+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ikm | ||||||
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Title | Crystal structure of SpuE-Spermidine in complex with ScFv5 | ||||||
Components |
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Keywords | ANTIMICROBIAL PROTEIN / Type three secretion system / antibody / SpuE / ATP binding cassette | ||||||
Function / homology | Function and homology information polyamine binding / polyamine transport / spermidine binding / periplasmic space / extracellular space Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa (bacteria) Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.398 Å | ||||||
Authors | Wu, D. / Sun, X. | ||||||
Funding support | China, 1items
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Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2019 Title: A Potent Anti-SpuE Antibody Allosterically Inhibits Type III Secretion System and Attenuates Virulence of Pseudomonas Aeruginosa. Authors: Zhang, Y. / Sun, X. / Qian, Y. / Yi, H. / Song, K. / Zhu, H. / Zonta, F. / Chen, W. / Ji, Q. / Miersch, S. / Sidhu, S.S. / Wu, D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ikm.cif.gz | 1.8 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ikm.ent.gz | 1.5 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ikm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ik/6ikm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ik/6ikm | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3ttnS 4buhS 6ikr S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
-Components
#1: Protein | Mass: 37503.406 Da / Num. of mol.: 18 / Fragment: UNP residues 28-362 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (bacteria) Production host: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (others) References: UniProt: A0A069QID4, UniProt: Q9I6J0*PLUS #2: Antibody | Mass: 27053.006 Da / Num. of mol.: 18 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) Production host: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (others) #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | ChemComp-SPD / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.86 Å3/Da / Density % sol: 68.12 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.1M Bis-Tris, pH 5.5, 0.2M Li2SO4, 20% PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.97791 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 11, 2016 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97791 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.4→50 Å / Num. obs: 235574 / % possible obs: 98.6 % / Redundancy: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 63.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rpim(I) all: 0.069 / Rrim(I) all: 0.152 / Χ2: 0.945 / Net I/σ(I): 5.1 / Num. measured all: 1084709 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3TTN, 4BUH Resolution: 3.398→46.473 Å / SU ML: 0.4 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / Phase error: 27.96 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 126.43 Å2 / Biso mean: 57.0952 Å2 / Biso min: 32.55 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.398→46.473 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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