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- PDB-6ikk: Crystal structure of YfiB(L43P) in complex with YfiR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ikk
タイトルCrystal structure of YfiB(L43P) in complex with YfiR
要素
  • YfiB
  • YfiR
キーワードSIGNALING PROTEIN / Complex / signalling system / peptidoglycan binding
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum stator complex / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / cell outer membrane / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
YfiR/HmsC-like / YfiR/HmsC-like / OmpA-like domain / Outer membrane protein, bacterial / : / OmpA-like domain profile. / OmpA family / OmpA-like domain / OmpA-like domain superfamily / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; ...YfiR/HmsC-like / YfiR/HmsC-like / OmpA-like domain / Outer membrane protein, bacterial / : / OmpA-like domain profile. / OmpA family / OmpA-like domain / OmpA-like domain superfamily / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Negative regulator YfiR / Outer-membrane lipoprotein YfiB
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Li, S. / Zhang, Q. / Bartlam, M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31570128 中国
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2018
タイトル: Structural analysis of activating mutants of YfiB from Pseudomonas aeruginosa PAO1.
著者: Li, S. / Li, T. / Teng, X. / Lou, X. / Xu, Y. / Zhang, Q. / Bartlam, M.
履歴
登録2018年10月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: YfiB
B: YfiR
C: YfiB
D: YfiR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,4386
ポリマ－78,2464
非ポリマー1922
水3,405189
1
A: YfiB
B: YfiR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2193
ポリマ－39,1232
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3360 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area12940 Å2
手法PISA
2
C: YfiB
D: YfiR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2193
ポリマ－39,1232
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3460 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area12770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.798, 58.413, 70.324
Angle α, β, γ (deg.)72.69, 83.01, 89.33
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNPROPROAA44 - 16644 - 166
21GLNGLNPROPROCC44 - 16644 - 166
12THRTHRALAALABB39 - 18439 - 184
22THRTHRALAALADD39 - 18439 - 184

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 YfiB


分子量: 18417.943 Da / 分子数: 2 / 変異: L43P / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: yfiB, PA1119 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I4L6
#2: タンパク質 YfiR


分子量: 20704.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: yfiR, PA1121 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I4L4
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 10%(w/v) PEG 6000, 0.1 M Bicine pH 9.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→66.62 Å / Num. obs: 37342 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.462 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique obs: 1797 / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZHU, 4ZHW

