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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4zhu | |||||||||||||||
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Title | Crystal structure of a bacterial repressor protein | |||||||||||||||
![]() | YfiR | |||||||||||||||
![]() | TRANSCRIPTION / Periplasmic binding protein / repressor | |||||||||||||||
Function / homology | YfiR/HmsC-like / YfiR/HmsC-like / periplasmic space / Negative regulator YfiR![]() | |||||||||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||||||||
Method | ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Li, S. / Li, T. / Wang, Y. / Bartlam, M. | |||||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural insights into YfiR sequestering by YfiB in Pseudomonas aeruginosa PAO1 Authors: Li, S. / Li, T. / Xu, Y. / Zhang, Q. / Zhang, W. / Che, S. / Liu, R. / Wang, Y. / Bartlam, M. | |||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 130 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 108.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 450.5 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 453.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 14.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 19.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 20704.859 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.79 Å3/Da / Density % sol: 67.59 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: 0.1 M HEPES, 1.5M lithium sulfate monohydrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Oct 14, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3968→50 Å / Num. obs: 25665 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 6.5 % / Net I/σ(I): 20.2 |
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Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 2.3968→36.543 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3968→36.543 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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