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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5luh | |||||||||
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Title | AadA E87Q in complex with ATP, calcium and streptomycin | |||||||||
![]() | Streptomycin 3''-adenylyltransferase | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / AMINOGLYCOSIDE ADENYL TRANSFERASE / ANT(3'')9 / ANTIBIOTIC RESISTANCE | |||||||||
Function / homology | ![]() streptomycin 3''-adenylyltransferase / aminoglycoside 3''-adenylyltransferase activity / adenylyltransferase activity / response to antibiotic / ATP binding / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Stern, A.L. / Van der Verren, S.E. / Selmer, M. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural mechanism of AadA, a dual-specificity aminoglycoside adenylyltransferase fromSalmonella enterica. Authors: Stern, A.L. / Van der Verren, S.E. / Kanchugal P, S. / Nasvall, J. / Gutierrez-de-Teran, H. / Selmer, M. #1: ![]() Title: Structure of AadA from Salmonella enterica: a monomeric aminoglycoside (3'')(9) adenyltransferase. Authors: Chen, Y. / Nasvall, J. / Wu, S. / Andersson, D.I. / Selmer, M. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 248.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 198.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.3 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2.3 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 27.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 40.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5g4aSC ![]() 5lpaC ![]() 6fzbC C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 30527.053 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: E87Q Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: aadA, STM1264 / Plasmid: pEXP5-CT / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: Q8ZPX9, streptomycin 3''-adenylyltransferase |
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-Non-polymers , 7 types, 531 molecules ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/SRY.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/SRY.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-CA / #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-EDO / | #6: Chemical | #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.92 Å3/Da / Density % sol: 36 % |
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Crystal grow | Temperature: 281 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 20% (w/v) PEG 6000, 0.2 M CaCl2, 0.1 M Hepes pH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 17, 2015 |
Radiation | Monochromator: liquid nitrogen cooled channel-cut silicon monochromator Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.972 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.73→36.58 Å / Num. obs: 122414 / % possible obs: 97 % / Redundancy: 2.63 % / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.171 / Net I/σ(I): 5.22 |
Reflection shell | Resolution: 1.73→1.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.928 / Mean I/σ(I) obs: 0.98 / CC1/2: 0.273 / % possible all: 99.2 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5g4a Resolution: 1.73→36.573 Å / SU ML: 0.27 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.87 / Phase error: 25.36
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 29.8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.73→36.573 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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