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万見
- PDB-2i39: Crystal structure of Vaccinia virus N1L protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i39
タイトルCrystal structure of Vaccinia virus N1L protein
要素Protein N1
キーワードVIRAL PROTEIN / All Alpha
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host apoptosis / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade
類似検索 - 分子機能
Orthopoxvirus, Protein N1 / dsDNA poxvirus / Poxvirus Bcl-2-like / Poxvirus domain superfamily / Poxvirus Bcl-2-like proteins / Apoptosis Regulator Bcl-x / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein OPG035 / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Vaccinia virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Aoyagi, M. / Aleshin, A.E. / Stec, B. / Liddington, R.C.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007
タイトル: Vaccinia virus N1L protein resembles a B cell lymphoma-2 (Bcl-2) family protein.
著者: Aoyagi, M. / Zhai, D. / Jin, C. / Aleshin, A.E. / Stec, B. / Reed, J.C. / Liddington, R.C.
履歴
登録2006年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein N1
B: Protein N1
C: Protein N1
D: Protein N1
E: Protein N1
F: Protein N1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,1338
ポリマ－96,8966
非ポリマー2362
水5,080282
1
A: Protein N1
B: Protein N1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4173
ポリマ－32,2992
非ポリマー1181
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Protein N1
D: Protein N1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2992
ポリマ－32,2992
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Protein N1
F: Protein N1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4173
ポリマ－32,2992
非ポリマー1181
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.640, 109.990, 69.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.92, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The asymmetric unit contains three dimers (A/B, C/D & E/F), which likely represent the biological assembly.

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要素

#1: タンパク質
Protein N1 / N1L protein


分子量: 16149.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vaccinia virus (ウイルス) / 属: Orthopoxvirus / 株: Western Reserve / 遺伝子: N1L (VACWR028) / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: P21054, UniProt: Q49PX0*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.41 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 10% PEG 4K, 0.1 M Tris HCl, 0.1 M sodium-potassium tartrate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1.12 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月17日
放射モノクロメーター: Si 111 Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 49469 / Num. obs: 47333 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 27.2 Å2 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 3874 / Rsym value: 0.282 / % possible all: 79.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1498118.07 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 2397 5.1 %RANDOM
Rwork0.202 ---
all-48947 --
obs-47043 96.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31.3715 Å2 / ksol: 0.304499 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 40.864 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.08 Å20 Å25.7 Å2
2---1.01 Å20 Å2
3---3.08 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.34 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5879 0 0 298 6177
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.73
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.471.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.372
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.562
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.852.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 346 5 %
Rwork0.269 6641 -
obs--86.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4mpd.parammpd.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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