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- PDB-2xnj: Crystal structure of an engineered Ferredoxin(flavodoxin) NADP(H)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xnj
タイトルCrystal structure of an engineered Ferredoxin(flavodoxin) NADP(H) Reductase (FPR) from Escherichia coli
要素FERREDOXIN NADP-H REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


flavodoxin-NADP+ reductase / ferredoxin-NADP+ reductase / ferredoxin-NADP+ reductase activity / heme catabolic process / response to superoxide / iron-sulfur cluster assembly / FAD binding / cellular response to oxidative stress / response to xenobiotic stimulus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Ferredoxin--NADP reductase, bacteria / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase-like, FAD-binding domain / Oxidoreductase FAD-binding domain / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / Translation factors / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type ...: / Ferredoxin--NADP reductase, bacteria / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase-like, FAD-binding domain / Oxidoreductase FAD-binding domain / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / Translation factors / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Flavodoxin/ferredoxin--NADP reductase
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Botti, H. / Musumeci, M.A. / Ceccarelli, E.A. / Buschiazzo, A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Swapping Fad Binding Motifs between Plastidic and Bacterial Ferredoxin-Nadp(H) Reductases.
著者: Musumeci, M.A. / Botti, H. / Buschiazzo, A. / Ceccarelli, E.A.
履歴
登録2010年8月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月19日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年6月28日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FERREDOXIN NADP-H REDUCTASE
B: FERREDOXIN NADP-H REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,48024
ポリマ－59,0942
非ポリマー4,38622
水7,386410
1
A: FERREDOXIN NADP-H REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,68311
ポリマ－29,5471
非ポリマー2,13610
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: FERREDOXIN NADP-H REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,79813
ポリマ－29,5471
非ポリマー2,25112
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)186.883, 74.580, 44.421
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.86, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1268-

NA

21B-2165-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 FERREDOXIN NADP-H REDUCTASE


分子量: 29546.973 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: P28861, ferredoxin-NADP+ reductase

-
非ポリマー , 7種, 432分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 410 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, PRO 71 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 72 TO TYR ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, PRO 71 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 72 TO TYR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, PRO 71 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ASP 72 TO TYR

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.02 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 108 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年12月12日 / 詳細: VARIMAX-HF MIRRORS
放射モノクロメーター: VARIMAX-HF MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→28.9 Å / Num. obs: 45215 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 22.01 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 92.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.8.0精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FDR

1fdr


解像度: 1.9→27.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9345 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8974 / SU R Cruickshank DPI: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.155 / SU Rfree Blow DPI: 0.139 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.137
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2236 921 2.04 %RANDOM
Rwork0.1882 ---
obs0.1889 45210 95.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.5352 Å20 Å20.2218 Å2
2--1.0447 Å20 Å2
3---0.4905 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.219 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→27.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3932 0 249 410 4591
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014287HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.115861HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1479SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes109HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes596HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4287HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd3SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.51
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.58
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion16HARMONIC0
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion544SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance27HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5077SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2394 55 1.73 %
Rwork0.2065 3130 -
all0.2071 3185 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7352-0.2111-0.31231.79270.39831.64250.02480.1057-0.0704-0.07960.00490.2876-0.0532-0.1155-0.0296-0.04610.0043-0.0079-0.0307-0.0198-0.021755.77028.64491.7479
21.7452-0.25-0.0821.1214-0.10931.1151-0.04840.0211-0.0930.00430.0404-0.12870.11940.13750.008-0.03790.01690.0219-0.0442-0.0476-0.034176.2798-2.71812.9992
30.6219-0.2161-0.13651.7261-0.35961.4198-0.03960.0350.06650.018-0.0056-0.32550.04340.14460.0451-0.0441-0.00990.0017-0.02590.0247-0.018132.9362-8.495619.7166
41.5976-0.29940.23361.5213-0.15321.2999-0.04290.06570.0707-0.10120.06470.1872-0.0943-0.1545-0.0218-0.0202-0.003-0.0212-0.04490.0538-0.059313.37262.633613.1522
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(A2 - A106)
2X-RAY DIFFRACTION2(A107 - A256)
3X-RAY DIFFRACTION3(B2 - B106)
4X-RAY DIFFRACTION4(B107 - B256)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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