4zhu

4zhw


解像度: 2.19→66.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 9.669 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.202 / ESU R Free: 0.162 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20335 1999 5.4 %RANDOM
Rwork0.17884 ---
obs0.18015 35314 96.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 1 Å / 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å
原子変位パラメータBiso mean: 49.794 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.22 Å20.42 Å2-0.96 Å2
2---0.08 Å20.38 Å2
3----0.11 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.19→66.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4217 0 10 189 4416
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0194288
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024067
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5431.9645789
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.98639363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2825541
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.81522.667210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.44815742
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8341558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2645
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214835
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02911
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4352.5792176
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4332.5772175
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5953.8522713
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.5953.8542714
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4962.9242112
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.1662.9122105
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.6454.2363065
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.9831.3254580
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.92630.9114540
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A73600.09
12C73600.09
21B86100.08
22D86100.08
LS精密化 シェル解像度: 2.193→2.25 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 133 -
Rwork0.258 2363 -
obs--86.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.18381.72263.1431.9320.43158.8256-0.12370.1610.4622-0.45020.1072-0.04010.00640.26960.01650.17910.00910.04230.0887-0.06680.259423.24-21.49240.409
213.8203-2.5438.02860.6704-2.531510.2766-0.04880.55920.550.1208-0.0992-0.0944-0.64690.27790.1480.3773-0.0006-0.0120.18430.02020.18221.893-22.46323.028
314.8549-2.556610.78985.5914-6.611812.5845-0.081-0.21381.4312-0.6556-0.29270.06240.3660.11560.37370.4045-0.05370.15520.32150.01250.557616.778-22.99925.079
47.4888-0.9192.48842.015-0.05626.02560.11140.1186-0.2791-0.12510.10290.04410.0817-0.102-0.21430.2329-0.00640.01150.0831-0.01870.0993.425-31.01826.943
53.1632.6479-0.48734.9884-0.5381.5080.0677-0.3762-0.19770.2211-0.0874-0.310.06660.24260.01970.11830.0129-0.02610.1332-0.03640.147816.959-33.61652.218
65.84260.5008-0.56571.5616-0.38182.09850.2312-0.8180.03250.3992-0.16760.0214-0.14280.2487-0.06360.1926-0.04170.00960.1776-0.07250.162813.17-29.53158.608
71.0997-0.2299-0.30160.73090.66865.6961-0.021-0.103-0.19270.1575-0.03070.2174-0.1537-0.20310.05170.20730.05460.08950.1999-0.04890.46295.87-30.89752.247
84.4439-2.0849-1.83426.2956-0.10863.38810.15880.0556-0.20550.1319-0.28270.72460.3199-0.56060.12380.1514-0.06090.03090.2023-0.09540.15761.748-29.61747.265
90.5863-0.19870.14217.2576-7.56787.90540.00320.0298-0.1142-0.55210.69410.71440.614-0.7455-0.69730.4243-0.0584-0.04590.4308-0.06770.39667.032-37.29742.103
107.2076-4.5303-4.421313.9806-2.03819.0518-0.19940.0817-0.6026-0.1175-0.1719-0.66371.1080.92220.37120.32240.1266-0.03220.2345-0.11460.281717.82-41.59643.835
116.7438-1.16060.24450.4398-0.14354.57840.07520.24080.057-0.1031-0.04280.0176-0.22420.2129-0.03250.163-0.0292-0.00370.0327-0.01230.156113.058-2739.058
121.4529-0.72-1.713116.3715-3.8756.3791-0.04680.2156-0.3614-0.1068-0.0671-0.33260.49490.64040.11390.21950.0922-0.00130.3461-0.13960.30823.7-32.54438.625
135.12253.38893.15214.65392.136110.06940.1246-0.63540.20320.162-0.18870.11830.2922-0.13190.06410.08370.07870.05490.2280.02360.1429-4.847-61.57977.655
145.33743.80536.56315.79123.761612.24790.2308-0.8159-0.45010.3345-0.25240.18560.6174-1.13410.02160.1386-0.00030.09930.22150.13880.3857-17.811-73.70556.255
155.33913.0212.719417.53427.16469.43860.1878-0.4262-0.14720.4237-0.24380.57490.9145-0.05880.0560.17910.00630.06190.40030.08520.2734-18.425-67.78270.269
165.3491-1.6189-2.64454.51886.131513.36790.029-0.08910.1659-0.2673-0.21030.152-0.5733-0.61180.18130.07480.0175-0.01490.05770.03920.1909-16.543-61.6956.475
175.7437-0.9485-1.93193.61674.056210.1523-0.042-0.40280.0985-0.1352-0.14950.2302-0.3455-0.52630.19150.06510.0663-0.00850.1158-0.02940.215-23.027-63.29156.257
184.8712-1.8713-0.51854.07812.4126.01740.01350.1348-0.0198-0.33960.0275-0.02530.02240.1173-0.04110.08720.00710.03940.010.01330.1253-9.448-66.98952.434
191.94030.5348-0.27032.809-1.96595.61120.0472-0.43370.27810.1306-0.0857-0.1441-0.42250.40690.03850.12080.01830.00120.1669-0.0640.14994.887-49.69568.681
203.6983-0.6251-1.59372.1558-0.28185.27980.0158-0.3121-0.0235-0.158-0.1011-0.23540.13340.7720.08530.12050.02050.00180.1418-0.00070.18329.843-54.40363.812
215.0792-1.79970.14743.1284-1.697711.04690.02670.556-0.2411-0.67470.01870.17530.96650.2204-0.04540.2537-0.009-0.01050.1223-0.05170.20183.265-59.77155.536
223.8536.2402-0.898210.3972-1.18970.4595-0.46850.30880.429-0.85340.49240.74020.019-0.057-0.02390.34590.0202-0.00510.26970.00550.3279-4.936-52.70557.157
232.03830.4067-0.11598.71240.83560.8369-0.0637-0.17450.29260.02270.05290.2054-0.1704-0.1440.01080.13490.0452-0.00970.1587-0.02170.1854-7.361-51.0965.278
244.3182-0.81030.55896.91684.90087.04420.0713-0.58630.27510.1459-0.22640.1158-0.2057-0.52930.15510.10530.06570.03370.17810.0090.1242-6.894-58.9971.392
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A44 - 61
2X-RAY DIFFRACTION2A62 - 73
3X-RAY DIFFRACTION3A74 - 90
4X-RAY DIFFRACTION4A91 - 167
5X-RAY DIFFRACTION5B38 - 81
6X-RAY DIFFRACTION6B82 - 105
7X-RAY DIFFRACTION7B106 - 119
8X-RAY DIFFRACTION8B120 - 139
9X-RAY DIFFRACTION9B140 - 150
10X-RAY DIFFRACTION10B151 - 160
11X-RAY DIFFRACTION11B161 - 177
12X-RAY DIFFRACTION12B178 - 186
13X-RAY DIFFRACTION13C43 - 61
14X-RAY DIFFRACTION14C62 - 73
15X-RAY DIFFRACTION15C74 - 90
16X-RAY DIFFRACTION16C91 - 106
17X-RAY DIFFRACTION17C107 - 139
18X-RAY DIFFRACTION18C140 - 167
19X-RAY DIFFRACTION19D39 - 84
20X-RAY DIFFRACTION20D85 - 119
21X-RAY DIFFRACTION21D120 - 139
22X-RAY DIFFRACTION22D140 - 150
23X-RAY DIFFRACTION23D151 - 170
24X-RAY DIFFRACTION24D171 - 185

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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