[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-3ttn: Crystal structures of polyamine receptors SpuD and SpuE from Pseu... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ttn | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structures of polyamine receptors SpuD and SpuE from Pseudomonas aeruginosa | ||||||
![]() | Polyamine transport protein | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / polyamine binding protein / spermidine | ||||||
Function / homology | ![]() polyamine transport / spermidine binding / periplasmic space / extracellular space Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lim, S.C. / Wu, D.H. / Song, H.W. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural Basis of Substrate Binding Specificity Revealed by the Crystal Structures of Polyamine Receptors SpuD and SpuE from Pseudomonas aeruginosa Authors: Wu, D.H. / Lim, S.C. / Dong, Y.H. / Wu, J.E. / Tao, F. / Zhou, L. / Zhang, L.H. / Song, H.W. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 137.7 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 113.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||
2 | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| |||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 37737.875 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 28-362 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.11 Å3/Da / Density % sol: 41.6 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 288 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 2.6 Details: 0.1M citric acid, 28% PEG 6000, 4% Jeffamine M-600, pH 2.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Feb 25, 2009 |
Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97988 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→24.07 Å / Num. all: 40146 / Num. obs: 40146 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.11 Å / % possible all: 87.3 |
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 16.838 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→23.07 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 2 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Number: 2465 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
|