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万見
- PDB-2uxe: The structure of Vaccinia virus N1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2uxe
タイトルThe structure of Vaccinia virus N1
要素HYPOTHETICAL PROTEIN
キーワードVIRAL PROTEIN / BCL-LIKE PROTEIN / HYPOTHETICAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN APOPTOSIS / VACCINIA VIRUS / VIRULENCE FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host apoptosis
類似検索 - 分子機能
Orthopoxvirus, Protein N1 / dsDNA poxvirus / Poxvirus Bcl-2-like / Poxvirus domain superfamily / Poxvirus Bcl-2-like proteins / Apoptosis Regulator Bcl-x / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種VACCINIA VIRUS (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Cooray, S. / Bahar, M.W. / Abrescia, N.G.A. / McVey, C.E. / Bartlett, N.W. / Chen, R.A.-J. / Stuart, D.I. / Grimes, J.M. / Smith, G.L.
引用ジャーナル: J.Gen.Virol. / 年: 2007
タイトル: Functional and Structural Studies of the Vaccinia Virus Virulence Factor N1 Reveal a Bcl-2-Like Anti- Apoptotic Protein
著者: Cooray, S. / Bahar, M.W. / Abrescia, N.G.A. / Mcvey, C.E. / Bartlett, N.W. / Chen, R.A.-J. / Stuart, D.I. / Grimes, J.M. / Smith, G.L.
履歴
登録2007年3月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYPOTHETICAL PROTEIN
B: HYPOTHETICAL PROTEIN
C: HYPOTHETICAL PROTEIN
D: HYPOTHETICAL PROTEIN
E: HYPOTHETICAL PROTEIN
F: HYPOTHETICAL PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,7416
ポリマ－85,7416
非ポリマー00
水00
1
A: HYPOTHETICAL PROTEIN
C: HYPOTHETICAL PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5802
ポリマ－28,5802
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: HYPOTHETICAL PROTEIN
E: HYPOTHETICAL PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5802
ポリマ－28,5802
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
D: HYPOTHETICAL PROTEIN
F: HYPOTHETICAL PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5802
ポリマ－28,5802
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)71.682, 108.999, 70.088
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.58, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
HYPOTHETICAL PROTEIN / VACV-DUKE-037 / VIROKINE / VACV026 / N1L


分子量: 14290.240 Da / 分子数: 6 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) VACCINIA VIRUS (ウイルス) / 株: WESTERN RESERVE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q49PX0
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 40 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 40 TO SER ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 40 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 40 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, CYS 40 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, CYS 40 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, CYS 40 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, CYS 40 TO SER
Has protein modificationY
配列の詳細CYS 40 WAS MUTATED TO SER SEMET WAS INCORPORATED IN PLACE OF MET FO R PHASING

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.21 %
結晶化pH: 6.2
詳細: 0.2 M NA/K PHOSPHATE, 0.2 M NACL AND 10% PEG 8000, PH 6.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9794
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. obs: 22319 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 11.9 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 11.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.9→30 Å / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: NCS CONSTRAINTS USED THROUGHOUT REFINEMENT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2435 1094 4.9 %RANDOM
Rwork0.2372 ---
obs0.2372 22413 100 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 70 Å2 / ksol: 0.31 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.359 Å20 Å2-21.454 Å2
2--12.159 Å20 Å2
3----0.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5730 0 0 0 5730
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it5.45
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it7.68
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it11.27
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it15.410
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / Total num. of bins used: 21
Rfactor反射数%反射
Rfree0.436 56 4.9 %
Rwork0.5279 1000 -
obs--100 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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