYS(chain B and (resid 18 through 255 or (resid 256...BB18 - 45618 - 456

-
要素

#1: タンパク質 UDP-glycosyltransferase 708C1 / C-glucosyltransferase a / FeCGTa / UDP-glucose:2-hydroxyflavanone C-glucosyltransferase


分子量: 50429.480 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Fagopyrum esculentum (ソバ) / 遺伝子: UGT708C1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0A1HA03, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-UPG / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE GLUCOPYRANOSYL-MONOPHOSPHATE ESTER


分子量: 566.302 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C15H24N2O17P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 466 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.97 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M ammonium sulfate, 0.1M MES pH 7.0, 26.5%(w/v) polyethylene glycol 5000, 26%(w/v) benzamidine hydrochloride, 5mM UDP-glucose

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→50.059 Å / Num. obs: 69452 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.098 / Χ2: 0.919 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.94-1.972.70.3632390.9430.2180.4270.5646.6
1.97-2.016.30.26935730.9620.1170.2940.83198.3
2.01-2.056.60.23336270.9670.0990.2540.85799.2
2.05-2.096.60.21435880.9680.0910.2340.88799.8
2.09-2.146.50.1936290.9740.0820.2070.999.7
2.14-2.186.50.17536420.980.0750.1910.92899.7
2.18-2.246.30.17436340.9760.0760.1911.2299.6
2.24-2.360.15335460.9770.0680.1681.05298.1
2.3-2.376.50.14736380.9820.0630.161.01699.9
2.37-2.446.60.13636280.9810.0580.1481.02299.8
2.44-2.536.60.12836720.9830.0550.141.01699.8
2.53-2.636.50.11736240.9850.0510.1280.99499.7
2.63-2.756.30.11136460.9850.0490.1220.98598.6
2.75-2.96.20.10336090.9860.0460.1130.94497.7
2.9-3.086.60.09636360.990.0410.1050.89599.7
3.08-3.326.40.08836840.990.0380.0960.87699.3
3.32-3.655.90.0836250.9910.0360.0880.83297.6
3.65-4.186.20.07436830.9920.0330.0820.77299.1
4.18-5.265.80.07137060.9930.0330.0790.71798.1
5.26-505.70.06838230.9940.0320.0750.68896.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ACV
解像度: 2.006→50 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.69
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2015 3385 5.08 %
Rwork0.1679 --
obs0.1696 66610 98.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 125.9 Å2 / Biso mean: 35.9261 Å2 / Biso min: 15.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.006→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6770 0 72 466 7308
Biso mean--34.73 40.98 -
残基数----872
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087036
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1919594
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0821076
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071224
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.0874164
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDRmsタイプ
11A3988X-RAY DIFFRACTION11.242TORSIONAL
12B3988X-RAY DIFFRACTION11.242TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.0063-2.03490.23121300.1892242693
2.0349-2.06530.23221390.17932646100
2.0653-2.09760.24091410.17012609100
2.0976-2.1320.21981580.16772636100
2.132-2.16870.23891250.17382617100
2.1687-2.20820.20671310.17772630100
2.2082-2.25060.22431400.16862647100
2.2506-2.29660.19571560.1709254098
2.2966-2.34650.23881440.1785262399
2.3465-2.40110.22431510.17962636100
2.4011-2.46110.22681390.17552627100
2.4611-2.52770.17961580.17282616100
2.5277-2.6020.22651540.17182644100
2.602-2.6860.21781210.1755265499
2.686-2.7820.24041230.1749260598
2.782-2.89340.18911190.1755263198
2.8934-3.02510.20641540.17552640100
3.0251-3.18450.22831420.18212671100
3.1845-3.3840.18461330.17062654100
3.384-3.64520.19581470.1699263398
3.6452-4.01190.18471400.1566267299
4.0119-4.59210.14331460.1373268699
4.5921-5.78420.23291460.162266397
5.7842-500.18541480.1721281998
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1298-0.43410.58591.91910.12092.05440.01780.0662-0.0693-0.0501-0.0258-0.00480.0070.03260.01630.1848-0.03920.00530.16750.00180.168825.297419.9156-11.4121
22.23762.6365-1.20854.9378-2.02711.47270.06310.08040.12410.1184-0.0210.1954-0.0542-0.0189-0.05170.21880.0341-0.04290.2232-0.02640.137122.755313.05495.114
31.14481.2674-0.1863.19770.12120.8175-0.00790.0259-0.20320.0793-0.0816-0.07230.1005-0.02010.09160.24990.0039-0.0420.2147-0.01410.182222.27311.41634.1273
41.34460.29450.43241.69150.08912.91310.06190.0051-0.08890.07610.0383-0.1943-0.14220.0736-0.07440.14620.00970.01120.134-0.00170.186-12.100135.6598-21.3182
50.3061-0.106-0.1823.60190.71041.1083-0.0131-0.0758-0.0628-0.03690.0766-0.23280.02760.1323-0.03980.16690.005-0.01110.23290.01460.1884-12.308118.929-37.3412
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 18 through 224 )A18 - 224
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 225 through 276 )A225 - 276
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 277 through 456 )A277 - 456
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 18 through 224 )B18 - 224
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 225 through 456 )B225 - 456

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る